More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1465 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1465  exonuclease III  100 
 
 		 269 aa  560  1.0000000000000001e-159  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00148193  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1420  exonuclease III  87.31 
 
 		 268 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.608481  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1513  exonuclease III  85.77 
 
 		 270 aa  484  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00343054  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3037  exonuclease III  85.39 
 
 		 270 aa  483  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1447  exonuclease III  85.77 
 
 		 270 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00261577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2262  exonuclease III  83.52 
 
 		 269 aa  478  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000598983  normal  0.0890605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1638  exonuclease III  83.96 
 
 		 268 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2715  exonuclease III  84.64 
 
 		 270 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000224276  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2816  exonuclease III  84.27 
 
 		 270 aa  474  1e-133  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000137718  normal  0.625502 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2418  exonuclease III  83.52 
 
 		 270 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.234508  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1503  exonuclease III  84.64 
 
 		 270 aa  476  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1649  exonuclease III  84.64 
 
 		 270 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000202985  hitchhiker  0.0000000000656111 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2737  exonuclease III  84.64 
 
 		 270 aa  476  1e-133  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000050651  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1668  exonuclease III  80.9 
 
 		 268 aa  471  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000408122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2927  exonuclease III  82.02 
 
 		 268 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00530845  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01553  exonuclease III  73.88 
 
 		 268 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3173  exonuclease III  71.64 
 
 		 268 aa  422  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003967  exodeoxyribonuclease III  70.9 
 
 		 268 aa  413  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000103891  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2139  exodeoxyribonuclease III  74.16 
 
 		 268 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02430  exodeoxyribonuclease III  68.16 
 
 		 269 aa  401  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.977241  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1962  exonuclease III  68.54 
 
 		 268 aa  397  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.134155  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1451  exonuclease III  66.79 
 
 		 268 aa  398  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000170984  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2648  exodeoxyribonuclease III  66.54 
 
 		 269 aa  391  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1319  exodeoxyribonuclease III  66.04 
 
 		 269 aa  386  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2270  exonuclease III  62.31 
 
 		 272 aa  369  1e-101  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2890  exonuclease III  62.59 
 
 		 270 aa  364  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00987023  normal  0.852311 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2692  exonuclease III  62.78 
 
 		 270 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2800  exonuclease III  62.59 
 
 		 270 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.268451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31650  exonuclease III  62.41 
 
 		 270 aa  364  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.294828 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1974  exonuclease III  61.34 
 
 		 272 aa  366  1e-100  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.755106  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2393  exonuclease III  62.59 
 
 		 270 aa  363  1e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.7029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2366  exodeoxyribonuclease III  63.47 
 
 		 289 aa  362  3e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.762147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2747  exodeoxyribonuclease III  61.11 
 
 		 270 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0614534  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3649  exonuclease III  62.59 
 
 		 270 aa  360  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2436  exonuclease III  62.41 
 
 		 270 aa  358  5e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.677359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2892  exonuclease III  61.48 
 
 		 270 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0279312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2340  exonuclease III  60.22 
 
 		 268 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518305  normal  0.0191888 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1976  exonuclease III  60.22 
 
 		 268 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000370761  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1695  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  356  2.9999999999999997e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2085  exonuclease III  60.22 
 
 		 268 aa  356  2.9999999999999997e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.40103  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2476  exonuclease III  60.74 
 
 		 270 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.1362  normal  0.165238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2715  exonuclease III  58.74 
 
 		 268 aa  355  3.9999999999999996e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.946533  hitchhiker  0.00098113 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1429  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1413  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2206  exodeoxyribonuclease III  58.74 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1873  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.991915  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1396  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0639091 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2044  exonuclease III  59.48 
 
 		 268 aa  354  8.999999999999999e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1964  exodeoxyribonuclease III  60.45 
 
 		 268 aa  353  2e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1893  exodeoxyribonuclease III  59.55 
 
 		 272 aa  352  4e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0788201  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1883  exonuclease III  59.55 
 
 		 272 aa  352  4e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382686 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2468  exonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  352  5e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.906333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28880  exonuclease III  61.28 
 
 		 270 aa  351  5.9999999999999994e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.734088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01718  exonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  351  7e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1972  exonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  351  7e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1833  exonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  351  7e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01706  hypothetical protein  59.55 
 
 		 268 aa  351  7e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1997  exonuclease III  59.55 
 
 		 268 aa  351  7e-96  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.892579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1441  exonuclease III  59.18 
 
 		 268 aa  350  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.377201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0836  exonuclease III  58.58 
 
 		 267 aa  334  9e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.337185  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1621  exodeoxyribonuclease III  56.09 
 
 		 276 aa  333  1e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000939978  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1995  exonuclease III  56.99 
 
 		 272 aa  333  2e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.297958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2052  exonuclease III  57.93 
 
 		 273 aa  328  6e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169666  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1490  exodeoxyribonuclease III  56.83 
 
 		 270 aa  323  2e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1192  exonuclease III  55.56 
 
 		 274 aa  320  9.999999999999999e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.166558  normal  0.479841 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1199  exonuclease III  55.19 
 
 		 274 aa  320  1.9999999999999998e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.712214  normal  0.0221694 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2379  exonuclease III  55.43 
 
 		 276 aa  319  3e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.88562e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1539  exonuclease III  54.98 
 
 		 271 aa  315  4e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.493203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1637  exonuclease III  53.38 
 
 		 270 aa  314  8e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00257363  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1258  exonuclease III  54.48 
 
 		 271 aa  308  5.9999999999999995e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000275406  normal  0.0123433 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  38.75 
 
 		 255 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2331  exodeoxyribonuclease III Xth  36.8 
 
 		 265 aa  174  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.231658  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  36.43 
 
 		 260 aa  171  7.999999999999999e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  38.29 
 
 		 255 aa  171  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  38.06 
 
 		 264 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  36.43 
 
 		 279 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  37.04 
 
 		 267 aa  167  2e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  38.02 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2355  exodeoxyribonuclease III Xth  36.06 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.936665  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  35.98 
 
 		 254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  34.94 
 
 		 263 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  36.09 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1154  exodeoxyribonuclease III Xth  36.19 
 
 		 263 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.311062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1868  exodeoxyribonuclease III  37.36 
 
 		 264 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0445089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  36.53 
 
 		 281 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  35.56 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  36.94 
 
 		 254 aa  159  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  35.82 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.6811 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1677  exodeoxyribonuclease III Xth  34.46 
 
 		 263 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  34.85 
 
 		 256 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3202  exodeoxyribonuclease III Xth  35.32 
 
 		 263 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.840556  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  34.2 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  34.46 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  37.87 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  34.08 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  36.7 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  36.7 
 
 		 257 aa  156  3e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0929  exodeoxyribonuclease III Xth  34.72 
 
 		 261 aa  156  4e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2707  exodeoxyribonuclease III, putative  36.6 
 
 		 265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3045  exodeoxyribonuclease III  36.6 
 
 		 265 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0213415  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>