191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1108 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1108  alpha/beta hydrolase fold  100 
 
 
232 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2368  alpha/beta hydrolase fold  35.85 
 
 
219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0077  alpha/beta hydrolase fold  27.43 
 
 
243 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0856  alpha/beta hydrolase fold  29.2 
 
 
237 aa  99  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000204036 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00281  putative hydrolase  26.43 
 
 
232 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.210482  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2089  alpha/beta hydrolase  25.89 
 
 
236 aa  74.3  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.500476  normal  0.419915 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4363  alpha/beta hydrolase fold protein  26.52 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3812  alpha/beta hydrolase fold  23.83 
 
 
239 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  0.255747 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3900  alpha/beta hydrolase fold  28.35 
 
 
235 aa  69.3  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.479584 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2696  putative hydrolase  26.24 
 
 
387 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2316  hypothetical protein  21.88 
 
 
227 aa  65.1  0.0000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1227  alpha/beta hydrolase fold protein  25.93 
 
 
387 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2276  alpha/beta hydrolase fold  26.11 
 
 
264 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.253162  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1391  putative hydrolase  26.9 
 
 
387 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0379  alpha/beta hydrolase fold protein  25.12 
 
 
285 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.36178  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2174  alpha/beta hydrolase fold  22.54 
 
 
261 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6785  alpha/beta hydrolase fold protein  23.53 
 
 
235 aa  59.7  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0327  alpha/beta hydrolase  22.27 
 
 
237 aa  59.7  0.00000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.145375  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6938  alpha/beta hydrolase fold protein  23.38 
 
 
279 aa  59.3  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.178748 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3250  alpha/beta hydrolase fold protein  22.45 
 
 
247 aa  58.5  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.176315 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0874  putative hydrolase  24.23 
 
 
233 aa  58.2  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1084  alpha/beta hydrolase fold  25.74 
 
 
387 aa  57  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2878  alpha/beta hydrolase fold  35.87 
 
 
283 aa  56.2  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2670  alpha/beta hydrolase fold  34.78 
 
 
298 aa  55.8  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.00899476  normal  0.0694304 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2935  hypothetical protein  26 
 
 
260 aa  55.8  0.0000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.568847  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1239  alpha/beta hydrolase fold  25.86 
 
 
257 aa  55.8  0.0000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000413614  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5402  alpha/beta hydrolase fold protein  22.91 
 
 
234 aa  54.7  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.734063  normal  0.0675186 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2549  alpha/beta hydrolase fold  22.54 
 
 
263 aa  54.3  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1738  alpha/beta hydrolase fold  23.04 
 
 
241 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.44874  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5072  alpha/beta hydrolase fold protein  24.35 
 
 
281 aa  54.3  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.157677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0510  alpha/beta hydrolase fold  21.19 
 
 
237 aa  54.3  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1210  hypothetical protein  26.11 
 
 
259 aa  53.5  0.000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000115762  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1360  alpha/beta hydrolase fold  20.83 
 
 
251 aa  53.5  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.266873  normal  0.613317 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5034  alpha/beta hydrolase fold  23.81 
 
 
245 aa  53.5  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.246074  normal  0.671643 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3239  alpha/beta hydrolase fold protein  21.35 
 
 
303 aa  52.8  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.429709 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2122  alpha/beta hydrolase fold  23.16 
 
 
263 aa  52.8  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2898  hypothetical protein  26.04 
 
 
255 aa  52.8  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000114451  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1201  hypothetical protein  25.38 
 
 
257 aa  52.8  0.000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000612925  hitchhiker  0.000217368 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2986  hypothetical protein  26.04 
 
 
255 aa  52.4  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.33197  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0319  hypothetical protein  26.04 
 
 
255 aa  52.4  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000242239  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3121  hypothetical protein  25 
 
 
259 aa  51.2  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000331929  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1087  alpha/beta hydrolase fold protein  23.04 
 
 
245 aa  51.6  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0523898  normal  0.954451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0961  alpha/beta hydrolase fold  22.91 
 
 
233 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0172489 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0037  putative alpha/beta hydrolase  26.73 
 
 
276 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1709  homoserine O-acetyltransferase  29.85 
 
 
379 aa  50.4  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.980413  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0529  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  25.55 
 
 
285 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0105  alpha/beta hydrolase  23.08 
 
 
328 aa  49.7  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00875507  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2307  alpha/beta fold family hydrolase  20.96 
 
 
277 aa  50.1  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.974393 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1471  alpha/beta hydrolase fold  23.95 
 
 
234 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4297  alpha/beta hydrolase fold  23.77 
 
 
259 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.32686  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00570  conserved hypothetical protein  43.9 
 
 
634 aa  49.3  0.00005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.351381  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1152  alpha/beta hydrolase fold protein  22.56 
 
 
239 aa  49.3  0.00005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1121  hypothetical protein  24.02 
 
 
260 aa  49.3  0.00005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.848062  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66830  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  25.11 
 
 
285 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0670  alpha/beta hydrolase fold  22.31 
 
 
254 aa  48.9  0.00006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3602  alpha/beta hydrolase fold  22.94 
 
 
264 aa  48.9  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1528  alpha/beta hydrolase fold  23.84 
 
 
278 aa  48.9  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.241032 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0817  hypothetical protein  26.13 
 
 
256 aa  48.9  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000104367  normal  0.28548 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0853  hypothetical protein  26.13 
 
 
256 aa  48.9  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000437553  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0756  hypothetical protein  26.13 
 
 
256 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000320823  normal  0.242139 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0743  hypothetical protein  26.13 
 
 
256 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000786446  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1033  alpha/beta hydrolase fold  22.03 
 
 
275 aa  48.5  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.127131  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0804  hypothetical protein  26.13 
 
 
256 aa  48.5  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000284969  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2383  poly(3-hydroxyalkanoate) depolymerase  23.9 
 
 
294 aa  48.5  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.38703  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1465  alpha/beta hydrolase fold protein  23.04 
 
 
289 aa  48.1  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.647363  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4983  branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase subunit E2  24.06 
 
 
367 aa  48.1  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.40688 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2705  alpha/beta hydrolase fold  28 
 
 
309 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.601677  normal  0.0914485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5795  poly(3-hydroxyalkanoic acid) depolymerase  24.67 
 
 
285 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29320  predicted hydrolase or acyltransferase of alpha/beta superfamily  21.39 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0285  3-oxoadipate enol-lactonase, putative  23.98 
 
 
259 aa  47.8  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0385204 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4141  Alpha/beta hydrolase protein  22.27 
 
 
233 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5500  putative prolyl aminopeptidase  23.68 
 
 
291 aa  47.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0980519  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1987  homoserine O-acetyltransferase  35.06 
 
 
388 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0873301  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0636  alpha/beta hydrolase fold protein  25.67 
 
 
237 aa  47.4  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.809032  normal  0.841425 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0318  bioH protein  26.8 
 
 
259 aa  46.6  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1222  Alpha/beta hydrolase fold  25.43 
 
 
262 aa  47  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0708  hypothetical protein  25.13 
 
 
254 aa  46.6  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000135641  normal  0.38067 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2540  BioH protein, putative  25.33 
 
 
240 aa  47  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.540694  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00643  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000010714  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2047  Alpha/beta hydrolase fold  24.46 
 
 
312 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  34.38 
 
 
571 aa  46.2  0.0004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2863  alpha/beta hydrolase fold protein  22.76 
 
 
314 aa  46.2  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.334442  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2970  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000312971  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00634  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000490791  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1353  alpha/beta hydrolase fold  20.72 
 
 
339 aa  46.2  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.687878  normal  0.202512 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0733  hypothetical protein  25 
 
 
254 aa  46.2  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.4403099999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0714  hypothetical protein  25.13 
 
 
254 aa  46.6  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000145499  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25910  putative lipase  24.35 
 
 
315 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0600573 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1546  alpha/beta hydrolase fold  43.9 
 
 
285 aa  46.2  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.834926  hitchhiker  0.0047604 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2212  putative lipase  24.35 
 
 
315 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.799877  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1992  alpha/beta hydrolase fold  32.29 
 
 
314 aa  45.8  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3825  bioH protein  34.74 
 
 
257 aa  45.8  0.0006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4215  alpha/beta hydrolase fold  22.8 
 
 
271 aa  45.8  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.756479  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1966  hypothetical protein  28.95 
 
 
530 aa  45.4  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.52219  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02551  hypothetical protein  19.91 
 
 
239 aa  45.4  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2514  alpha/beta hydrolase fold protein  41.67 
 
 
296 aa  45.4  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3711  carboxylesterase BioH  32.63 
 
 
256 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3879  carboxylesterase BioH  32.63 
 
 
256 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3817  carboxylesterase BioH  32.63 
 
 
256 aa  45.4  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.979411 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0198  alpha/beta hydrolase fold  23.14 
 
 
311 aa  44.7  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.593906 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>