219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1584 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
118 aa  243  6e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  78.63 
 
 
118 aa  194  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2169  regulatory protein, MerR  77.97 
 
 
118 aa  192  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  78.63 
 
 
118 aa  192  1e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  78.63 
 
 
118 aa  191  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2472  hypothetical protein  77.78 
 
 
118 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3218  MerR family transcriptional regulator  77.78 
 
 
118 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.330484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2511  hypothetical protein  78.63 
 
 
118 aa  190  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28730  putative transcriptional regulator  78.63 
 
 
118 aa  190  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000134436  hitchhiker  0.00000000749265 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3474  MerR family transcriptional regulator  77.78 
 
 
118 aa  191  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00283655 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2385  transcriptional regulator, putative  77.12 
 
 
118 aa  189  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.170009  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  72.88 
 
 
121 aa  183  9e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  74.36 
 
 
118 aa  180  6e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  68.64 
 
 
118 aa  176  1e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  68.64 
 
 
118 aa  174  3e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  66.67 
 
 
118 aa  170  5.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2798  transcriptional regulator, MerR family  64.1 
 
 
118 aa  163  8e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1457  transcriptional regulator, MerR family  66.67 
 
 
118 aa  157  6e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0434  MerR family transcriptional regulator  64.35 
 
 
120 aa  153  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  61.9 
 
 
118 aa  147  6e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  60.95 
 
 
120 aa  145  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  74.73 
 
 
143 aa  142  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  71.13 
 
 
125 aa  141  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  72.22 
 
 
137 aa  140  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  75 
 
 
130 aa  139  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  58.14 
 
 
143 aa  138  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1167  MerR family transcriptional regulator  81.48 
 
 
144 aa  137  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354578  normal  0.670626 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  68.42 
 
 
136 aa  137  6e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1471  transcriptional regulator domain-containing protein  57.02 
 
 
126 aa  137  6e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1408  transcriptional regulator, MerR family  57.02 
 
 
126 aa  137  6e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00332069  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  72.22 
 
 
141 aa  136  7.999999999999999e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  73.03 
 
 
143 aa  136  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  67.01 
 
 
137 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  67.01 
 
 
137 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  67.01 
 
 
137 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1014  MerR family transcriptional regulator  59.32 
 
 
121 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986669 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  57.72 
 
 
121 aa  135  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  61.16 
 
 
132 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
134 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  75.29 
 
 
146 aa  134  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  81.08 
 
 
159 aa  134  4e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  71.59 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1532  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0196  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
134 aa  134  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  71.43 
 
 
136 aa  134  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  75.95 
 
 
149 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  74.7 
 
 
137 aa  133  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  71.59 
 
 
126 aa  133  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  81.08 
 
 
142 aa  133  9e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  74.7 
 
 
137 aa  133  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  74.7 
 
 
137 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  81.08 
 
 
142 aa  133  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3096  MerR family transcriptional regulator  64.58 
 
 
140 aa  132  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1881  putative transcriptional regulator  74.39 
 
 
157 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.027165 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2749  transcriptional regulator, MerR family  82.43 
 
 
137 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1752  MerR family transcriptional regulator  71.43 
 
 
161 aa  130  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0206721 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  58.97 
 
 
126 aa  130  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  75.95 
 
 
159 aa  129  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  58.1 
 
 
173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2847  MerR family transcriptional regulator  79.73 
 
 
162 aa  127  4.0000000000000003e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.786709  hitchhiker  0.005225 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  65.12 
 
 
116 aa  126  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2236  transcriptional regulator, MerR family  71.62 
 
 
150 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.039823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2607  transcriptional regulator, MerR family  71.62 
 
 
150 aa  119  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1660  MerR family transcriptional regulator  47.11 
 
 
129 aa  111  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3741  transcriptional regulator, MerR family  47.66 
 
 
112 aa  104  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.274926  normal  0.767741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1425  transcriptional regulator  42.34 
 
 
116 aa  95.1  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000104332  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3038  MerR family transcriptional regulator  41.88 
 
 
125 aa  90.9  5e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0025515  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3922  MerR family transcriptional regulator  39.67 
 
 
144 aa  90.5  7e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.856583  normal  0.167239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
757 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1889  transcriptional regulator, MerR family  41.74 
 
 
116 aa  83.2  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000504717  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0713  MerR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
127 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.245561  normal  0.461713 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1418  MerR family transcriptional regulator  40.35 
 
 
116 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000205103  normal  0.491097 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
150 aa  81.3  0.000000000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0887  MerR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
112 aa  81.3  0.000000000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0416797  hitchhiker  0.00000266118 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
130 aa  80.5  0.000000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1522  transcriptional regulator, putative  39.45 
 
 
117 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0919543  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
208 aa  79.7  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  45.56 
 
 
160 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0267  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 
196 aa  79.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
266 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  47.19 
 
 
165 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2621  MerR family transcriptional regulator  49.3 
 
 
117 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.361193  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  45.56 
 
 
165 aa  78.6  0.00000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  51.56 
 
 
136 aa  78.2  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1914  MerR family transcriptional regulator  47.95 
 
 
282 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.346124  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  49.33 
 
 
169 aa  78.2  0.00000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
241 aa  77.4  0.00000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  48 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0640  MerR family transcriptional regulator  41.94 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  48 
 
 
179 aa  77.4  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
272 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  46.58 
 
 
281 aa  77  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1633  hypothetical protein  43.48 
 
 
181 aa  77  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0650  transcriptional regulator, MerR family  43.42 
 
 
172 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00809015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  45 
 
 
151 aa  76.6  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2678  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00961924  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1722  hypothetical protein  46.67 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.22489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>