111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0194 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0195  PTS system transporter subunit IIA  100 
 
 
146 aa  307  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0194  PTS system transporter subunit IIA  100 
 
 
146 aa  307  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0203  PTS system IIA component  99.32 
 
 
146 aa  304  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0212  PTS system, IIA component  99.32 
 
 
146 aa  304  3e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0198  PTS system, IIA component  90.41 
 
 
146 aa  278  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.166332  normal  0.313506 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00128  predicted PTS Enzyme IIA  77.4 
 
 
146 aa  247  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00127  hypothetical protein  77.4 
 
 
146 aa  247  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3473  PTS system fructose subfamily IIA component  76.71 
 
 
146 aa  246  9e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0133  PTS system IIA component domain-containing protein  76.71 
 
 
146 aa  246  9e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3530  PTS system fructose subfamily IIA component  76.71 
 
 
146 aa  246  9e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0122  PTS system IIA component domain protein  76.71 
 
 
146 aa  246  9e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0139  PTS system IIA component domain-containing protein  75.34 
 
 
146 aa  245  2e-64  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0131  PTS system, IIA component  76.03 
 
 
146 aa  244  3e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0137  PTS system IIA component domain protein  76.03 
 
 
146 aa  244  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0677  PTS system fructose subfamily IIA component  71.72 
 
 
146 aa  229  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.717474  normal  0.420759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3844  PTS system fructose subfamily IIA component  37.59 
 
 
144 aa  98.6  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03001  putative phosphotransferase system enzyme subunit (N-acetyl-galactosamine/galactosamine PTS system enzyme IIA component)  32.31 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3326  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  32.31 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3616  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  32.31 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0564  PTS system fructose subfamily IIA component  32.31 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.576662  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02952  hypothetical protein  32.31 
 
 
144 aa  80.5  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2390  PTS system fructose subfamily IIA component  33.08 
 
 
144 aa  80.1  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3433  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  32.31 
 
 
144 aa  80.1  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4450  PTS system, mannose/sorbose-specific, IIA component  31.54 
 
 
144 aa  77.8  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236223  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3576  PTS system fructose subfamily IIA component  32.28 
 
 
144 aa  73.9  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.440401  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0937  PTS system, N-acetylgalactosamine-specific IIA component  31.54 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3371  PTS system N-acetylgalactosamine-specific transporter subunit IIA component  31.54 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.530615 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0989  PTS system fructose subfamily IIA component  31.54 
 
 
146 aa  66.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0148  phosphotransferase system, fructose subfamily IIA component  30.16 
 
 
138 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0155  PTS system fructose subfamily IIA component  29.37 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0166  PTS system fructose subfamily IIA component  29.37 
 
 
138 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1651  PTS system mannose/fructose/sorbose family transporter subunit IIB  26.9 
 
 
324 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.133869  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2464  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  26.9 
 
 
324 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134183  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3396  PTS system fructose subfamily IIA component  25.81 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0153  PTS system fructose subfamily IIA component  28.57 
 
 
139 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.327367 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2368  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  26.9 
 
 
324 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.15235  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2065  PTS system fructose subfamily IIA component  28.57 
 
 
147 aa  57.8  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2051  PTS system fructose subfamily IIA component  30.25 
 
 
142 aa  57.4  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.5089  normal  0.12879 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0150  PTS system fructose subfamily IIA component  24.8 
 
 
141 aa  57  0.00000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0114  PTS system fructose subfamily IIA component  27.83 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.204192  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0971  PTS system fructose subfamily IIA component  29.81 
 
 
147 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0358  PTS system fructose subfamily IIA component  32.11 
 
 
133 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0825  PTS system fructose subfamily IIA component  32.38 
 
 
133 aa  52.8  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0345  PTS system fructose subfamily IIA component  30.19 
 
 
133 aa  52  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.251749 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0466  PTS system fructose subfamily IIA component  31.13 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.582977  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0594  PTS system fructose subfamily IIA component  31.13 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0232573  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0370  PTS system fructose subfamily IIA component  31.13 
 
 
152 aa  52.4  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0276515 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0252  PTS system fructose subfamily IIA component  28.44 
 
 
133 aa  52.4  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.173613 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0440  PTS system fructose subfamily IIA component  30.28 
 
 
133 aa  52  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0451  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIAB subunit  28.3 
 
 
322 aa  51.6  0.000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.178007  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2965  PTS system, IIA component  25 
 
 
134 aa  52  0.000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2738  PTS system fructose subfamily IIA component  28.3 
 
 
133 aa  52  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0857805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2903  PTS system fructose subfamily IIA component  31.4 
 
 
134 aa  51.6  0.000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2013  PTS system, IIA component  32.71 
 
 
133 aa  51.6  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0744543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2094  PTS system, IIA component  32.71 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.98601  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0423  PTS system fructose subfamily IIA component  25.66 
 
 
172 aa  50.1  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00751527 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2021  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  26.87 
 
 
313 aa  48.9  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.511847  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1775  PTS system, IIA component  26.92 
 
 
152 aa  48.5  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.714918  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1235  PTS system fructose subfamily IIA component  27.78 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1397  PTS system fructose subfamily IIA component  27.78 
 
 
133 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.136359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0398  PTS system fructose subfamily IIA component  32.43 
 
 
135 aa  48.1  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0287233  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1176  PTS system fructose subfamily IIA component  27.78 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.718803 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2813  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIB subunit  25.42 
 
 
323 aa  47.8  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.047129 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3249  PTS system fructose subfamily IIA component  30.48 
 
 
133 aa  47.4  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3966  PTS system fructose subfamily IIA component  29.52 
 
 
133 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.997411  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4293  PTS system fructose subfamily IIA component  29.52 
 
 
133 aa  47  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3022  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  23.33 
 
 
134 aa  46.2  0.0001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0445  PTS system fructose subfamily IIA component  26.85 
 
 
140 aa  46.6  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1883  PTS system, IIA component, putative  27.62 
 
 
130 aa  46.2  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.821865  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2967  PTS system fructose subfamily IIA component  27.27 
 
 
131 aa  45.4  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.434901  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1969  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  27.97 
 
 
322 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000485794  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2030  PTS system mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
322 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0638718  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1973  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
322 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00730165  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1302  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
322 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000497751  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1486  PTS system mannose-specific transporter subunit IIAB  27.97 
 
 
322 aa  45.4  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01787  fused mannose-specific PTS enzymes: IIA component/IIB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0965607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1826  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIA subunit  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000156617  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2386  PTS system mannose/fructose/sorbose family IIA subunit  27.12 
 
 
320 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1907  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000431359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2045  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000183907  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1371  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000647863  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2083  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000444348  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2546  PTS system, mannose-specific IIAB component  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000579402  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01775  hypothetical protein  27.97 
 
 
323 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0856085  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1926  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  25.19 
 
 
322 aa  45.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.684419  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0228  PTS system fructose subfamily IIA component  25.64 
 
 
133 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836808  normal  0.0202408 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3574  PTS system fructose subfamily IIA component  31.78 
 
 
133 aa  44.3  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1953  PTS system fructose subfamily IIA component  29.73 
 
 
140 aa  44.7  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.478218  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2848  PTS system fructose subfamily IIA component  26.85 
 
 
133 aa  44.7  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.707563  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2219  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  24.24 
 
 
322 aa  44.3  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.854974  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3086  PTS system fructose subfamily IIA component  25.71 
 
 
133 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0373385  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1597  PTS system fructose subfamily IIA component  28.72 
 
 
136 aa  43.9  0.0007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1983  PTS system, mannose/fructose/sorbose family, IIB subunit  27.68 
 
 
318 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0146  PTS system fructose subfamily IIA component  23.08 
 
 
136 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000344944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3447  PTS system fructose subfamily IIA component  26.85 
 
 
134 aa  43.5  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0208  PTS system IIA component  25.66 
 
 
129 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.787809 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4627  PTS system fructose subfamily IIA component  30.63 
 
 
135 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.156154  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1901  PTS system fructose subfamily IIA component  23.58 
 
 
165 aa  43.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.128091 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5436  PTS system fructose subfamily IIA component  25.64 
 
 
163 aa  43.5  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0182502  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0047  PTS system IIA component  28.57 
 
 
133 aa  42.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>