More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0255 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03248  fused penicillin-binding protein 1a: murein transglycosylase/murein transpeptidase  49.02 
 
 		 850 aa  832    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.952695  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0317  penicillin-binding protein, 1A family  49.02 
 
 		 850 aa  832    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3733  peptidoglycan synthetase  50.41 
 
 		 851 aa  852    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  43.68 
 
 		 817 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0157  penicillin-binding protein, 1A family protein  51.68 
 
 		 851 aa  878    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  45.79 
 
 		 793 aa  701    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  42.59 
 
 		 830 aa  642    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0466  penicillin-binding protein  51.79 
 
 		 863 aa  818    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3591  peptidoglycan synthetase  48.9 
 
 		 850 aa  829    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.322941  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0280  penicillin-binding protein 1A  77.41 
 
 		 839 aa  1363    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  43.12 
 
 		 814 aa  643    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00034  penicillin-binding protein 1A  52.22 
 
 		 855 aa  919    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00516  bifunctional murein transglycosylase/transpeptidase  48.85 
 
 		 887 aa  852    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  43.41 
 
 		 803 aa  648    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0332  peptidoglycan synthetase  48.55 
 
 		 851 aa  835    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  45.24 
 
 		 794 aa  704    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  45.37 
 
 		 794 aa  707    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  42.87 
 
 		 814 aa  637    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002321  multimodular transpeptidase-transglycosylase  53.16 
 
 		 825 aa  911    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000241558  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  45.79 
 
 		 793 aa  701    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0219  peptidoglycan synthetase  50.41 
 
 		 851 aa  852    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  44.17 
 
 		 817 aa  678    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  43.73 
 
 		 823 aa  652    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  44.96 
 
 		 814 aa  701    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  42.13 
 
 		 815 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3673  peptidoglycan synthetase  48.84 
 
 		 858 aa  834    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0454505  normal  0.370172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3765  peptidoglycan synthetase  49.82 
 
 		 850 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0317  peptidoglycan synthetase  48.9 
 
 		 850 aa  829    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.47804  normal  0.149248 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3712  1A family penicillin-binding protein  76.07 
 
 		 839 aa  1347    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.637834  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3374  penicillin-binding protein 1A  72.1 
 
 		 846 aa  1268    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3972  peptidoglycan synthetase  50.41 
 
 		 851 aa  852    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0334  1A family penicillin-binding protein  68.59 
 
 		 847 aa  1184    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3889  peptidoglycan synthetase  49.88 
 
 		 851 aa  844    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0253  peptidoglycan synthetase  49.31 
 
 		 852 aa  838    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.570569  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0207  1A family penicillin-binding protein  67.83 
 
 		 861 aa  1201    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0421791 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4208  1A family penicillin-binding protein  75.58 
 
 		 822 aa  1311    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3692  peptidoglycan synthetase  49.82 
 
 		 850 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2212  penicillin-binding protein 1A  53.11 
 
 		 835 aa  912    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2692  penicillin-binding protein  43.07 
 
 		 846 aa  681    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000762848  hitchhiker  0.0050562 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4271  peptidoglycan glycosyltransferase  66.47 
 
 		 843 aa  1198    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.600271 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3773  peptidoglycan synthetase  48.9 
 
 		 850 aa  828    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  41.88 
 
 		 819 aa  645    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4009  penicillin-binding protein, 1A family  75.03 
 
 		 844 aa  1347    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 		 865 aa  1786    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0232  1A family penicillin-binding protein  74.2 
 
 		 849 aa  1312    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.748115  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4067  peptidoglycan synthetase  49.88 
 
 		 851 aa  838    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4090  1A family penicillin-binding protein  75.5 
 
 		 844 aa  1351    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3809  peptidoglycan synthetase  49.34 
 
 		 850 aa  827    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  43.68 
 
 		 817 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  44.05 
 
 		 817 aa  660    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3690  peptidoglycan synthetase  49.7 
 
 		 850 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0723  1A family penicillin-binding protein  48.03 
 
 		 866 aa  826    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  44.14 
 
 		 814 aa  672    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  43.5 
 
 		 817 aa  657    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4701  peptidoglycan synthetase  48.9 
 
 		 850 aa  830    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3799  peptidoglycan synthetase  49.82 
 
 		 850 aa  833    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1108  penicillin-binding protein 1A  45.64 
 
 		 846 aa  729    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3900  1A family penicillin-binding protein  76.1 
 
 		 839 aa  1348    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.247667  normal  0.227457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3704  1A family penicillin-binding protein  75.98 
 
 		 839 aa  1343    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.2288  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0241  1A family penicillin-binding protein  76.22 
 
 		 839 aa  1351    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  43.04 
 
 		 800 aa  638    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0369  penicillin-binding protein, 1A family protein  72.43 
 
 		 885 aa  1299    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0358767  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3867  peptidoglycan synthetase  49.02 
 
 		 850 aa  832    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4611  peptidoglycan synthetase  49.06 
 
 		 852 aa  838    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.241075  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3862  peptidoglycan synthetase  49.7 
 
 		 850 aa  832    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4119  1A family penicillin-binding protein  75.27 
 
 		 844 aa  1347    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.922666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  43.36 
 
 		 823 aa  648    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2715  penicillin-binding protein 1A  51.06 
 
 		 832 aa  873    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  41.81 
 
 		 804 aa  627  1e-178  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0607  penicillin-binding protein 1A  41.28 
 
 		 839 aa  616  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0360567  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  43.23 
 
 		 803 aa  612  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0825  1A family penicillin-binding protein  40.35 
 
 		 846 aa  602  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.397118  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  40.48 
 
 		 777 aa  589  1e-167  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1936  penicillin-binding protein, 1A family  39.56 
 
 		 790 aa  587  1e-166  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  40.29 
 
 		 791 aa  581  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  41.38 
 
 		 793 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3241  penicillin-binding protein, 1A family  39.24 
 
 		 807 aa  558  1e-157  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  40.33 
 
 		 799 aa  555  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 		 796 aa  555  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  39.95 
 
 		 799 aa  551  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3486  penicillin-binding protein 1A  38.92 
 
 		 796 aa  546  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0092  1A family penicillin-binding protein  40.2 
 
 		 778 aa  548  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000436892  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0366  1A family penicillin-binding protein  38.79 
 
 		 797 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.941804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1790  1A family penicillin-binding protein  39.62 
 
 		 809 aa  544  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0315  1A family penicillin-binding protein  39.09 
 
 		 795 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.640379 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  39.72 
 
 		 771 aa  543  1e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  39.04 
 
 		 797 aa  545  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1861  peptidoglycan glycosyltransferase  39.5 
 
 		 854 aa  543  1e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.894237  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  40.13 
 
 		 777 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  40.26 
 
 		 777 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02356  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  39.12 
 
 		 809 aa  541  9.999999999999999e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.448545  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0306  1A family penicillin-binding protein  39.09 
 
 		 797 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  38.66 
 
 		 797 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2720  penicillin-binding protein 1A  38.29 
 
 		 797 aa  538  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0088  penicillin-binding protein, 1A family  39.8 
 
 		 778 aa  536  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.129531  normal  0.0128257 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2976  penicillin-binding 1 transmembrane protein  40 
 
 		 801 aa  535  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.893289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1884  penicillin-binding protein 1A  37.71 
 
 		 868 aa  533  1e-150  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  38.47 
 
 		 792 aa  533  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3136  penicillin-binding protein 1A  39.5 
 
 		 791 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2174  penicillin-binding protein 1A  36.69 
 
 		 897 aa  530  1e-149  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.354055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>