33 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3553 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3553  hypothetical protein  100 
 
 
395 aa  819    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.841468 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1816  hypothetical protein  46.36 
 
 
386 aa  340  4e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.25346  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1232  hypothetical protein  43.86 
 
 
387 aa  323  3e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0545  hypothetical protein  35.97 
 
 
363 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1222  hypothetical protein  35.33 
 
 
414 aa  209  7e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.923895  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5696  hypothetical protein  27.17 
 
 
374 aa  97.1  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2401  hypothetical protein  27.33 
 
 
436 aa  93.2  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.16241  normal  0.851432 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1224  hypothetical protein  26.33 
 
 
873 aa  77.8  0.0000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1570  hypothetical protein  25.9 
 
 
417 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.280205  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1564  hypothetical protein  24.9 
 
 
380 aa  68.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4468  hypothetical protein  23.5 
 
 
392 aa  61.6  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.308966  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5763  hypothetical protein  23.36 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.616048 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3759  hypothetical protein  22.08 
 
 
394 aa  58.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0354058  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1682  hypothetical protein  27.16 
 
 
473 aa  56.6  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0147454  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1595  hypothetical protein  22.58 
 
 
404 aa  55.1  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.930547 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1872  hypothetical protein  22.52 
 
 
401 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.068493  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2410  hypothetical protein  28.7 
 
 
483 aa  52.8  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.459508  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1883  hypothetical protein  24.71 
 
 
448 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0134121  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1925  hypothetical protein  24.65 
 
 
439 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.051045  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1918  hypothetical protein  27.12 
 
 
439 aa  51.2  0.00003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000283561  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2401  hypothetical protein  27.12 
 
 
439 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00314941  hitchhiker  0.00123498 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1610  hypothetical protein  23.89 
 
 
387 aa  51.2  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.295334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1892  hypothetical protein  27.12 
 
 
439 aa  51.2  0.00004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000381629  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2152  hypothetical protein  23.94 
 
 
448 aa  50.8  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000767873  normal  0.361147 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1825  hypothetical protein  23.94 
 
 
448 aa  50.4  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000297573  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0575  hypothetical protein  24.19 
 
 
432 aa  50.8  0.00005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.614613  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2332  hypothetical protein  22.08 
 
 
435 aa  50.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0325377  normal  0.19178 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1057  hypothetical protein  21.07 
 
 
463 aa  50.4  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2102  hypothetical protein  24.14 
 
 
447 aa  48.9  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1126  hypothetical protein  24.11 
 
 
432 aa  47.4  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0557834  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2085  hypothetical protein  23.72 
 
 
439 aa  46.2  0.0009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00496552  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1897  hypothetical protein  23.37 
 
 
440 aa  46.2  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1179  hypothetical protein  25.15 
 
 
471 aa  43.9  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00692178 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>