More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3124 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3124  TonB-dependent receptor  100 
 
 
791 aa  1634    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2169  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.14 
 
 
694 aa  148  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108589 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0650  hemin receptor precursor  25.21 
 
 
676 aa  147  6e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.332086 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4857  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  25.57 
 
 
660 aa  145  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.803267 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3889  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.07 
 
 
676 aa  146  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000356309  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3801  TonB-dependent hemin receptor HmuR  25.07 
 
 
676 aa  146  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0122148  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3802  outer membrane heme/hemoglobin receptor ChuA  25.82 
 
 
660 aa  145  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.241464 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1741  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.25 
 
 
661 aa  144  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000016514  normal  0.0458944 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3327  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.46 
 
 
688 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0926253  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4004  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.08 
 
 
681 aa  141  6e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.371484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0966  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.25 
 
 
696 aa  137  9e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.942987  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3669  heme transport protein  23.24 
 
 
697 aa  132  3e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1054  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.49 
 
 
696 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000147815  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3235  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.04 
 
 
695 aa  132  3e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000386167  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0859  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  22.91 
 
 
676 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.32697  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3338  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.99 
 
 
696 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000719833  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1021  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.93 
 
 
696 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000037848  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0952  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.03 
 
 
696 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000391517  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0790  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  23.97 
 
 
690 aa  124  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000110471  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2159  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 
684 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3446  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.21 
 
 
717 aa  114  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.494808  decreased coverage  0.00031135 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000158  TonB-dependent heme and hemoglobin receptor HutA  24.33 
 
 
693 aa  105  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00497898  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2354  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.93 
 
 
778 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548378  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1858  heme transport protein HugA  21.63 
 
 
683 aa  98.6  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1973  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.13 
 
 
783 aa  96.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41369  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2415  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.44 
 
 
779 aa  95.5  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1411  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.26 
 
 
892 aa  95.1  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1720  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  25.04 
 
 
885 aa  92.4  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95463  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1935  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.87 
 
 
722 aa  90.5  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0672  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.78 
 
 
694 aa  90.5  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41127  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20010  heme uptake outer membrane receptor HasR precursor  25.44 
 
 
891 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0486368  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1564  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 
654 aa  88.6  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.364337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1814  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  23.16 
 
 
892 aa  87.8  7e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.290251  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4591  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.99 
 
 
743 aa  87.8  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.880102  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0347  TonB-dependent receptor, plug  24.06 
 
 
670 aa  85.9  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1519  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  21.78 
 
 
677 aa  85.1  0.000000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0162  TonB-dependent iron siderophore receptor  24.79 
 
 
778 aa  85.5  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06114  hypothetical protein  22.89 
 
 
490 aa  81.3  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3532  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.71 
 
 
657 aa  80.1  0.0000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.339275  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4191  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  25.55 
 
 
734 aa  80.1  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.398881  normal  0.278972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1381  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.03 
 
 
739 aa  79.3  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1105  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor:TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.86 
 
 
859 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1397  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.63 
 
 
739 aa  78.2  0.0000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1420  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.63 
 
 
739 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.330075  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2957  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.93 
 
 
739 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.910627 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2132  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  24.26 
 
 
689 aa  77  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100193  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0519  heme transport protein HutA  21.74 
 
 
698 aa  76.6  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0796  TonB-dependent receptor  23.23 
 
 
649 aa  74.3  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0550386  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3894  TonB-dependent heme receptor HasR  24.77 
 
 
830 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4086  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  24.77 
 
 
783 aa  73.9  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05789  hypothetical protein  35.21 
 
 
712 aa  72.8  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3638  TonB-dependent receptor, putative  23 
 
 
739 aa  72  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000240989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5426  outer membrane hemin receptor  24.11 
 
 
764 aa  72  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0130  TonB-dependent heme receptor HasR  24.62 
 
 
830 aa  71.2  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1308  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  28.4 
 
 
737 aa  71.6  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2591  hemin receptor precursor, TonB-dependent outer membrane uptake protein  21.63 
 
 
687 aa  70.5  0.0000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.125278 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1602  TonB-dependent receptor, plug  21.63 
 
 
652 aa  69.7  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.218944 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2862  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  26.59 
 
 
737 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0664764 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1110  TonB-dependent receptor domain-containing protein  23.08 
 
 
716 aa  68.6  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1284  TonB-dependent outer membrane heme receptor  23.6 
 
 
857 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0855  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  23.32 
 
 
714 aa  67  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.842782 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2136  TonB-dependent siderophore receptor  23.08 
 
 
722 aa  67  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.503645  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1524  TonB-dependent siderophore receptor  32.34 
 
 
847 aa  67  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0074  heme receptor HutR  21.46 
 
 
713 aa  66.2  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0136209  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1628  TonB-dependent receptor, plug  22.05 
 
 
680 aa  65.5  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.58484 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2124  TonB-dependent siderophore receptor  23.44 
 
 
722 aa  65.5  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000170131  normal  0.221939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6080  putative TonB-dependent receptor  21.66 
 
 
690 aa  64.7  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.341343  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2503  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  27.78 
 
 
744 aa  64.7  0.000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.955771  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1912  TonB-dependent haem/haemoglobin receptor  20.03 
 
 
697 aa  64.7  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0648198 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3030  putaive Fe-regulated protein B precursor  24.91 
 
 
693 aa  63.9  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000310305  hitchhiker  0.000241006 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2929  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  22.46 
 
 
755 aa  63.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.56728  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0185  TonB-dependent hemoglobin/transferrin/lactoferrin family receptor  30.48 
 
 
728 aa  63.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0848528 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0570  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system protein  25.73 
 
 
675 aa  63.2  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.168599  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2064  TonB-dependent receptor  26.81 
 
 
697 aa  62.4  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.969634  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1580  TonB-dependent heme receptor  26.67 
 
 
737 aa  62  0.00000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1746  TonB-dependent receptor  21.92 
 
 
668 aa  61.2  0.00000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001257  TonB-dependent heme receptor HutR  33.85 
 
 
712 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.299412  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000326  enterobactin receptor VctA  24.69 
 
 
668 aa  60.5  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000334593  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2339  TonB-dependent siderophore receptor  22.97 
 
 
722 aa  60.1  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000312883  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03647  TonB-dependent receptor  26.7 
 
 
640 aa  60.5  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00288042  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2151  TonB-dependent siderophore receptor, putative  34.88 
 
 
825 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0848793  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3466  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 
718 aa  60.1  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33680  ferripyoverdine receptor  29.81 
 
 
815 aa  59.7  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.133234  normal  0.0177724 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1017  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  29.1 
 
 
704 aa  59.3  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0112436  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3863  TonB-dependent siderophore receptor  22.87 
 
 
733 aa  58.5  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000567085  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2414  TonB-dependent siderophore receptor  21.39 
 
 
737 aa  58.9  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.486485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1961  TonB-dependent siderophore receptor  34.88 
 
 
803 aa  58.5  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.281016  normal  0.90568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  30.5 
 
 
774 aa  58.9  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1599  TonB-dependent receptor, plug  28.99 
 
 
800 aa  58.5  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000304489  unclonable  0.000000404036 
 
 
 
NC_008577  Shewana3_0952  TonB-dependent siderophore receptor  22.85 
 
 
729 aa  58.5  0.0000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000770151  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4373  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 
751 aa  58.5  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2744  TonB-dependent receptor  28.35 
 
 
701 aa  58.2  0.0000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4201  TonB-dependent heme/hemoglobin receptor family protein  27.54 
 
 
686 aa  57.8  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.325691  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1603  TonB-dependent receptor, plug  24.1 
 
 
771 aa  57.4  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0535477  unclonable  0.000000514373 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3636  TonB-dependent receptor  30.87 
 
 
804 aa  57.4  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000134979  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4072  TonB-dependent siderophore receptor  31.25 
 
 
817 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05128  hypothetical protein  31.85 
 
 
458 aa  57  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4379  TonB-dependent haemoglobin/transferrin/lactoferrin receptor  25.9 
 
 
861 aa  57  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.237409 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0818  TonB-dependent receptor, plug  26.87 
 
 
518 aa  57.4  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000136965  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4082  TonB-dependent siderophore receptor  33.12 
 
 
819 aa  57  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.671478  normal  0.825712 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>