More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2692 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03248  fused penicillin-binding protein 1a: murein transglycosylase/murein transpeptidase  42.37 
 
 
850 aa  652    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.952695  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0317  penicillin-binding protein, 1A family  42.37 
 
 
850 aa  652    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3972  peptidoglycan synthetase  41.88 
 
 
851 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3733  peptidoglycan synthetase  41.88 
 
 
851 aa  644    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  49.17 
 
 
817 aa  836    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  49.17 
 
 
817 aa  838    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  44.53 
 
 
830 aa  700    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0825  1A family penicillin-binding protein  47.75 
 
 
846 aa  755    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.397118  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0466  penicillin-binding protein  42.55 
 
 
863 aa  650    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.539362  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4271  peptidoglycan glycosyltransferase  44.9 
 
 
843 aa  742    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.600271 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0280  penicillin-binding protein 1A  43.09 
 
 
839 aa  668    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  49.35 
 
 
814 aa  827    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4208  1A family penicillin-binding protein  42.82 
 
 
822 aa  664    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3374  penicillin-binding protein 1A  43.28 
 
 
846 aa  676    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4090  1A family penicillin-binding protein  42.26 
 
 
844 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3900  1A family penicillin-binding protein  43.51 
 
 
839 aa  668    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.247667  normal  0.227457 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0332  peptidoglycan synthetase  42.53 
 
 
851 aa  659    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3889  peptidoglycan synthetase  43.66 
 
 
851 aa  659    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  46.82 
 
 
794 aa  782    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  46.82 
 
 
794 aa  783    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  49.82 
 
 
814 aa  831    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1884  penicillin-binding protein 1A  43.98 
 
 
868 aa  651    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3692  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3765  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4009  penicillin-binding protein, 1A family  42.14 
 
 
844 aa  663    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  49.21 
 
 
814 aa  764    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0404  penicillin-binding protein 1A  49.7 
 
 
815 aa  816    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0818527  normal  0.504343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  49.17 
 
 
817 aa  836    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45310  Penicillin binding protein 1A  49.65 
 
 
819 aa  836    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00516  bifunctional murein transglycosylase/transpeptidase  43.17 
 
 
887 aa  668    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3690  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4067  peptidoglycan synthetase  43.64 
 
 
851 aa  644    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0317  peptidoglycan synthetase  42.49 
 
 
850 aa  652    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.47804  normal  0.149248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0219  peptidoglycan synthetase  41.88 
 
 
851 aa  644    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4121  1A family penicillin-binding protein  48.65 
 
 
814 aa  813    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.739203  hitchhiker  0.00000203551 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0334  1A family penicillin-binding protein  45.88 
 
 
847 aa  728    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  48.59 
 
 
804 aa  754    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0157  penicillin-binding protein, 1A family protein  40.27 
 
 
851 aa  637    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0253  peptidoglycan synthetase  43.62 
 
 
852 aa  662    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.570569  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  46.84 
 
 
793 aa  765    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4119  1A family penicillin-binding protein  42.26 
 
 
844 aa  665    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.922666  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3862  peptidoglycan synthetase  42.25 
 
 
850 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  49.11 
 
 
803 aa  817    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3799  peptidoglycan synthetase  42.25 
 
 
850 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3591  peptidoglycan synthetase  42.49 
 
 
850 aa  652    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.322941  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  46.96 
 
 
793 aa  767    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2212  penicillin-binding protein 1A  40.78 
 
 
835 aa  651    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2692  penicillin-binding protein  100 
 
 
846 aa  1741    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000762848  hitchhiker  0.0050562 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3867  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  652    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.505357  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3773  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  650    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3241  penicillin-binding protein, 1A family  44.15 
 
 
807 aa  642    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0255  penicillin-binding protein 1A  43.07 
 
 
865 aa  681    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0232  1A family penicillin-binding protein  43.99 
 
 
849 aa  682    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.748115  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0607  penicillin-binding protein 1A  46.34 
 
 
839 aa  737    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0360567  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2174  penicillin-binding protein 1A  43.05 
 
 
897 aa  657    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.354055 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00034  penicillin-binding protein 1A  41.75 
 
 
855 aa  653    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0381  1A family penicillin-binding protein  50.24 
 
 
817 aa  837    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0207  1A family penicillin-binding protein  45.31 
 
 
861 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0421791 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3712  1A family penicillin-binding protein  42.94 
 
 
839 aa  660    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.637834  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3809  peptidoglycan synthetase  42.11 
 
 
850 aa  647    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3673  peptidoglycan synthetase  42.19 
 
 
858 aa  653    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0454505  normal  0.370172 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  48.21 
 
 
817 aa  754    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0723  1A family penicillin-binding protein  43.03 
 
 
866 aa  657    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  50.79 
 
 
823 aa  829    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1936  penicillin-binding protein, 1A family  41.61 
 
 
790 aa  638    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3704  1A family penicillin-binding protein  43.28 
 
 
839 aa  671    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.2288  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0241  1A family penicillin-binding protein  42.57 
 
 
839 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  47.18 
 
 
800 aa  746    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0369  penicillin-binding protein, 1A family protein  43.7 
 
 
885 aa  691    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0358767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4701  peptidoglycan synthetase  42.37 
 
 
850 aa  651    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  51.23 
 
 
823 aa  829    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002321  multimodular transpeptidase-transglycosylase  42.28 
 
 
825 aa  648    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000241558  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  47.16 
 
 
803 aa  697    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0395  1A family penicillin-binding protein  41.52 
 
 
940 aa  633  1e-180  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000119849 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2715  penicillin-binding protein 1A  39.81 
 
 
832 aa  629  1e-179  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4611  peptidoglycan synthetase  40.78 
 
 
852 aa  628  1e-178  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.241075  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1790  1A family penicillin-binding protein  42.35 
 
 
809 aa  622  1e-177  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  42.12 
 
 
777 aa  624  1e-177  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1861  peptidoglycan glycosyltransferase  42.33 
 
 
854 aa  621  1e-176  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.894237  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02356  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a)  43.04 
 
 
809 aa  622  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.448545  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  42.01 
 
 
796 aa  601  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  41.68 
 
 
799 aa  599  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  42.11 
 
 
799 aa  597  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  41.4 
 
 
771 aa  593  1e-168  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  40.12 
 
 
793 aa  595  1e-168  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0366  1A family penicillin-binding protein  41.38 
 
 
797 aa  595  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.941804  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3486  penicillin-binding protein 1A  42.16 
 
 
796 aa  592  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0274  penicillin-binding protein, 1A family  41.44 
 
 
790 aa  591  1e-167  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.565405  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  41.65 
 
 
797 aa  592  1e-167  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2720  penicillin-binding protein 1A  42.03 
 
 
797 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  41.13 
 
 
797 aa  591  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0315  1A family penicillin-binding protein  41.93 
 
 
795 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.640379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0306  1A family penicillin-binding protein  41.67 
 
 
797 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1862  1A family penicillin-binding protein  41.11 
 
 
839 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000145704  hitchhiker  0.0000925337 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1108  penicillin-binding protein 1A  39.95 
 
 
846 aa  577  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2369  1A family penicillin-binding protein  41.72 
 
 
852 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2296  penicillin-binding protein, 1A family  41.11 
 
 
833 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2082  1A family penicillin-binding protein  41.46 
 
 
840 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.264276  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  40.28 
 
 
792 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1935  1A family penicillin-binding protein  41.49 
 
 
839 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000247834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>