45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1546 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1546  ribosomal protein L35  100 
 
 		 300 aa  600  1.0000000000000001e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2847  membrane protein  43.61 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2560  hypothetical protein  40.43 
 
 		 291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.200966 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3822  hypothetical protein  38.93 
 
 		 290 aa  196  6e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3448  hypothetical protein  39.39 
 
 		 290 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3119  hypothetical protein  40.99 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3539  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.38 
 
 		 290 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.826878  decreased coverage  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3672  hypothetical protein  41.84 
 
 		 290 aa  188  9e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.952229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3730  hypothetical protein  39.06 
 
 		 290 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2903  hypothetical protein  37.94 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.91197  normal  0.892682 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0704  hypothetical protein  38.72 
 
 		 290 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0804  hypothetical protein  39.73 
 
 		 290 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3162  hypothetical protein  39.73 
 
 		 290 aa  186  6e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0830  hypothetical protein  36.48 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.53899  normal  0.456006 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3607  hypothetical protein  38.38 
 
 		 290 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0776  hypothetical protein  38.8 
 
 		 290 aa  180  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0729  hypothetical protein  37.67 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0888  membrane protein  37.79 
 
 		 291 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.704512  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3838  drug/metabolite exporter family protein  38.59 
 
 		 292 aa  169  7e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0125925  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1618  hypothetical protein  38.18 
 
 		 291 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.212959  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00853  hypothetical protein  36.81 
 
 		 291 aa  163  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0072  hypothetical protein  32.26 
 
 		 304 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0891145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2181  hypothetical protein  36.49 
 
 		 300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0483512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38630  hypothetical protein  34.8 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2655  ribosomal protein L35  36.42 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357452 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2824  hypothetical protein  33.77 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3138  hypothetical protein  32.9 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.934061  normal  0.162702 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2650  hypothetical protein  30.1 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3297  hypothetical protein  30.1 
 
 		 311 aa  129  9.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1717  hypothetical protein  33.33 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0550  hypothetical protein  31.94 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.881201  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0475  hypothetical protein  29.24 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5288  hypothetical protein  29.28 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7599  hypothetical protein  30.13 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.144581 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0606  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.13 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.229766  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0516  hypothetical protein  30.43 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23232 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0102  hypothetical protein  30.43 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.293675 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0798  multidrug ABC transporter permease  26.3 
 
 		 318 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0081  DMT family permease  29.57 
 
 		 323 aa  99.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.24055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1488  hypothetical protein  26.52 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.213463 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3628  hypothetical protein  28 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404984  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3251  DMT superfamily permease  27.48 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.664822 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1338  integral membrane protein  28.89 
 
 		 296 aa  47  0.0004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0778  hypothetical protein  29.75 
 
 		 296 aa  44.3  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0054  integral membrane protein  25.85 
 
 		 297 aa  43.1  0.005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>