More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1418 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1418  patatin  100 
 
 		 333 aa  680    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.84629  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2444  patatin  78.96 
 
 		 312 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2623  patatin  71.06 
 
 		 328 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0385483  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3052  patatin  69.81 
 
 		 311 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.443611  normal  0.0107165 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1683  patatin  71.66 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.234772  normal  0.666571 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1646  patatin  71.66 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.183698  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2697  Patatin  71.66 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00646422  hitchhiker  0.0000697088 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1661  patatin  71.66 
 
 		 315 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1274  hypothetical protein  65.16 
 
 		 311 aa  430  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00136358 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2451  patatin  65.54 
 
 		 343 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000295185 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2836  hypothetical protein  71.88 
 
 		 315 aa  423  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2605  patatin  71.7 
 
 		 315 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1538  patatin  71.99 
 
 		 320 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.546797  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2443  patatin  71.57 
 
 		 315 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2513  patatin  71.88 
 
 		 315 aa  421  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000191978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1595  patatin  66.78 
 
 		 310 aa  396  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.613745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2279  hypothetical protein  48.68 
 
 		 303 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1399  hypothetical protein  49.5 
 
 		 301 aa  282  6.000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01210  hypothetical protein  49.17 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.287845  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2415  Patatin  49.17 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000138692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2393  hypothetical protein  49.17 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000191972 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1907  hypothetical protein  49.17 
 
 		 314 aa  282  7.000000000000001e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.163252  normal  0.264575 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01220  hypothetical protein  49.17 
 
 		 314 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.237609  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1719  hypothetical protein  49.17 
 
 		 314 aa  282  7.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00963629  normal  0.824632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1342  hypothetical protein  49.17 
 
 		 301 aa  281  8.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00416031  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2202  hypothetical protein  49.51 
 
 		 304 aa  280  3e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1383  hypothetical protein  48.84 
 
 		 301 aa  279  6e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.117761  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1960  hypothetical protein  49 
 
 		 300 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2711  hypothetical protein  48.85 
 
 		 301 aa  275  6e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.415635  hitchhiker  0.000234517 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1881  hypothetical protein  50.33 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.256375  normal  0.486913 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1574  hypothetical protein  50.33 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1391  hypothetical protein  50.33 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.4061  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1887  hypothetical protein  50.33 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.261271  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1944  hypothetical protein  50.33 
 
 		 301 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1978  hypothetical protein  47.18 
 
 		 301 aa  270  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2063  patatin  42.39 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.340331  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02066  Alpha-beta superfamily hydrolase  41.84 
 
 		 341 aa  262  6e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.191393  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2309  hypothetical protein  48.84 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0455  patatin  45.25 
 
 		 323 aa  255  9e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0057  hypothetical protein  44.63 
 
 		 310 aa  246  3e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3078  Patatin  43.83 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5212  hypothetical protein  43.27 
 
 		 343 aa  242  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0388322 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0457  patatin  41.61 
 
 		 322 aa  239  5e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.98723  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2155  patatin  42.26 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0598189 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1650  patatin  42.52 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3270  patatin  41.82 
 
 		 390 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00368888 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0164  patatin  42.02 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1014  hypothetical protein  42.86 
 
 		 292 aa  232  5e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1324  patatin  41.53 
 
 		 348 aa  232  7.000000000000001e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0981  hypothetical protein  41.53 
 
 		 292 aa  232  8.000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3892  Patatin  40.06 
 
 		 343 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3119  Patatin  42.17 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0681  patatin-like phospholipase family protein  40.13 
 
 		 299 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0830  Patatin  40.13 
 
 		 299 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.00263851  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3127  patatin  42.31 
 
 		 344 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2662  patatin  36.49 
 
 		 368 aa  223  3e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.31003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3593  patatin  41.54 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.0017391  normal  0.0781992 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0353  Patatin  40.27 
 
 		 321 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.016762 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2263  patatin  40.57 
 
 		 352 aa  219  5e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.622551  normal  0.202768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2538  Patatin  40.25 
 
 		 352 aa  216  5e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.54485 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5123  Patatin  39.74 
 
 		 354 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1673  Patatin  42.21 
 
 		 316 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.797589  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1469  patatin  39.51 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.434308  normal  0.0917321 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2082  patatin  41.88 
 
 		 316 aa  213  4.9999999999999996e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00726346  normal  0.98017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2220  Patatin  40.88 
 
 		 351 aa  212  7e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0960823 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1793  patatin  40.84 
 
 		 343 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.810977 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1047  patatin  40.97 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4637  patatin  40.34 
 
 		 327 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0400128 
 
 
-
 
NC_004310  BR1077  hypothetical protein  40.65 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2160  patatin  39.02 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18662  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1043  hypothetical protein  39.35 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.175435  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1851  Patatin  40.33 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.202121  normal  0.0299677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2051  Patatin  40.33 
 
 		 320 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1647  patatin  42.11 
 
 		 373 aa  202  5e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0963  hypothetical protein  40 
 
 		 335 aa  202  8e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12534  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1002  patatin  38.69 
 
 		 326 aa  199  6e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3230  patatin  38.57 
 
 		 352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.000670188  normal  0.378234 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0190  Patatin  36.54 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2884  Patatin  39.63 
 
 		 315 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2928  putative patatin-like phospholipase  38.56 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.793052  normal  0.26673 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1553  Patatin  38.56 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4178  patatin  39.41 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.222124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2204  hypothetical protein  40.13 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.772676  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5557  patatin  37.81 
 
 		 323 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2188  putative phospholipase  36.3 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0488  patatin  35.08 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000268881  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2826  patatin-like phospholipase family protein  34.45 
 
 		 295 aa  176  7e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43300  hypothetical protein  35.24 
 
 		 345 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.882188  normal  0.835077 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3633  hypothetical protein  35.24 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.320568  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2995  patatin  33.22 
 
 		 326 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4027  patatin  33.43 
 
 		 345 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.353324  normal  0.57663 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2126  patatin  35.29 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.375829  hitchhiker  0.00774444 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1593  Patatin  36.21 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1747  patatin  44.32 
 
 		 346 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000400605 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3464  patatin  44.32 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000102358 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2469  patatin  34.31 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.504238  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11081  hypothetical protein  31.45 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000132492  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2305  patatin  43.78 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00029553 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1907  patatin  44.63 
 
 		 346 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.331125  hitchhiker  0.00000758802 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2456  patatin  32.81 
 
 		 336 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>