52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3318 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3318  Integrins alpha chain  100 
 
 		 456 aa  918    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.893609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3385  FG-GAP repeat-containing protein  55.07 
 
 		 463 aa  474  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1928  FG-GAP repeat-containing protein  27.36 
 
 		 872 aa  79  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  28.68 
 
 		 1838 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0616  FG-GAP repeat-containing protein  25.61 
 
 		 386 aa  72.4  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0513696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2980  integrin-like protein  32.77 
 
 		 1126 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.16679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6310  FG-GAP repeat protein  25.28 
 
 		 828 aa  66.6  0.0000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0620  FG-GAP repeat-containing protein  34.51 
 
 		 412 aa  66.6  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.146794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  25.3 
 
 		 1557 aa  65.1  0.000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4497  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.15 
 
 		 1222 aa  64.3  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0657  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  25.33 
 
 		 1113 aa  63.2  0.000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0893942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1773  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.48 
 
 		 889 aa  62.8  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.403539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1906  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.16 
 
 		 2194 aa  62.4  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1682  TPR repeat-containing protein  25.41 
 
 		 1127 aa  60.8  0.00000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.592663 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1597  hypothetical protein  33.78 
 
 		 1289 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4498  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.9 
 
 		 1225 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  30.77 
 
 		 1019 aa  59.7  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0601  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.6 
 
 		 1118 aa  58.9  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1772  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  30.4 
 
 		 1340 aa  57.8  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0666  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  27.41 
 
 		 891 aa  56.6  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1814  FG-GAP repeat-containing protein  28.45 
 
 		 554 aa  56.6  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000122942  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3793  FG-GAP repeat protein  31.45 
 
 		 616 aa  56.2  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.361837  normal  0.627526 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  31.88 
 
 		 2807 aa  56.2  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3936  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.36 
 
 		 1009 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00889284  hitchhiker  0.000639264 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0599  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32 
 
 		 1012 aa  56.2  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0387425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4018  integrin-like protein  24.48 
 
 		 1275 aa  55.8  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1387  integrin-like protein  26.13 
 
 		 1490 aa  55.5  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.051369 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1026  C-type lectin  23.79 
 
 		 4379 aa  55.1  0.000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4710  integrin-like protein  25.25 
 
 		 604 aa  53.9  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  22.48 
 
 		 813 aa  53.9  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2273  integrin-like protein  25.23 
 
 		 472 aa  51.2  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.328252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2320  FG-GAP repeat-containing protein  26.87 
 
 		 437 aa  51.2  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0600513  normal  0.0195588 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2386  FG-GAP repeat protein  22.11 
 
 		 657 aa  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0794745  decreased coverage  0.00143024 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3449  Collagen triple helix repeat protein  29.12 
 
 		 663 aa  48.5  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.344079  normal  0.0780597 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5091  FG-GAP repeat protein  41.67 
 
 		 662 aa  48.9  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.246094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2274  integrin-like protein  29.93 
 
 		 469 aa  48.5  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.474236  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1256  FG-GAP repeat protein  26.36 
 
 		 590 aa  48.5  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0391687  normal  0.0156226 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0893  Collagen triple helix repeat protein  27.35 
 
 		 644 aa  47.8  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.216124  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2415  FG-GAP repeat protein  27.42 
 
 		 720 aa  47  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.326973  decreased coverage  0.00154212 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2897  hypothetical protein  22.81 
 
 		 1575 aa  46.6  0.0008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0255386  normal  0.161029 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0487  hypothetical protein  25 
 
 		 438 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.153415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5653  FG-GAP repeat protein  26.85 
 
 		 1208 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2431  FG-GAP repeat protein  27.95 
 
 		 3197 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3201  ASPIC/UnbV domain-containing protein  27.97 
 
 		 1226 aa  45.1  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.949082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1751  PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase  25.32 
 
 		 737 aa  45.1  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.830192  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3029  ASPIC/UnbV domain protein  23.32 
 
 		 1088 aa  44.7  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0208708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0727  Integrins alpha chain  22.97 
 
 		 447 aa  43.9  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000587794  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6727  ASPIC/UnbV domain protein  25.61 
 
 		 1109 aa  44.3  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000293093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0597  ASPIC/UnbV domain-containing protein  22.96 
 
 		 1208 aa  43.5  0.007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1819  PKD domain containing protein  30 
 
 		 3197 aa  43.5  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3034  ASPIC/UnbV domain protein  23.69 
 
 		 1129 aa  43.5  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.721984 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2327  FG-GAP repeat-containing protein  22.06 
 
 		 803 aa  43.1  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.50278  decreased coverage  0.00347389 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>