More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2452 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2452  hypothetical protein  100 
 
 		 408 aa  803    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.883759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21230  catecholate siderophore efflux pump, MFS_1 family  35.06 
 
 		 407 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000768503  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1175  major facilitator superfamily MFS_1  28.28 
 
 		 419 aa  167  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0759672  normal  0.955018 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1277  major facilitator transporter  27.82 
 
 		 410 aa  161  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0461  major facilitator superfamily MFS_1  28.85 
 
 		 420 aa  159  1e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3965  major facilitator transporter  28.68 
 
 		 413 aa  157  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.748751  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1550  major facilitator superfamily transporter  28.91 
 
 		 426 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1077  major facilitator transporter  30.41 
 
 		 403 aa  156  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0325  sugar efflux transporter  26.61 
 
 		 403 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5307  major facilitator superfamily MFS_1  28.82 
 
 		 424 aa  154  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.535267  normal  0.123974 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3614  major facilitator superfamily MFS_1  28.95 
 
 		 439 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3292  major facilitator superfamily MFS_1  28.86 
 
 		 439 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3453  major facilitator superfamily MFS_1  27.53 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.403237  normal  0.0945543 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5135  major facilitator transporter  27.36 
 
 		 422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.203092 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3400  tranporter transmembrane protein  29.1 
 
 		 421 aa  141  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1090  major facilitator transporter  27.11 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0155468 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4255  Arabinose efflux permease-like protein  36.13 
 
 		 217 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3301  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.27 
 
 		 512 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.970656 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1603  major facilitator transporter  22.95 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000182217  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3580  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  28.49 
 
 		 514 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8279  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  31.84 
 
 		 680 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2685  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.26 
 
 		 511 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0846353  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2183  multidrug resistance protein  25.42 
 
 		 400 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.532431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0658  major facilitator superfamily drug efflux transporter  28.66 
 
 		 534 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.36986 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2463  multidrug resistance protein, putative  24.28 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.190584  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2916  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.43 
 
 		 511 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0905383  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1474  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.75 
 
 		 510 aa  79.7  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.942704  normal  1 
 
 
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NC_011761  AFE_1797  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  25.75 
 
 		 503 aa  79.7  0.00000000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0659  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.82 
 
 		 517 aa  79.7  0.00000000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.372094  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0326  EmrB/QacA family drug resistance transporter  32.26 
 
 		 539 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2880  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00104329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2535  major facilitator superfamily MFS_1  29.06 
 
 		 391 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216008  normal  0.0447169 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2683  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000215764  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2608  multidrug resistance protein B  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000057385  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B2351  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.43 
 
 		 504 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00500074  normal  0.144653 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2877  EmrB/QacA family drug resistance transporter  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0363154  n/a   
 
 
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NC_011658  BCAH187_A2928  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000585053  n/a   
 
 
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NC_011725  BCB4264_A2894  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  35.43 
 
 		 511 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0578631  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4465  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.81 
 
 		 508 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0456997  normal  1 
 
 
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NC_008009  Acid345_3094  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.68 
 
 		 532 aa  79  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011206  Lferr_1842  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25 
 
 		 516 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011761  AFE_2184  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  25 
 
 		 514 aa  78.6  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.208618  n/a   
 
 
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NC_011313  VSAL_II0914  MFS transporter  24.41 
 
 		 395 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010338  Caul_2689  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.93 
 
 		 511 aa  78.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0761069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0098  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.45 
 
 		 508 aa  78.2  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.700736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1908  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.39 
 
 		 509 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2190  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.19 
 
 		 514 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1890  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.57 
 
 		 569 aa  77.8  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2222  multidrug resistance protein  24.34 
 
 		 398 aa  77.8  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000329957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2528  multidrug resistance protein  24.82 
 
 		 398 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000149033  n/a   
 
 
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NC_010515  Bcenmc03_3392  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.22 
 
 		 512 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.661215 
 
 
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NC_008061  Bcen_4239  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.39 
 
 		 493 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008543  Bcen2424_4127  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.22 
 
 		 512 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.648562  normal  0.843392 
 
 
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NC_009484  Acry_1891  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.33 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1202  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.63 
 
 		 536 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00417242  normal  0.367186 
 
 
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NC_005957  BT9727_2632  multidrug resistance protein B  34.65 
 
 		 511 aa  77  0.0000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000173688  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  23.2 
 
 		 392 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3182  major facilitator transporter  30 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.372943 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000901  inner membrane component of tripartite multidrug resistance system  28.46 
 
 		 496 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1672  major facilitator transporter  21.83 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000335684  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0865  multidrug resistance protein B  22.95 
 
 		 526 aa  76.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2318  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.33 
 
 		 678 aa  76.3  0.0000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2020  major facilitator transporter  29.06 
 
 		 391 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.286294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3817  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.28 
 
 		 697 aa  76.3  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00137036  normal  0.060926 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1984  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.68 
 
 		 511 aa  75.9  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.241117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06902  hypothetical protein  28.46 
 
 		 495 aa  74.7  0.000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2099  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.67 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.710397 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1875  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.67 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0668  MFS transporter  24.9 
 
 		 387 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2349  multidrug resistance protein  28.68 
 
 		 561 aa  75.5  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.306519  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2224  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.51 
 
 		 526 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.264069  normal  0.72348 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3042  EmrB/QacA family drug resistance transporter  26.15 
 
 		 685 aa  74.3  0.000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.141693  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3068  major facilitator family transporter  24.9 
 
 		 375 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.547079  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2487  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  28.41 
 
 		 510 aa  74.3  0.000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0468025  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1283  general substrate transporter  25 
 
 		 387 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1624  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.67 
 
 		 532 aa  74.3  0.000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.594249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3237  transporter of the MFS superfamily  25 
 
 		 380 aa  73.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.402069  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0041  EmrB/QacA family drug resistance transporter  31.41 
 
 		 530 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.216862  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2461  major facilitator superfamily MFS_1  21.85 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2437  major facilitator transporter  27.16 
 
 		 494 aa  73.6  0.000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.516021  n/a   
 
 
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NC_010117  COXBURSA331_A1151  DHA2 family drug:H+ antiporter-1  22.4 
 
 		 526 aa  73.2  0.000000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009077  Mjls_2786  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.87 
 
 		 682 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008146  Mmcs_2756  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.87 
 
 		 682 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_2800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.87 
 
 		 682 aa  73.2  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.375758  normal  0.713659 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2919  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.82 
 
 		 508 aa  72.4  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_010180  BcerKBAB4_5596  major facilitator transporter  24.63 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013131  Caci_5285  major facilitator superfamily MFS_1  34.19 
 
 		 491 aa  72.8  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_004578  PSPTO_4357  major facilitator family transporter  27.18 
 
 		 388 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4864  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  29.95 
 
 		 685 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B1326  major facilitator superfamily multidrug efflux transporter  28.3 
 
 		 529 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.473052  normal  0.0275386 
 
 
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NC_009784  VIBHAR_06496  hypothetical protein  23.91 
 
 		 395 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
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NC_006348  BMA0882  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_1642  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0750127  n/a   
 
 
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NC_009080  BMA10247_0688  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.957167  n/a   
 
 
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NC_007434  BURPS1710b_1800  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008785  BMASAVP1_A1406  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.728778  n/a   
 
 
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NC_008786  Veis_0958  major facilitator superfamily transporter  24.83 
 
 		 399 aa  71.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596734  normal  1 
 
 
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NC_008836  BMA10229_A0470  drug:H+ antiporter-2 (DHA2) family protein  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009074  BURPS668_1622  EmrB/QacA family drug resistance transporter  28.93 
 
 		 539 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  22.4 
 
 		 388 aa  70.9  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.510644 
 
 
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