More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2005 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007484  Noc_0988  UvrD/REP helicase  36.32 
 
 
1146 aa  662    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.181635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2005  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  100 
 
 
1155 aa  2383    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0973  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  36.72 
 
 
1155 aa  650    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.117254 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0723  UvrD/REP helicase  35.07 
 
 
1196 aa  627  1e-178  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1315  ATP-dependent nuclease subunit A  34.73 
 
 
1110 aa  612  1e-173  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1375  UvrD/REP helicase family protein  34.73 
 
 
1110 aa  612  1e-173  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.134048  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1708  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  36.69 
 
 
1118 aa  606  9.999999999999999e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0468  UvrD/REP helicase  35.85 
 
 
1134 aa  599  1e-170  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1975  UvrD/REP helicase  35.45 
 
 
1132 aa  595  1e-168  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.109081  normal  0.151355 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1751  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  34.07 
 
 
1129 aa  543  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.910924 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3622  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  33.19 
 
 
1135 aa  539  1e-151  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1697  UvrD/REP helicase  32.59 
 
 
1182 aa  491  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1775  hypothetical protein  33.45 
 
 
1076 aa  479  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1776  hypothetical protein  33.07 
 
 
1076 aa  476  1e-132  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  25.91 
 
 
1162 aa  257  7e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  26.53 
 
 
1147 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  24.22 
 
 
1242 aa  137  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  24.24 
 
 
1241 aa  135  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.55 
 
 
1241 aa  134  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.55 
 
 
1241 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.45 
 
 
1241 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.58 
 
 
1241 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.45 
 
 
1241 aa  133  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.69 
 
 
1241 aa  133  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.87 
 
 
1240 aa  132  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.45 
 
 
1241 aa  132  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  23.81 
 
 
1204 aa  128  6e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  25.92 
 
 
1080 aa  128  8.000000000000001e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.93 
 
 
1241 aa  127  9e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  24.5 
 
 
1203 aa  124  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3581  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.35 
 
 
1177 aa  118  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  24.41 
 
 
1244 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  26.96 
 
 
1177 aa  117  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  23.19 
 
 
1155 aa  116  3e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.24 
 
 
1139 aa  115  6e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3434  UvrD/REP helicase  24.65 
 
 
1187 aa  111  7.000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  24.95 
 
 
1047 aa  111  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  25.98 
 
 
1131 aa  108  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  26.59 
 
 
1107 aa  108  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  22.69 
 
 
1149 aa  108  6e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.8 
 
 
1230 aa  108  6e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  23.1 
 
 
657 aa  108  7e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  25.67 
 
 
1120 aa  108  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1034  UvrD/REP helicase  26.7 
 
 
1173 aa  108  9e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0891257  normal  0.693052 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3376  UvrD/REP helicase  27.54 
 
 
659 aa  107  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0090  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.87 
 
 
1156 aa  106  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195606  normal  0.386807 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  25.9 
 
 
1392 aa  106  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1719  UvrD/REP helicase  26.82 
 
 
646 aa  105  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.571128  normal 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf847  ATP-dependent DNA helicase  26.54 
 
 
726 aa  105  6e-21  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.710587  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0056  ATP-dependant DNA helicase  26.97 
 
 
1182 aa  104  8e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  25.65 
 
 
1184 aa  103  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  25.96 
 
 
1180 aa  104  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2224  UvrD/REP helicase  28.15 
 
 
659 aa  103  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  25.16 
 
 
1106 aa  102  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  25.51 
 
 
1180 aa  102  4e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  24.76 
 
 
1119 aa  101  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3651  UvrD/REP helicase  26.46 
 
 
641 aa  101  9e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00677749  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0641  UvrD/REP helicase  23.68 
 
 
1173 aa  100  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0566745  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0546  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.13 
 
 
713 aa  100  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  25.43 
 
 
1106 aa  100  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  26.04 
 
 
833 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0761  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.12 
 
 
1223 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.238035  normal  0.093599 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1412  double-strand break repair helicase AddA  24.9 
 
 
1151 aa  100  2e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  23.85 
 
 
1161 aa  100  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  23.69 
 
 
770 aa  99.4  3e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1525  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.15 
 
 
772 aa  99.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2325  UvrD/REP helicase  25.82 
 
 
1087 aa  99.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.293004  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.52 
 
 
755 aa  98.6  6e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.92 
 
 
1061 aa  98.6  7e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0359  UvrD/Rep/AddA family helicase  23.63 
 
 
1089 aa  98.2  9e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  24.55 
 
 
1156 aa  97.8  9e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1377  Exodeoxyribonuclease V  24.4 
 
 
1226 aa  97.4  1e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.246845  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11370  DNA/RNA helicase, superfamily I  25.41 
 
 
1094 aa  97.4  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.976622  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  23.98 
 
 
1115 aa  97.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  24.61 
 
 
1125 aa  96.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  26.86 
 
 
723 aa  96.3  3e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  26.4 
 
 
1117 aa  96.3  3e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  23.95 
 
 
757 aa  95.9  4e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2863  ATP-dependent DNA helicase UvrD  26.17 
 
 
725 aa  95.5  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  21.37 
 
 
1217 aa  95.1  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  21.37 
 
 
1217 aa  95.1  6e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0178  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.26 
 
 
796 aa  94.7  9e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.349073  normal  0.0817623 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  23.84 
 
 
706 aa  94.7  9e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2175  double-strand break repair helicase AddA  27.13 
 
 
1164 aa  94.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.997727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0817  double-strand break repair helicase AddA  23.2 
 
 
1180 aa  94  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.46 
 
 
757 aa  94.4  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25 
 
 
797 aa  93.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3361  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.81 
 
 
772 aa  93.6  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.876798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  26.08 
 
 
1157 aa  93.6  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1403  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 
900 aa  94  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.405797  normal  0.0281555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  26.13 
 
 
723 aa  93.6  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.42 
 
 
759 aa  93.2  3e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  25.79 
 
 
764 aa  93.2  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  25.87 
 
 
794 aa  92.8  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4844  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.29 
 
 
776 aa  92.8  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.24 
 
 
1248 aa  92.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1357  UvrD/REP helicase  29.2 
 
 
1196 aa  92.4  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0629  UvrD/REP helicase  23.58 
 
 
1161 aa  92  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.590503 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0050  recombination helicase AddA  22.75 
 
 
1392 aa  92  6e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.110759  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0086  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  21.39 
 
 
1183 aa  91.7  7e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>