299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0277 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B4121  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4227  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.297945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0277  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0292  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.865934  normal  0.882483 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4178  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0279  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.703656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0284  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.83496 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4106  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0298  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4286  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  157  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.706333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0309  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00580589  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0290  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0426135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0295  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0406525  normal  0.534854 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0303  tRNA-Asp  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4708  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.806032  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0200  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0218  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.112301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4219  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000946813  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1924  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0278323  normal  0.559384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4129  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.303886 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4643  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00729353  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0220  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0473  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000478831  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4324  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.647358  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5197  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0882882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4197  tRNA-Asp  98.73 
 
 		 79 bp  149  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000364203  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00003  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.073161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00004  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00065  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.528725  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0072  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.919613  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0073  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0109  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0033  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0013  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717559  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0093  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0040  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.725939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0100  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0485231  normal  0.35934 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5009  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.730006  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0025  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0290094  normal  0.12012 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0024  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0230  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0179094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0091  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0063  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0470836  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5008  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0329155  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4644  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00029583  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5085  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.453014  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp02  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 80 bp  145  2e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0288  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.977337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0228  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 79 bp  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.152009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0062  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.352281  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0086  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0099  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0032  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688205  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0040  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.824145  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0126  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0559205  normal  0.0859752 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0085  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.142476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0039  tRNA-Asp  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0046  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000445856  hitchhiker  0.00000000718315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0048  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.042005  normal  0.0861498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0017  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000152694  normal  0.0119772 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0201  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 79 bp  137  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.931071  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0054  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0628867  normal  0.0552316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0052  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11215  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0050  tRNA-Asp  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.041206  normal  0.0538679 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0008  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0067  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000256523  hitchhiker  0.000000993702 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0079  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000855359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0159  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00117614  hitchhiker  0.0000000316845 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0012  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0364761 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0066  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000109987  hitchhiker  0.00000103719 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0005  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.128453  unclonable  0.0000112956 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0128  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000146033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0137  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.56493 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0004  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.660889  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0041  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101983  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0041  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109501  normal  0.0527209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0018  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0114  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0124  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0027  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000494544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0012  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.556518  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0125  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000018032  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0127  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000164688  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0021  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.76663 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0177  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0126  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000166381  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0060  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000580753  hitchhiker  0.000524679 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsp01  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 80 bp  129  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0019  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000111576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0100  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000567752  hitchhiker  0.00319693 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0101  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000000609189  hitchhiker  0.00329166 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0018  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00473987  normal  0.433792 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0078  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000246729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0108  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00436109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0129  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0153  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000144373 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0139  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.595909  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0114  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0047  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000429092  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0050  tRNA-Asp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000296648  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>