More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2106 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
BN001305  ANIA_05571  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring) (Eurofung)  41.23 
 
 
1048 aa  720    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.532364 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00685  alpha-ketoglutarate decarboxylase  56.71 
 
 
933 aa  1092    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2910  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  56.71 
 
 
933 aa  1092    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.644532  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_79721  alpha-ketoglutarate dehydrogenase  40.06 
 
 
1015 aa  693    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.0668593 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2449  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.81 
 
 
894 aa  786    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4189  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  65.29 
 
 
943 aa  1299    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1952  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.17 
 
 
937 aa  1019    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1309  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.55 
 
 
884 aa  746    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1269  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.96 
 
 
953 aa  1085    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2625  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.35 
 
 
987 aa  780    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.835957  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1380  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.44 
 
 
955 aa  643    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2219  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  56.73 
 
 
934 aa  1112    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.67632  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3979  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.36 
 
 
959 aa  1043    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0538563 
 
 
-
 
NC_004310  BR1923  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.77 
 
 
1004 aa  833    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1930  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.64 
 
 
939 aa  1149    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2199  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 component  64.13 
 
 
943 aa  1285    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.374775  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1177  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.54 
 
 
955 aa  645    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1158  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.44 
 
 
955 aa  642    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1152  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.44 
 
 
955 aa  643    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659786  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1052  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.12 
 
 
954 aa  1087    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0597  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.17 
 
 
936 aa  1046    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.28 
 
 
936 aa  1048    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB01730  oxoglutarate dehydrogenase (succinyl-transferring), putative  42.71 
 
 
1055 aa  708    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.256683  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0025  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.52 
 
 
999 aa  786    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2009  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  64.13 
 
 
943 aa  1284    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0102  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.32 
 
 
961 aa  1111    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2859  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.28 
 
 
945 aa  1043    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.256736  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0566  alpha-ketoglutarate decarboxylase  47.79 
 
 
1214 aa  776    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.622687  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2047  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.91 
 
 
950 aa  1076    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.738586  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4481  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  50.58 
 
 
944 aa  896    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0255  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.63 
 
 
912 aa  745    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0124838  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1188  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.8 
 
 
1001 aa  900    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.489523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0422  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.42 
 
 
985 aa  808    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1924  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.02 
 
 
954 aa  1085    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.283552  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.05 
 
 
940 aa  1088    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1614  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  64.44 
 
 
943 aa  1288    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3492  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0965  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.35 
 
 
992 aa  781    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.192526  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2940  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.1 
 
 
907 aa  733    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000647014  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4649  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.28 
 
 
954 aa  1070    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.36225  normal  0.355037 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2769  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.16 
 
 
896 aa  781    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1270  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  39.54 
 
 
955 aa  645    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0857  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.87 
 
 
935 aa  1048    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.813693  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1213  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.19 
 
 
987 aa  804    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326546  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2556  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.8 
 
 
954 aa  1082    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0781  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.42 
 
 
939 aa  785    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0981915  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3748  alpha-ketoglutarate decarboxylase  47.18 
 
 
1244 aa  748    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0278  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.09 
 
 
985 aa  823    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.268531 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1180  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.72 
 
 
950 aa  774    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0578  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.23 
 
 
905 aa  680    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1086  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  56.51 
 
 
945 aa  1071    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0832  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.23 
 
 
912 aa  768    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0831  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.46 
 
 
985 aa  781    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.270147 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2321  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.43 
 
 
963 aa  1022    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.676675  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2106  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  100 
 
 
953 aa  1987    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000654804  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0191  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.3 
 
 
991 aa  808    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2624  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.03 
 
 
963 aa  1032    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.844376  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2812  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.22 
 
 
953 aa  1063    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.198639 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2183  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.53 
 
 
940 aa  1147    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0544  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.3 
 
 
985 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.898698  normal  0.505126 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1217  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  65.29 
 
 
943 aa  1307    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.718447  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0542  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.15 
 
 
989 aa  807    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0111  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.38 
 
 
961 aa  1112    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2050  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.7 
 
 
950 aa  1066    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.414377  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3507  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  41.14 
 
 
820 aa  672    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0140  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  52.82 
 
 
986 aa  988    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3511  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  43.17 
 
 
983 aa  800    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.364999  normal  0.890777 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2228  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  47.46 
 
 
940 aa  775    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.424063  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1028  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.38 
 
 
954 aa  1071    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3973  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.06 
 
 
1269 aa  728    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1498  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.12 
 
 
954 aa  1087    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2535  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  40.77 
 
 
946 aa  683    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00287256  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1799  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.25 
 
 
940 aa  1138    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.243197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3398  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.12 
 
 
994 aa  845    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0166  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.12 
 
 
954 aa  1087    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.673869  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3362  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  45.28 
 
 
946 aa  795    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.044527 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0959  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  51.66 
 
 
931 aa  993    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.292659  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1635  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.53 
 
 
939 aa  1143    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.43 
 
 
939 aa  1143    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.799991  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2609  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.86 
 
 
941 aa  1121    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00855464 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2343  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  55.79 
 
 
940 aa  1116    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0982455  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2013  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.49 
 
 
952 aa  1048    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.430973 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2817  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.57 
 
 
994 aa  791    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.900682  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1390  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.49 
 
 
954 aa  1073    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44010  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  66.77 
 
 
943 aa  1327    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2645  alpha-ketoglutarate decarboxylase  46.07 
 
 
1277 aa  751    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.178892  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1508  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  54.38 
 
 
954 aa  1071    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3547  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  46.13 
 
 
901 aa  775    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2395  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  44.61 
 
 
981 aa  798    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0106518 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1710  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.43 
 
 
939 aa  1141    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.150842 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0586  alpha-ketoglutarate decarboxylase  47.33 
 
 
1233 aa  761    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.577894  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0555  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  42.87 
 
 
988 aa  783    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0848498  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1737  alpha-ketoglutarate decarboxylase  45.44 
 
 
1263 aa  729    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.765927  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1427  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  57.34 
 
 
940 aa  1112    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.345596  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4047  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.06 
 
 
1269 aa  728    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2252  2-oxoglutarate dehydrogenase, E1 subunit  58.79 
 
 
935 aa  1135    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.392494  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4477  alpha-ketoglutarate decarboxylase  44.19 
 
 
1262 aa  719    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.655001  normal  0.23332 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1154  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  64.38 
 
 
945 aa  1316    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3248  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.37 
 
 
959 aa  1044    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1856  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.18 
 
 
963 aa  1030    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.61724  normal  0.555418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1822  2-oxoglutarate dehydrogenase E1 component  53.05 
 
 
958 aa  1037    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.549181 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>