139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2554 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2984  peptidase M61 domain protein  63.85 
 
 
605 aa  828    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.536763  hitchhiker  0.000251259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2554  peptidase M61  100 
 
 
616 aa  1275    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000699097  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2712  peptidase M61 domain-containing protein  64.27 
 
 
603 aa  800    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00529287  hitchhiker  0.00000288485 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2780  peptidase M61 domain-containing protein  64.4 
 
 
603 aa  807    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.226266  hitchhiker  0.00190153 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2772  peptidase M61 domain-containing protein  66.38 
 
 
608 aa  840    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.919239  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2882  peptidase M61 domain-containing protein  65.59 
 
 
603 aa  805    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0208094  hitchhiker  0.0000100576 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2416  peptidase M61  63.91 
 
 
624 aa  784    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.353738  normal  0.453663 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1375  peptidase M61 domain-containing protein  64.01 
 
 
605 aa  828    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0830083  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2752  peptidase M61 domain-containing protein  63.67 
 
 
598 aa  787    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.733625  hitchhiker  0.000408122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1293  peptidase M61 domain-containing protein  64.05 
 
 
603 aa  815    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00192271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1361  peptidase M61 domain-containing protein  64.18 
 
 
605 aa  830    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.223478  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3307  peptidase M61 domain-containing protein  61.79 
 
 
598 aa  773    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0838775  hitchhiker  0.0000441235 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2972  peptidase M61 domain-containing protein  62.61 
 
 
601 aa  778    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0085127  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1400  peptidase M61 domain-containing protein  63.85 
 
 
605 aa  826    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0529885  decreased coverage  0.00282724 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3456  peptidase M61 domain-containing protein  60.82 
 
 
601 aa  762    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.243509  decreased coverage  0.0000586563 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3534  M61 family peptidase  49.67 
 
 
610 aa  611  1e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3184  peptidase M61 domain-containing protein  32.1 
 
 
601 aa  349  1e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.152326 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1433  peptidase M61 domain protein  30.8 
 
 
591 aa  333  6e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1038  peptidase M61  30.76 
 
 
600 aa  329  9e-89  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.316472 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3082  peptidase M61 domain-containing protein  30.86 
 
 
600 aa  325  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.201317  hitchhiker  0.00967911 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0145  peptidase M61  31.61 
 
 
594 aa  322  9.000000000000001e-87  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1394  PDZ/DHR/GLGF  31.01 
 
 
587 aa  318  3e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.54966  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0309  peptidase M61 domain protein  31.05 
 
 
585 aa  317  4e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.829558  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3297  peptidase M61 domain protein  29.36 
 
 
601 aa  313  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.910751  normal  0.542391 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2803  peptidase M61 domain protein  29.36 
 
 
601 aa  313  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4799  peptidase M61 domain protein  28.57 
 
 
590 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4827  peptidase M61 domain-containing protein  30.43 
 
 
585 aa  302  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3762  peptidase M61 domain-containing protein  27.97 
 
 
594 aa  296  9e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0112026  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3407  peptidase M61 domain protein  30.3 
 
 
584 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3734  peptidase M61 domain protein  30.33 
 
 
596 aa  286  5e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.393831  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3363  peptidase M61 domain protein  30.13 
 
 
584 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2037  peptidase M61 domain protein  27.79 
 
 
618 aa  276  1.0000000000000001e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3288  peptidase M61  30.32 
 
 
585 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3346  peptidase M61 domain-containing protein  30.37 
 
 
585 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2890  hypothetical protein  30.63 
 
 
621 aa  253  6e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.633242  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3033  PDZ/DHR/GLGF:peptidase M61  30.36 
 
 
612 aa  249  9e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.447572  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3323  peptidase M61 domain protein  29.11 
 
 
689 aa  246  8e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0788147  decreased coverage  0.00902527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2301  peptidase M61 domain protein  29.3 
 
 
615 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.9294  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2766  peptidase M61 domain protein  29.46 
 
 
623 aa  241  4e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.612907 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3132  peptidase M61 domain protein  29.84 
 
 
623 aa  238  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.831871 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2916  PDZ domain-containing protein  28.8 
 
 
590 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3188  peptidase M61  29.74 
 
 
604 aa  235  1.0000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0526  PDZ domain-containing protein  28.64 
 
 
609 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0651  PDZ domain-containing protein  28.64 
 
 
609 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0947  PDZ domain-containing protein  28.64 
 
 
609 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1917  PDZ domain-containing protein  28.64 
 
 
609 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1653  peptidase M61 domain-containing protein  28.41 
 
 
592 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.283043  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2724  protease, putative  28.97 
 
 
588 aa  233  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3614  peptidase M61  28.67 
 
 
599 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.900559 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3563  PDZ domain-containing protein  28.48 
 
 
609 aa  233  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3590  PDZ domain-containing protein  28.48 
 
 
609 aa  233  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3582  peptidase  28.34 
 
 
612 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.955515  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2326  peptidase M61  28.41 
 
 
591 aa  229  8e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0499  peptidase M61 domain-containing protein  28.77 
 
 
599 aa  228  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3622  peptidase M61 domain-containing protein  29 
 
 
593 aa  228  3e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2508  peptidase M61 domain-containing protein  28.48 
 
 
588 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000376919 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2315  peptidase M61 domain-containing protein  28.45 
 
 
588 aa  226  7e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.261974  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2385  peptidase M61 domain-containing protein  28.29 
 
 
588 aa  226  7e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2578  peptidase M61  28.6 
 
 
599 aa  226  9e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0527  peptidase M61 domain-containing protein  28.6 
 
 
599 aa  226  9e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0432  peptidase M61 domain-containing protein  28.26 
 
 
622 aa  226  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2932  peptidase M61 domain protein  28.74 
 
 
593 aa  226  1e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.500697  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1882  peptidase M61  27.32 
 
 
584 aa  225  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.347661  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2705  peptidase M61 domain-containing protein  27.68 
 
 
597 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754502  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1493  peptidase M61  25.96 
 
 
604 aa  224  4.9999999999999996e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333369  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0456  peptidase M61 domain-containing protein  28.32 
 
 
599 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0474083 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0462  peptidase M61 domain-containing protein  28.79 
 
 
592 aa  222  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0594  peptidase  28.91 
 
 
571 aa  221  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.154307  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2867  peptidase M61 domain-containing protein  28.25 
 
 
600 aa  221  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal  0.558935 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1447  protease, putative  27.41 
 
 
587 aa  220  7.999999999999999e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.747842  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0306  peptidase M61 domain protein  27.53 
 
 
602 aa  219  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3503  peptidase M61 domain protein  27.74 
 
 
596 aa  219  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.835737  hitchhiker  0.00306179 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1797  peptidase M61 domain-containing protein  26.68 
 
 
588 aa  218  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1217  peptidase M61  27.16 
 
 
601 aa  217  5.9999999999999996e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0353821  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0454  metalloprotease, zinc binding  27.98 
 
 
596 aa  216  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.573755 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1833  peptidase M61 domain-containing protein  26.34 
 
 
588 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.180566  normal  0.794619 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0264  peptidase M61 domain-containing protein  29.4 
 
 
578 aa  214  3.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.023247 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1521  peptidase M61 domain-containing protein  27.83 
 
 
585 aa  213  5.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2489  peptidase M61 domain protein  26.17 
 
 
588 aa  213  9e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2090  peptidase M61 domain-containing protein  28.08 
 
 
631 aa  211  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.716392  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1789  peptidase M61 domain-containing protein  26.17 
 
 
588 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.119703  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0284  protease  26.12 
 
 
661 aa  209  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1574  peptidase M61  27.99 
 
 
608 aa  204  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0311  peptidase M61  28.14 
 
 
648 aa  204  5e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.609176  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01914  protease, putative  26.32 
 
 
602 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0353072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1530  peptidase M61 domain-containing protein  27.07 
 
 
641 aa  201  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0883  peptidase M61 domain-containing protein  27.24 
 
 
597 aa  200  5e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.374463  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1123  peptidase M61  27.39 
 
 
613 aa  199  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.662751 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4645  peptidase M61 domain protein  26.67 
 
 
618 aa  194  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.348977  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2389  peptidase M61  25.85 
 
 
616 aa  192  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3368  peptidase M61 domain-containing protein  27.48 
 
 
600 aa  190  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.428064  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1797  peptidase M61 domain protein  26.03 
 
 
607 aa  188  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2138  PDZ domain protein  26.03 
 
 
617 aa  187  5e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2619  peptidase M61  29.03 
 
 
614 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.84974 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3920  peptidase M61 domain protein  24.58 
 
 
528 aa  179  1e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.144473  normal  0.231177 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4157  peptidase M61 domain protein  26.33 
 
 
497 aa  172  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1386  PDZ/DHR/GLGF  25.87 
 
 
545 aa  171  2e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15101  PDZ domain-containing protein  25.1 
 
 
565 aa  159  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.185527 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0152  peptidase M61 domain protein  23.36 
 
 
593 aa  145  3e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.125794 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1102  PDZ/DHR/GLGF  23.79 
 
 
565 aa  142  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0587047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>