More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0160 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0160  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 233 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000041056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0190  50S ribosomal protein L1  96.54 
 
 		 233 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000340035  hitchhiker  0.000583899 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4066  50S ribosomal protein L1  96.54 
 
 		 233 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000212774  normal  0.011135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0186  50S ribosomal protein L1  96.54 
 
 		 233 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000837635  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4472  50S ribosomal protein L1  96.54 
 
 		 233 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3769  50S ribosomal protein L1  94.42 
 
 		 233 aa  414  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000012914  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0189  50S ribosomal protein L1  94.42 
 
 		 233 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000305059  hitchhiker  0.00355335 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0184  50S ribosomal protein L1  94.42 
 
 		 233 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000067503  normal  0.0112469 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0221  50S ribosomal protein L1  93.99 
 
 		 233 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0189  50S ribosomal protein L1  93.56 
 
 		 233 aa  412  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324353  hitchhiker  0.00207422 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0148  ribosomal protein L1  89.52 
 
 		 233 aa  412  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000518131  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  85.71 
 
 		 233 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0138  50S ribosomal protein L1  91.81 
 
 		 233 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000376196  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  85.71 
 
 		 233 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0203  50S ribosomal protein L1  90 
 
 		 233 aa  394  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000988854  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2869  50S ribosomal protein L1  83.98 
 
 		 234 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000234009  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4392  50S ribosomal protein L1  87.07 
 
 		 234 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3734  ribosomal protein L1  88.36 
 
 		 234 aa  387  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4556  50S ribosomal protein L1  87.07 
 
 		 234 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103924  decreased coverage  0.00000000000032652 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4327  50S ribosomal protein L1  88.36 
 
 		 233 aa  387  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000769687  hitchhiker  0.00000000219942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4479  50S ribosomal protein L1  87.07 
 
 		 234 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0614276  hitchhiker  0.00155442 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4700  50S ribosomal protein L1  89.22 
 
 		 233 aa  388  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000139189  hitchhiker  0.00000553638 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0595  50S ribosomal protein L1  79.83 
 
 		 233 aa  388  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00100936  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4360  50S ribosomal protein L1  87.07 
 
 		 234 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0197515  normal  0.388445 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4482  50S ribosomal protein L1  87.07 
 
 		 234 aa  388  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0567176  decreased coverage  0.0000000000000063048 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03860  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000865195  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0274  50S ribosomal protein L1  87.34 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000655427  normal  0.0476273 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3888  ribosomal protein L1  89.52 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0890971  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0336  50S ribosomal protein L1  88.21 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00681469  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2807  50S ribosomal protein L1  88.21 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000532362  normal  0.121475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4524  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000100001  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3863  50S ribosomal protein L1  88.21 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000298725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5449  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000118396  hitchhiker  0.00123384 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4432  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000639921  hitchhiker  0.0000029085 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03813  hypothetical protein  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000121828  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4217  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  6.26604e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0170  50S ribosomal protein L1  80.35 
 
 		 229 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000255215  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4472  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000362466  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4041  50S ribosomal protein L1  87.93 
 
 		 234 aa  384  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000597884  hitchhiker  0.000939338 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4011  ribosomal protein L1  87.5 
 
 		 234 aa  382  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000271875  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0202  50S ribosomal protein L1  87.5 
 
 		 234 aa  380  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0394822  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  80.79 
 
 		 282 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4772  50S ribosomal protein L1  80.6 
 
 		 232 aa  378  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0687152  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0194  50S ribosomal protein L1  88.21 
 
 		 234 aa  378  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000443465  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2727  50S ribosomal protein L1  88.65 
 
 		 233 aa  378  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000405483  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0207  50S ribosomal protein L1  86.9 
 
 		 234 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000293924  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0174  50S ribosomal protein L1  90.52 
 
 		 233 aa  375  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000705855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3449  ribosomal protein L1  76.96 
 
 		 234 aa  351  7e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000354008  hitchhiker  0.00724733 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2179  ribosomal protein L1  70.87 
 
 		 231 aa  335  5e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.965533 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0709  50S ribosomal protein L1  70.43 
 
 		 232 aa  333  2e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.146158  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 		 233 aa  333  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1063  50S ribosomal protein L1  73.8 
 
 		 231 aa  331  7.000000000000001e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0602308  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  69.43 
 
 		 232 aa  323  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0616  ribosomal protein L1  70 
 
 		 231 aa  321  5e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.710053  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4558  50S ribosomal protein L1  70 
 
 		 231 aa  321  5e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.759483  normal  0.0544864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  68.12 
 
 		 232 aa  320  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2334  50S ribosomal protein L1  72.17 
 
 		 231 aa  320  9.999999999999999e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.505693  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 		 232 aa  318  3e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  318  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0868  ribosomal protein L1  65.5 
 
 		 231 aa  318  3e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  318  3e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 		 232 aa  318  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5089  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 231 aa  318  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000142036  normal  0.535547 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0285  ribosomal protein L1  69.87 
 
 		 231 aa  318  6e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000742644  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  317  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  317  1e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3037  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 231 aa  316  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0489009 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  67.25 
 
 		 232 aa  316  2e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0474  50S ribosomal protein L1  68.56 
 
 		 231 aa  316  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0821941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3317  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 231 aa  315  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.809364  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2970  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 231 aa  315  3e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0444  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 		 231 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.833491  unclonable  0.000000290351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0477  50S ribosomal protein L1  67.69 
 
 		 231 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000803824  normal  0.0129211 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4759  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 231 aa  314  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00425214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0827  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 231 aa  311  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0116287  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2334  ribosomal protein L1  67.69 
 
 		 231 aa  311  3.9999999999999997e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000592022  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08730  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 231 aa  311  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000385028 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  64.04 
 
 		 232 aa  310  1e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  64.04 
 
 		 232 aa  310  2e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0499  50S ribosomal protein L1  61.47 
 
 		 234 aa  308  2.9999999999999997e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0448  50S ribosomal protein L1P  68.4 
 
 		 231 aa  308  5e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3919  50S ribosomal protein L1  67.83 
 
 		 231 aa  308  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0395  50S ribosomal protein L1P  62.88 
 
 		 231 aa  306  2.0000000000000002e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.780238  hitchhiker  0.00704539 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0921  50S ribosomal protein L1  74.24 
 
 		 231 aa  305  4.0000000000000004e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000251506  hitchhiker  0.00000172539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06130  50S ribosomal protein L1  69.13 
 
 		 231 aa  303  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0411  50S ribosomal protein L1  68.28 
 
 		 230 aa  302  3.0000000000000004e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.11869  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3870  ribosomal protein L1  64.19 
 
 		 237 aa  301  6.000000000000001e-81  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0039  50S ribosomal protein L1  65.52 
 
 		 233 aa  300  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00138059  hitchhiker  0.00000000000807787 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0269  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 230 aa  299  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0927887  hitchhiker  0.00154879 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0043  50S ribosomal protein L1  65.52 
 
 		 233 aa  298  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000236116  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0756  50S ribosomal protein L1  64.35 
 
 		 230 aa  295  6e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>