69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1572 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_1572  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase  100 
 
 
365 aa  754    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0025  glycoside hydrolase family 5  52.22 
 
 
358 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1089  glycoside hydrolase family protein  43.91 
 
 
566 aa  274  1.0000000000000001e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.122836  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4289  glycoside hydrolase family 5  26.36 
 
 
717 aa  95.9  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.162807  normal  0.0359435 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2394  Fibronectin type III domain protein  25 
 
 
651 aa  92  1e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.253992  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2387  Fibronectin type III domain protein  26.17 
 
 
703 aa  91.3  3e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2395  glycoside hydrolase family 5  26.23 
 
 
1221 aa  88.2  2e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.740563  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2510  Carbohydrate-binding family 9  26.44 
 
 
626 aa  82.8  0.000000000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2006  cellulose-binding family II  23.03 
 
 
1194 aa  80.1  0.00000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0781083  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0302  glycoside hydrolase family 5  23.5 
 
 
481 aa  72.4  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0480106  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04151  major extracellular endoglucanase  24.6 
 
 
480 aa  72.4  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2103  endoglucanase  25.24 
 
 
346 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2009  Cellulase  21.74 
 
 
748 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.428719  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2398  Carbohydrate binding family 6  24.85 
 
 
1004 aa  67.4  0.0000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0137535  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2612  glycoside hydrolase family 5  22.73 
 
 
505 aa  66.6  0.0000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.125365  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1941  Cellulase  21.86 
 
 
347 aa  66.2  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.966513  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6685  cellulose-binding family II  22.79 
 
 
533 aa  65.1  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0065  glycoside hydrolase family 5  24.34 
 
 
378 aa  63.9  0.000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0901  cellulase  22.79 
 
 
466 aa  63.5  0.000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0428  glycoside hydrolase family 5  29.26 
 
 
930 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2337  glycoside hydrolase family 5  22.27 
 
 
505 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.422091  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1404  cellulase  26.12 
 
 
457 aa  60.1  0.00000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.690204  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2410  glycoside hydrolase family protein  21.67 
 
 
459 aa  59.7  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.840511  normal  0.905848 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2285  glycoside hydrolase family protein  21.36 
 
 
462 aa  59.3  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0723  glycoside hydrolase family protein  25.33 
 
 
362 aa  59.3  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4424  glycoside hydrolase family protein  22.26 
 
 
709 aa  59.3  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3718  cellulose-binding family II  23.42 
 
 
525 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.154432 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0594  Cellulase  23.4 
 
 
755 aa  57  0.0000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1886  Cellulase  23.99 
 
 
451 aa  56.6  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.271202  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1099  glycoside hydrolase family 5  29.67 
 
 
475 aa  56.6  0.0000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1368  Cellulase  20.66 
 
 
426 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.828638 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0159  Cellulase  22.31 
 
 
542 aa  55.8  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4946  cellulase  24.43 
 
 
322 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00452483  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2102  cellulase  23.19 
 
 
496 aa  54.3  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104361  normal  0.672639 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1529  Cellulase  22.45 
 
 
426 aa  52.8  0.000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2996  endoglucanase-like  23.34 
 
 
853 aa  52.4  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0689244  hitchhiker  0.000000433363 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0119  glycoside hydrolase family protein  27.78 
 
 
365 aa  51.6  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.432881 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2344  glycoside hydrolase family protein  25.52 
 
 
352 aa  51.6  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2178  coagulation factor 5/8 type domain-containing protein  27.96 
 
 
673 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00232015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2494  hypothetical protein  27.78 
 
 
610 aa  50.8  0.00003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4149  glycoside hydrolase family 5  21.46 
 
 
590 aa  50.8  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.533031  normal  0.39445 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0405  glycoside hydrolase family protein  21.48 
 
 
526 aa  50.4  0.00004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000478388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3237  cellulase  23.61 
 
 
630 aa  50.4  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000087335  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1953  cellulase  24.14 
 
 
614 aa  50.4  0.00005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.253499  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3420  cellulase  33.04 
 
 
635 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.342079 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1866  Mannan endo-1,4-beta-mannosidase., Cellulase  21.98 
 
 
1414 aa  50.4  0.00005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1513  glycoside hydrolase family protein  32.35 
 
 
556 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1074  glycoside hydrolase family protein  23.66 
 
 
335 aa  49.7  0.00008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1104  glycoside hydrolase family protein  24.54 
 
 
468 aa  49.3  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0389149  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0987  glycoside hydrolase family protein  26.4 
 
 
402 aa  48.9  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0923078  hitchhiker  0.00882175 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4214  glycoside hydrolase family 5  21.39 
 
 
608 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.303504  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2147  glycoside hydrolase family protein  20.38 
 
 
660 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03301  endoglucanase  29.32 
 
 
376 aa  48.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2993  endoglucanase-like  22.61 
 
 
863 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0380373  hitchhiker  0.000000401461 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1842  retaining beta-glycosidase  23.36 
 
 
551 aa  47.8  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2580  glycoside hydrolase family 18  25.85 
 
 
1115 aa  47  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.492458  normal  0.158237 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1107  endoglucanase  22.94 
 
 
1302 aa  47  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.480089  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2319  family 5 glycoside hydrolase  22.01 
 
 
456 aa  46.6  0.0006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.182404  normal  0.298559 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1472  carbohydrate-binding family 11 protein  22.22 
 
 
900 aa  46.6  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.980604  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05710  endoglucanase  25.6 
 
 
601 aa  46.2  0.0008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.118041  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0182  Cellulase  25.23 
 
 
593 aa  46.2  0.0009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0797  glycoside hydrolase family protein  22.11 
 
 
814 aa  45.8  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3023  endoglucanase-like  25 
 
 
869 aa  45.8  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00102959 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2014  glycoside hydrolase family protein  27.05 
 
 
501 aa  45.8  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3003  hypothetical protein  25.23 
 
 
1167 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.25795  hitchhiker  0.000812606 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0079  glycoside hydrolase family 5  28.57 
 
 
391 aa  45.1  0.002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.265461  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0614  glycoside hydrolase family protein  20.89 
 
 
562 aa  44.7  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0151906 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6012  endoglucanase precursor  29.13 
 
 
363 aa  43.9  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3001  chitinase  26.71 
 
 
2310 aa  43.1  0.007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.426725  normal  0.0460481 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>