36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1587 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1587  pseudouridine synthase, RluD  100 
 
 		 551 aa  1142    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.477601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0386  pseudouridine synthase, RluD  35.99 
 
 		 580 aa  326  6e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.945597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5961  hypothetical protein  37.83 
 
 		 602 aa  326  7e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0164174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3351  hypothetical protein  34.97 
 
 		 631 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39440  hypothetical protein  35.61 
 
 		 631 aa  297  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1670  hypothetical protein  35.46 
 
 		 605 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000354667  normal  0.0752572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2167  hypothetical protein  33.8 
 
 		 624 aa  277  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672339  normal  0.0198055 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1898  hypothetical protein  31.42 
 
 		 575 aa  233  6e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.487361  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1382  hypothetical protein  30.56 
 
 		 935 aa  222  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686008  normal  0.478285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00080  hypothetical protein  30.69 
 
 		 568 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1586  ribonuclease E and G  36.83 
 
 		 715 aa  209  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2708  hypothetical protein  29.74 
 
 		 595 aa  200  6e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3697  hypothetical protein  27.4 
 
 		 585 aa  193  9e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3212  hypothetical protein  31.1 
 
 		 634 aa  192  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37650  hypothetical protein  30.86 
 
 		 634 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.191863  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2023  hypothetical protein  29.03 
 
 		 602 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.700598 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37640  hypothetical protein  31.03 
 
 		 624 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.011725  normal  0.639199 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3181  hypothetical protein  28.6 
 
 		 580 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.637491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3211  hypothetical protein  31.03 
 
 		 624 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4365  hypothetical protein  28.77 
 
 		 624 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00793979  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1798  hypothetical protein  27.68 
 
 		 506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2187  hypothetical protein  27.25 
 
 		 515 aa  128  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4645  hypothetical protein  28.48 
 
 		 491 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000345965 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2939  hypothetical protein  25.87 
 
 		 505 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.582281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1797  hypothetical protein  34.63 
 
 		 483 aa  119  1.9999999999999998e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.636063  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5218  hypothetical protein  33.76 
 
 		 622 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0341555  hitchhiker  0.000592989 
 
 
-
 
NC_003296  RS05639  hypothetical protein  25.38 
 
 		 628 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2940  hypothetical protein  26.43 
 
 		 492 aa  113  8.000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3772  hypothetical protein  28.95 
 
 		 532 aa  103  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0742715  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0604  hypothetical protein  27.23 
 
 		 386 aa  95.1  3e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1610  hypothetical protein  29.37 
 
 		 479 aa  95.1  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2188  hypothetical protein  31.53 
 
 		 503 aa  92.8  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1293  hypothetical protein  31.87 
 
 		 183 aa  87.4  6e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.833643  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4647  hypothetical protein  25.43 
 
 		 477 aa  87.4  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000289312 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1661  hypothetical protein  31.33 
 
 		 676 aa  55.1  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.773537  normal  0.657918 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1446  hypothetical protein  60 
 
 		 678 aa  52.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0652479  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>