118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2604 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_2604  glycoside hydrolase family protein  100 
 
 
694 aa  1427    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0554  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  51.58 
 
 
532 aa  553  1e-156  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1319  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  72.96 
 
 
358 aa  548  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3121  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  37.45 
 
 
742 aa  386  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4376  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  36.74 
 
 
912 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1396  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  36.18 
 
 
884 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000905888  normal  0.0353451 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3716  glycosy hydrolase family protein  40.43 
 
 
1918 aa  321  3e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.442328  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1608  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  46.96 
 
 
306 aa  273  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0247  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  44.84 
 
 
328 aa  271  2e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.303741  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4707  glycoside hydrolase family protein  45.36 
 
 
291 aa  243  1e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.359297 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0919  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  43.22 
 
 
315 aa  242  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2809  glycoside hydrolase family protein  42.36 
 
 
1321 aa  218  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.149168  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1270  glycoside hydrolase family protein  45.3 
 
 
301 aa  212  1e-53  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.782608  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02670  glycoside hydrolase family 16  35.07 
 
 
503 aa  212  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0109  glycoside hydrolase family 16  38.96 
 
 
276 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0321176  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3388  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  39.49 
 
 
1694 aa  199  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1342  glycoside hydrolase family 16  38.29 
 
 
274 aa  194  3e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.345936 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1398  glycoside hydrolase family 16  37.21 
 
 
328 aa  195  3e-48  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6737  glycoside hydrolase family 16  40.57 
 
 
286 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.833986  normal  0.682845 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4931  glycoside hydrolase family 16  40.07 
 
 
286 aa  181  4.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.454153  normal  0.64066 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2607  laminarinase  37.68 
 
 
883 aa  179  1e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04240  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  38.23 
 
 
1290 aa  179  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1690  glycoside hydrolase family 16  35.4 
 
 
279 aa  178  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4617  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  36.59 
 
 
633 aa  171  4e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3100  glycoside hydrolase family 16  38.71 
 
 
291 aa  171  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.194858 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4377  glycoside hydrolase family protein  36.1 
 
 
469 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2626  glycoside hydrolase family 16  40.57 
 
 
283 aa  165  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.444573  normal  0.839532 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0921  glycoside hydrolase family protein  37.59 
 
 
642 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04210  glycoside hydrolase family 16  35.48 
 
 
281 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0899  glycoside hydrolase family protein  37.59 
 
 
641 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3723  beta-glucanase  37.33 
 
 
330 aa  163  9e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5109  glycoside hydrolase family 16  36.33 
 
 
409 aa  156  1e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0369397  normal  0.380992 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0286  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  34.16 
 
 
282 aa  155  2.9999999999999998e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4545  glycoside hydrolase family 16  36.65 
 
 
383 aa  154  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2434  glycoside hydrolase family protein  32.94 
 
 
556 aa  154  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.971085  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1538  glycoside hydrolase family 16  36 
 
 
423 aa  153  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2187  Carbohydrate binding family 6  33.45 
 
 
389 aa  153  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00108018  hitchhiker  0.000808611 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54681  endo-1,3-beta-glucosidase  35.29 
 
 
1028 aa  152  2e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1590  glycoside hydrolase family 16  38.54 
 
 
289 aa  152  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0592572 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1600  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  31.48 
 
 
288 aa  148  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.715273  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0451  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  34.04 
 
 
627 aa  148  3e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000399105  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4177  glycoside hydrolase family protein  37.37 
 
 
1332 aa  147  7.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0875  glycoside hydrolase family 16  34.13 
 
 
313 aa  140  1e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3395  Licheninase  33.69 
 
 
588 aa  138  4e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.585681 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0724  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  31.31 
 
 
290 aa  136  1.9999999999999998e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.337879 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5321  glycoside hydrolase family 16  35.59 
 
 
426 aa  134  6e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.349726  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2435  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  31.12 
 
 
252 aa  132  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.744797  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4787  coagulation factor 5/8 type domain protein  33.11 
 
 
819 aa  130  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1131  Glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  31.85 
 
 
547 aa  128  4.0000000000000003e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.232091  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2927  beta-1,3-glucanase precursor  32.88 
 
 
1441 aa  125  2e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0544  glycoside hydrolase family 16  34.66 
 
 
238 aa  122  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.673841 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6434  glycoside hydrolase family 16  32.86 
 
 
286 aa  121  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0652  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  32.86 
 
 
569 aa  121  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.307266  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0558  glycoside hydrolase family protein  31.09 
 
 
449 aa  119  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0874314  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3843  glycoside hydrolase family protein  29.82 
 
 
346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.106581 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2816  glycoside hydrolase family protein  28.74 
 
 
752 aa  114  7.000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000106793  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5116  Licheninase  27.38 
 
 
1059 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0998931 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2387  glycoside hydrolase family protein  32.17 
 
 
384 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.286598  normal  0.735718 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4667  glycoside hydrolase family 16  29.43 
 
 
275 aa  109  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4347  glycoside hydrolase family 16  30.7 
 
 
405 aa  106  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0666302  normal  0.854183 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4793  glycoside hydrolase family protein  32.73 
 
 
320 aa  103  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2108  glycoside hydrolase family 16  29.18 
 
 
319 aa  102  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.369089 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4533  glycoside hydrolase family protein  29.08 
 
 
306 aa  102  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445894  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3627  glycoside hydrolase family protein  29.32 
 
 
394 aa  99  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.652484  normal  0.593329 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3021  Beta-glucanase/Beta-glucan synthetase-like  29.21 
 
 
722 aa  99  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7304  glucan endo-1,3-beta-D-glucosidase  29.58 
 
 
261 aa  99  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0696013 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  29.04 
 
 
907 aa  96.7  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0584  glycoside hydrolase family 16  28.18 
 
 
277 aa  97.1  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.824584  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4792  glycoside hydrolase family protein  35.32 
 
 
608 aa  94.7  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6294  glycoside hydrolase family protein  30.28 
 
 
427 aa  91.7  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202957  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4552  glycoside hydrolase family protein  29.89 
 
 
686 aa  90.5  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4064 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0724  beta-glucanase/beta-glucan synthetase-like protein  33.33 
 
 
295 aa  88.2  5e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.882839  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4931  glycoside hydrolase family protein  31.4 
 
 
465 aa  87.8  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.533696 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0981  b-glucosidase  31.06 
 
 
334 aa  87.4  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.849748  normal  0.226361 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_54973  endo-1,3-beta-glucosidase  30.39 
 
 
467 aa  85.1  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_89444  predicted protein  27.57 
 
 
477 aa  82.4  0.00000000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0724789  hitchhiker  0.00296553 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3929  glycoside hydrolase family 16  30.71 
 
 
271 aa  83.2  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0144  glycoside hydrolase family 16  29.55 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.568109  normal  0.0389127 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4150  glycoside hydrolase family 16  28.67 
 
 
269 aa  79.3  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0284  glycoside hydrolase family 16  27.27 
 
 
256 aa  77  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0560  glycoside hydrolase family 16  26.86 
 
 
263 aa  77  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3674  carbohydrate-binding family 6 protein  30.3 
 
 
479 aa  76.3  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2679  glycoside hydrolase family protein  28.29 
 
 
260 aa  74.7  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6224  endo-1,3-1,4-beta-glycanase, C-terminal secretion signal protein  26.69 
 
 
475 aa  73.9  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380521  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0843  carbohydrate binding family 6  28.96 
 
 
470 aa  73.9  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.392015 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2832  hypothetical protein  22.34 
 
 
877 aa  72.8  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0897926  normal  0.0109857 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6178  glycoside hydrolase family 16  28.25 
 
 
329 aa  69.7  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.474136  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4050  carbohydrate-binding family 6 protein  30.06 
 
 
479 aa  68.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.567483  normal  0.0446183 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1873  glycoside hydrolase family 16  29.65 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.222637 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06620  endo-1,3(4)-beta-glucanase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G14540)  27.44 
 
 
388 aa  67.4  0.0000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.240126 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1393  thiol oxidoreductase-like  24.38 
 
 
1707 aa  67.4  0.0000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.619739  normal  0.222979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2825  glycoside hydrolase family protein  31.68 
 
 
492 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0392  glycoside hydrolase family 16  26.01 
 
 
691 aa  63.2  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7244  Ricin B lectin  28.57 
 
 
446 aa  63.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0192943  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0863  glycoside hydrolase family 16  30.29 
 
 
842 aa  62  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1077  Carbohydrate binding family 6  27.39 
 
 
464 aa  62  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2578  glycoside hydrolase family protein  28.12 
 
 
277 aa  61.2  0.00000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.164191  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2739  glycoside hydrolase family protein  25.17 
 
 
308 aa  61.2  0.00000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.77425  normal  0.433839 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3548  glycoside hydrolase family 16  25.09 
 
 
486 aa  61.2  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2285  glycoside hydrolase family 16  27.04 
 
 
539 aa  60.5  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0517847  hitchhiker  0.00991437 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>