107 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3419 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_3419  hypothetical protein  100 
 
 
982 aa  1982    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0573665 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1259  hypothetical protein  27.11 
 
 
996 aa  395  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0729  hypothetical protein  29.48 
 
 
978 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4704  hypothetical protein  28.91 
 
 
978 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.542548  hitchhiker  0.00128014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3599  hypothetical protein  26.74 
 
 
960 aa  376  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4482  hypothetical protein  28.02 
 
 
1002 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4569  hypothetical protein  28.64 
 
 
978 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.280096 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4703  hypothetical protein  28.89 
 
 
978 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.113752 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42760  hypothetical protein  27.36 
 
 
981 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4173  hypothetical protein  27.66 
 
 
1009 aa  365  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4816  hypothetical protein  28.69 
 
 
983 aa  365  3e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.682777  normal  0.176654 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0182  protein of unknown function DUF748  27.53 
 
 
954 aa  353  8e-96  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.966919  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0156  hypothetical protein  27.2 
 
 
950 aa  329  2.0000000000000001e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.968908  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2832  hypothetical protein  28.38 
 
 
1135 aa  326  1e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1874  hypothetical protein  26.17 
 
 
1011 aa  303  8.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.794272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1831  hypothetical protein  27.09 
 
 
1013 aa  300  1e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.85531  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1356  hypothetical protein  29.98 
 
 
1181 aa  298  2e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0273  hypothetical protein  24.82 
 
 
1098 aa  295  3e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62650  hypothetical protein  28.11 
 
 
1088 aa  294  7e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5452  hypothetical protein  27.93 
 
 
1088 aa  290  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.381107  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3077  hypothetical protein  25.93 
 
 
1041 aa  285  3.0000000000000004e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.266808  normal  0.0188552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3550  hypothetical protein  24.57 
 
 
1074 aa  277  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2029  hypothetical protein  25.86 
 
 
1161 aa  275  4.0000000000000004e-72  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0261  hypothetical protein  27.96 
 
 
1144 aa  271  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2416  hypothetical protein  26.12 
 
 
1072 aa  271  5e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845474  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1563  hypothetical protein  25.95 
 
 
1087 aa  270  1e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.332771  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0269  hypothetical protein  26.33 
 
 
1032 aa  268  2.9999999999999995e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.509002  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2486  hypothetical protein  26.02 
 
 
1067 aa  267  8e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0828259  normal  0.280975 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2757  hypothetical protein  25.38 
 
 
1024 aa  267  8e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0520624 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2146  hypothetical protein  29.79 
 
 
1169 aa  264  8e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.848955 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2578  hypothetical protein  25 
 
 
1076 aa  261  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.380474  normal  0.372826 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1502  hypothetical protein  23.74 
 
 
1119 aa  257  6e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0857  hypothetical protein  24.79 
 
 
968 aa  256  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.218657  normal  0.239267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1600  hypothetical protein  26.34 
 
 
1073 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0485198  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2796  hypothetical protein  25.3 
 
 
1069 aa  253  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3490  hypothetical protein  24.86 
 
 
953 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.910745  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1689  hypothetical protein  31.1 
 
 
1158 aa  238  6e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.278214  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1674  hypothetical protein  31 
 
 
1154 aa  237  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.248662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2668  protein of unknown function DUF748  31.36 
 
 
1151 aa  235  3e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.347388  normal  0.0417996 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1711  hypothetical protein  31.29 
 
 
1161 aa  234  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.191533 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3642  protein of unknown function DUF748  24.68 
 
 
955 aa  234  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.168101  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3574  protein of unknown function DUF748  23.88 
 
 
957 aa  232  3e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.217437  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2039  hypothetical protein  23.41 
 
 
1061 aa  230  9e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0319037  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1287  protein of unknown function DUF748  23.81 
 
 
1080 aa  230  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.701723 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1595  hypothetical protein  30.7 
 
 
1128 aa  228  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.419311  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0837  protein of unknown function DUF748  25.54 
 
 
1266 aa  227  6e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.457856  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2679  hypothetical protein  25.09 
 
 
1065 aa  227  9e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0766  protein of unknown function DUF748  25.54 
 
 
1260 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.172009  normal  0.0206816 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0955  hypothetical protein  23.35 
 
 
1040 aa  225  3e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00162474  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2223  protein of unknown function DUF748  23.26 
 
 
1216 aa  225  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.023159  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0680  hypothetical protein  25.62 
 
 
1187 aa  224  6e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00932  hypothetical protein  23.8 
 
 
1156 aa  221  6e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.697292  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4334  hypothetical protein  23.84 
 
 
1169 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0904318  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0525  protein of unknown function DUF748  23.6 
 
 
1210 aa  216  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.616486  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1599  hypothetical protein  25.66 
 
 
1124 aa  213  2e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3110  hypothetical protein  27.18 
 
 
1021 aa  210  1e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0539  protein of unknown function DUF748  24.53 
 
 
1208 aa  210  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4318  hypothetical protein  21.13 
 
 
1268 aa  207  9e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0896  putative transmembrane protein  23.99 
 
 
1261 aa  205  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0198015  normal  0.329843 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3951  hypothetical protein  26.28 
 
 
1337 aa  206  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.595385 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6890  protein of unknown function DUF748  21.96 
 
 
1247 aa  199  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00167785  normal  0.283223 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2314  hypothetical protein  21.87 
 
 
1189 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2829  hypothetical protein  24.13 
 
 
1200 aa  197  9e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.832798  hitchhiker  0.000000897971 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3628  hypothetical protein  24.16 
 
 
1304 aa  197  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.715566  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0362  protein of unknown function DUF748  27.43 
 
 
1330 aa  193  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4825  hypothetical protein  22.55 
 
 
1268 aa  194  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1893  protein of unknown function DUF748  23.29 
 
 
1266 aa  193  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2234  hypothetical protein  24.47 
 
 
1260 aa  191  8e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5371  hypothetical protein  22.47 
 
 
1271 aa  190  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.955656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4779  hypothetical protein  22.12 
 
 
1277 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.409952  normal  0.671241 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2165  hypothetical protein  21.28 
 
 
1382 aa  188  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.418001  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3301  hypothetical protein  20.85 
 
 
1264 aa  188  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0877858 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1357  hypothetical protein  27.22 
 
 
1025 aa  187  1.0000000000000001e-45  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.156492  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0166  hypothetical protein  21.57 
 
 
1264 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.69232  normal  0.124721 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1111  hypothetical protein  26.38 
 
 
806 aa  186  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.685916  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2114  diaminopimelate epimerase (DAP epimerase)  25.7 
 
 
1112 aa  186  2.0000000000000003e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5368  hypothetical protein  21.9 
 
 
1275 aa  186  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5492  hypothetical protein  21.9 
 
 
1275 aa  186  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0602314  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0861  transcription termination factor  27.86 
 
 
1081 aa  186  3e-45  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4953  hypothetical protein  25.43 
 
 
1281 aa  183  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2935  hypothetical protein  20.6 
 
 
1283 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0283  hypothetical protein  25.56 
 
 
1016 aa  175  2.9999999999999996e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0312  hypothetical protein  24.24 
 
 
1022 aa  172  2e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.949397  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0225  hypothetical protein  22.91 
 
 
1261 aa  170  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.290808  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2042  protein of unknown function DUF748  24.2 
 
 
1235 aa  165  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2904  hypothetical protein  26.23 
 
 
1298 aa  164  8.000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.651688  normal  0.0396842 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1662  hypothetical protein  23.87 
 
 
1235 aa  157  8e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2712  hypothetical protein  28.64 
 
 
595 aa  150  9e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2872  hypothetical protein  23.85 
 
 
1364 aa  149  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.325754  normal  0.590443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0632  hypothetical protein  21.72 
 
 
1197 aa  146  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2990  hypothetical protein  23.56 
 
 
1295 aa  141  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.92179  normal  0.306203 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3097  protein of unknown function DUF748  27.19 
 
 
1275 aa  138  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.331286  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1845  hypothetical protein  27.47 
 
 
1307 aa  138  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0850  hypothetical protein  27.47 
 
 
1307 aa  138  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.141925  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1140  hypothetical protein  27.47 
 
 
1307 aa  138  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.161671  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2113  hypothetical protein  27.47 
 
 
1307 aa  138  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1758  hypothetical protein  27.47 
 
 
1348 aa  137  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347198  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0321  hypothetical protein  27.47 
 
 
1318 aa  137  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0410  hypothetical protein  27.47 
 
 
1321 aa  137  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0200951  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2026  hypothetical protein  24.48 
 
 
1354 aa  132  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.368957  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>