More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3448 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3448  ribonuclease BN  100 
 
 		 313 aa  630  1e-180  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.016816  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0331  ribonuclease BN  76.03 
 
 		 320 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.533981  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0311  ribonuclease BN  72.94 
 
 		 337 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.415793 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0320  ribonuclease BN  72.91 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0319  ribonuclease BN  72.91 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0314  ribonuclease BN  73.4 
 
 		 323 aa  441  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321317  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3708  ribonuclease BN  79.63 
 
 		 337 aa  443  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.153225 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0315  ribonuclease BN  72.91 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4401  ribonuclease BN  79.26 
 
 		 295 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0316  ribonuclease BN  78.89 
 
 		 337 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.293845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3909  ribonuclease BN  70.03 
 
 		 340 aa  431  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4618  ribonuclease BN  73.59 
 
 		 336 aa  433  1e-120  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.331921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0302  ribonuclease BN  73.63 
 
 		 298 aa  430  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.223678  hitchhiker  0.000000133239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3545  ribonuclease BN  74.83 
 
 		 285 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.109526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0418  ribonuclease BN  76.41 
 
 		 294 aa  419  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3404  ribonuclease BN  70.18 
 
 		 303 aa  364  1e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2314  ribonuclease BN  52.54 
 
 		 297 aa  278  7e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2938  ribonuclease BN  47.68 
 
 		 310 aa  277  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001900  ribonuclease BN  48.97 
 
 		 314 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.886374  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03526  ribonuclease BN  52.16 
 
 		 294 aa  269  4e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0234008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4878  ribonuclease BN  46.85 
 
 		 296 aa  264  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000922798 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0034  ribonuclease BN  48.74 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0030  ribonuclease BN  48.01 
 
 		 294 aa  260  2e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4186  ribonuclease BN  48.01 
 
 		 294 aa  260  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0609  ribonuclease BN  46.67 
 
 		 303 aa  259  4e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0138634  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00593  ribonuclease BN  49.13 
 
 		 314 aa  259  4e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4305  ribonuclease BN  49.64 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.269266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4416  ribonuclease BN  49.64 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4351  ribonuclease BN  49.64 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4238  ribonuclease BN  49.64 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.89383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4260  ribonuclease BN  49.64 
 
 		 290 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03771  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.841593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4100  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4364  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5333  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.247154 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4132  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03720  hypothetical protein  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.664641  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4111  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.235548  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4409  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4271  ribonuclease BN  49.62 
 
 		 290 aa  252  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4092  ribonuclease BN  48.36 
 
 		 290 aa  251  9.000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3954  ribonuclease BN  46.21 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3482  ribonuclease BN  45.82 
 
 		 292 aa  245  6.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0693  ribonuclease BN  41.9 
 
 		 288 aa  217  2e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1471  ribonuclease BN  43.08 
 
 		 422 aa  214  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.610738  normal  0.604096 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0704  putative ribonuclease BN  39.56 
 
 		 451 aa  209  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.71296  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51960  ribonuclease  42.23 
 
 		 411 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000384323 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1653  putative ribonuclease BN  42.65 
 
 		 449 aa  208  7e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.957488  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4558  ribonuclease  41.83 
 
 		 411 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.176119  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2988  tRNA-processing RNAse BN  41.09 
 
 		 405 aa  206  4e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0115566 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1013  ribonuclease BN  41.41 
 
 		 427 aa  206  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.58276 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0521  putative ribonuclease BN  43.32 
 
 		 445 aa  206  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.623769 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1623  ribonuclease BN  44.14 
 
 		 428 aa  205  9e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.722239  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0935  ribonuclease BN  41.7 
 
 		 432 aa  203  3e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1521  ribonuclease BN  38.85 
 
 		 441 aa  202  5e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00169169  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0698  hypothetical protein  35.56 
 
 		 412 aa  199  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0680  hypothetical protein  35.56 
 
 		 412 aa  199  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1323  ribonuclease BN  44.31 
 
 		 427 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36810  Ribonuclease BN-like protein  37.93 
 
 		 408 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1131  tRNA-processing RNAse BN  35.71 
 
 		 447 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0120336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0452  ribonuclease BN, putative  39.03 
 
 		 426 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2773  ribonuclease BN  35.04 
 
 		 437 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1354  ribonuclease BN  34.22 
 
 		 436 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.875268  normal  0.303489 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0942  ribonuclease BN  36.61 
 
 		 437 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1475  ribonuclease BN  36.61 
 
 		 437 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1250  tRNA-processing RNAse BN  36.93 
 
 		 444 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1862  ribonuclease BN  36.61 
 
 		 437 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.618695  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1707  tRNA-processing ribonuclease BN  36.61 
 
 		 437 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1685  tRNA-processing ribonuclease BN  36.61 
 
 		 437 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.417952  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0630  putative ribonuclease BN  34.96 
 
 		 538 aa  176  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.883121 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1575  ribonuclease BN  34.72 
 
 		 439 aa  175  9e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2618  YihY family protein  36.22 
 
 		 437 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0756  tRNA-processing ribonuclease BN  36.61 
 
 		 436 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.902171  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0406  ribonuclease BN  36.61 
 
 		 436 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04555  ribonuclease BN/unknown domain fusion protein  38.08 
 
 		 425 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4601  ribonuclease BN  34.6 
 
 		 443 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1456  putative ribonuclease BN  33.82 
 
 		 442 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1434  ribonuclease BN  34.98 
 
 		 442 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.50654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1377  ribonuclease BN  35.43 
 
 		 443 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.763301  normal  0.704772 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0974  ribonuclease BN, putative  33.82 
 
 		 442 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315544  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1337  putative ribonuclease BN  35.43 
 
 		 443 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.500166  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3782  putative ribonuclease BN  37.92 
 
 		 417 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.747411  normal  0.886826 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1793  ribonuclease BN  35.43 
 
 		 442 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1559  putative ribonuclease BN transmembrane protein  37.55 
 
 		 441 aa  169  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0716  ribonuclease BN/unknown domain fusion protein  35.56 
 
 		 424 aa  168  1e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0603481  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1664  ribonuclease BN  37.05 
 
 		 443 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0666088  hitchhiker  0.00703858 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1994  ribonuclease BN  37.05 
 
 		 443 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.20518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0548  tRNA-processing RNAse BN  33.59 
 
 		 525 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0536  ribonuclease BN, putative  33.59 
 
 		 525 aa  166  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.031655 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2769  putative ribonuclease BN  38.24 
 
 		 404 aa  165  8e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0433853 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0901  tRNA-processing RNAse BN  32.85 
 
 		 433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.562692  decreased coverage  0.000000115397 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1830  ribonuclease BN, putative  36.3 
 
 		 404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0291213 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1422  putative ribonuclease BN transmembrane protein  35.55 
 
 		 416 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00924301 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1895  ribonuclease BN, putative  43.8 
 
 		 410 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1519  ribonuclease BN  34.29 
 
 		 424 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105357 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4966  ribonuclease BN  36.26 
 
 		 448 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1670  ribonuclease BN  34.46 
 
 		 403 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.926786  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1765  YihY family protein  34.96 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0409  ribonuclease BN  34.96 
 
 		 278 aa  156  4e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1454  putative ribonuclease BN  36.06 
 
 		 446 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>