141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0372 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_0372  hypothetical protein  100 
 
 
184 aa  377  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000170684  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2790  hypothetical protein  84.62 
 
 
157 aa  274  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3175  hypothetical protein  84.62 
 
 
157 aa  275  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3319  hypothetical protein  84.62 
 
 
157 aa  275  4e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.821326 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1195  protein of unknown function DUF88  84.62 
 
 
157 aa  275  4e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3176  hypothetical protein  83.97 
 
 
157 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1362  hypothetical protein  80.77 
 
 
157 aa  270  7e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0533358  hitchhiker  0.000590839 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1154  hypothetical protein  79.49 
 
 
157 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.215618  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1261  hypothetical protein  78.21 
 
 
159 aa  263  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0151498 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3118  hypothetical protein  78.85 
 
 
157 aa  259  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.26612 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1148  hypothetical protein  80.13 
 
 
157 aa  258  4e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.882158  normal  0.661089 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1080  hypothetical protein  75.9 
 
 
170 aa  258  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3490  hypothetical protein  79.49 
 
 
157 aa  256  2e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1080  hypothetical protein  78.06 
 
 
184 aa  255  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1173  hypothetical protein  72.9 
 
 
157 aa  244  4e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.751958 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3258  hypothetical protein  68.39 
 
 
157 aa  226  1e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0129193  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0134  hypothetical protein  69.87 
 
 
157 aa  223  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1710  hypothetical protein  64.29 
 
 
158 aa  205  3e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0652  hypothetical protein  61.54 
 
 
159 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00256756  normal  0.245583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4769  hypothetical protein  61.54 
 
 
159 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.40399  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1028  hypothetical protein  65.58 
 
 
157 aa  203  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.873196  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4644  hypothetical protein  61.54 
 
 
159 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.54947  normal  0.0402437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4782  hypothetical protein  60.9 
 
 
159 aa  201  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4925  hypothetical protein  60.9 
 
 
159 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1157  hypothetical protein  58.18 
 
 
167 aa  198  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0111181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4301  hypothetical protein  58.33 
 
 
158 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000509766  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12750  hypothetical protein  58.18 
 
 
167 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.019537  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4666  hypothetical protein  58.97 
 
 
158 aa  195  3e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0758  hypothetical protein  57.42 
 
 
158 aa  193  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1407  hypothetical protein  58.33 
 
 
157 aa  191  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00589  hypothetical protein  58.33 
 
 
156 aa  186  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0893  hypothetical protein  53.55 
 
 
158 aa  177  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.977519 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000074  hypothetical protein  51.85 
 
 
162 aa  176  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05689  hypothetical protein  53.85 
 
 
162 aa  177  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3730  hypothetical protein  55.77 
 
 
159 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1288  hypothetical protein  52.56 
 
 
157 aa  171  5.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000264072  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2746  protein of unknown function DUF88  36.42 
 
 
165 aa  107  7.000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0482662  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0673  protein of unknown function DUF88  35.37 
 
 
165 aa  106  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.696503  normal  0.0525429 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3179  protein of unknown function DUF88  33.12 
 
 
165 aa  105  3e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.488088  normal  0.175977 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0796  protein of unknown function DUF88  36.73 
 
 
165 aa  105  4e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0224  protein of unknown function DUF88  36.05 
 
 
165 aa  104  6e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.121246  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0671  hypothetical protein  29.49 
 
 
192 aa  82.8  0.000000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420654  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1654  protein of unknown function DUF88  28.76 
 
 
195 aa  80.1  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0466931  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1835  hypothetical protein  28.57 
 
 
194 aa  78.2  0.00000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0945  hypothetical protein  28.29 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.279417 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1667  hypothetical protein  32.93 
 
 
190 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.225518  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0300  hypothetical protein  32.93 
 
 
190 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.793071  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2579  hypothetical protein  32.93 
 
 
190 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00308857 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2805  hypothetical protein  27.38 
 
 
189 aa  73.9  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2568  hypothetical protein  31.25 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000124155  unclonable  0.0000000364355 
 
 
 
NC_007643  Rru_A1859  hypothetical protein  31.01 
 
 
214 aa  71.6  0.000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00561567  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1143  hypothetical protein  27.89 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1000  protein of unknown function DUF88  30.43 
 
 
205 aa  70.5  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00612385 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2447  hypothetical protein  30.72 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.728429 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0165  protein of unknown function DUF88  26.47 
 
 
343 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.334163 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1403  hypothetical protein  30.91 
 
 
183 aa  68.2  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.175354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1924  hypothetical protein  32.93 
 
 
205 aa  67.8  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.467688 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2257  hypothetical protein  32.3 
 
 
206 aa  67.4  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4859  hypothetical protein  27.63 
 
 
210 aa  67  0.0000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0181079  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3333  protein of unknown function DUF88  27.63 
 
 
207 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.258648  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2722  hypothetical protein  27.63 
 
 
209 aa  66.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.353362  normal  0.105632 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0096  protein of unknown function DUF88  26.49 
 
 
201 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.263134 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0191  protein of unknown function DUF88  29.27 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.656329  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2966  protein of unknown function DUF88  31.1 
 
 
216 aa  66.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.180481  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2633  hypothetical protein  32.08 
 
 
208 aa  65.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0521932  normal  0.18275 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2645  hypothetical protein  30.72 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0422082  hitchhiker  0.00814137 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0433  protein of unknown function DUF88  28.48 
 
 
294 aa  65.5  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2606  hypothetical protein  31.45 
 
 
209 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0253982  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0511  hypothetical protein  30 
 
 
191 aa  65.1  0.0000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1723  hypothetical protein  30.19 
 
 
207 aa  64.7  0.0000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.761661  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1805  hypothetical protein  27.21 
 
 
204 aa  64.3  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  unclonable  0.000048787 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0528  hypothetical protein  32.28 
 
 
190 aa  63.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0275005  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4689  hypothetical protein  30.43 
 
 
217 aa  64.3  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.501693  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3193  hypothetical protein  29.11 
 
 
218 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.198196  normal  0.951691 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3517  protein of unknown function DUF88  29.11 
 
 
218 aa  63.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0650346 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1144  protein of unknown function DUF88  30.38 
 
 
193 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0035  protein of unknown function DUF88  31.01 
 
 
219 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.153842  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0991  protein of unknown function DUF88  30.38 
 
 
195 aa  63.2  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.727303  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4033  protein of unknown function DUF88  26.83 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.424874  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3991  protein of unknown function DUF88  26.83 
 
 
226 aa  63.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3389  protein of unknown function DUF88  29.11 
 
 
217 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1440  hypothetical protein  30.38 
 
 
192 aa  62.8  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0675  hypothetical protein  30.38 
 
 
193 aa  62.8  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.179061  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1893  hypothetical protein  28.93 
 
 
213 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  hitchhiker  0.00176101 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2865  hypothetical protein  30.19 
 
 
206 aa  62  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.414585  normal  0.0571664 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5380  protein of unknown function DUF88  28.1 
 
 
356 aa  61.6  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.458157 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0033  hypothetical protein  29.75 
 
 
216 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0895202 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1891  hypothetical protein  27.04 
 
 
186 aa  60.8  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.248989  normal  0.794198 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2303  protein of unknown function DUF88  30.63 
 
 
168 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1877  hypothetical protein  29.01 
 
 
194 aa  60.1  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000471771  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3836  hypothetical protein  31.01 
 
 
202 aa  59.7  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0944  hypothetical protein  29.11 
 
 
194 aa  58.9  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0294476  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1578  hypothetical protein  29.41 
 
 
179 aa  58.2  0.00000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0544432  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0649  hypothetical protein  30.41 
 
 
191 aa  57.8  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2638  hypothetical protein  30.41 
 
 
191 aa  57.8  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4688  protein of unknown function DUF88  25.49 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.706781  normal  0.898673 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4322  hypothetical protein  25.49 
 
 
171 aa  57.4  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.833366  normal  0.664553 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0379  protein of unknown function DUF88  28.3 
 
 
203 aa  57.4  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.31368  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3645  protein of unknown function DUF88  24.84 
 
 
180 aa  57  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2008  protein of unknown function DUF88  28.48 
 
 
304 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0888225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>