56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1462 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1462  hypothetical protein  100 
 
 		 120 aa  235  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.211632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2077  invasion gene expression up-regulator, SirB  46.07 
 
 		 129 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0412299  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0725  invasion gene expression up-regulator, SirB  36.75 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2560  invasion gene expression up-regulator, SirB  35.51 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0147676  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0944  hypothetical protein  41.57 
 
 		 127 aa  75.1  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0806  invasion gene expression up-regulator, SirB  37.62 
 
 		 131 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1992  invasion gene expression up-regulator SirB  41.6 
 
 		 132 aa  72.4  0.000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0896381  hitchhiker  0.00421382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3677  invasion gene expression up-regulator SirB  41.58 
 
 		 131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0538155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3166  invasion gene expression up-regulator, SirB  37.62 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0800  invasion gene expression up-regulator, SirB  37.62 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0772  invasion gene expression up-regulator, SirB  37.62 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3453  invasion gene expression up-regulator, SirB  41.58 
 
 		 131 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2907  invasion gene expression up-regulator, SirB  38.61 
 
 		 128 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.493009  normal  0.817295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2564  hypothetical protein  40 
 
 		 132 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.44085  normal  0.177533 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3830  hypothetical protein  35.64 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1287  Invasion gene expression up-regulator SirB  38.89 
 
 		 126 aa  70.9  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3550  SirB family protein  38.14 
 
 		 121 aa  69.3  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480134  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0700  invasion gene expression up-regulator SirB  36.63 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3611  invasion gene expression up-regulator SirB  36.63 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0384528  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3543  Invasion gene expression up-regulator SirB  36.63 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.637299  hitchhiker  0.0000269359 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3734  invasion gene expression up-regulator SirB  36.63 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2112  Invasion gene expression up-regulator SirB  39.66 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0922  invasion gene expression up-regulator, SirB  38.14 
 
 		 128 aa  67  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130475  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2405  Invasion gene expression up-regulator SirB  38.79 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3124  invasion gene expression up-regulator SirB  37.62 
 
 		 131 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.129569  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01252  hypothetical protein  35.92 
 
 		 127 aa  65.5  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2177  invasion gene expression up-regulator SirB  36.36 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0939064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2458  hypothetical protein  36.36 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.225422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2064  sirB family protein  36.36 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000433498  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0999  invasion gene expression up-regulator, SirB  32.5 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3554  invasion gene expression up-regulator SirB  35.29 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.108856 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2335  putative transcriptional regulator  39.33 
 
 		 130 aa  60.5  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2402  invasion gene expression up-regulator, SirB  38.2 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0261  Invasion gene expression up-regulator SirB  34.17 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.98068  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1330  invasion gene expression up-regulator, SirB  39.33 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.50154  normal  0.673859 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2379  invasion gene expression up-regulator, SirB  31.97 
 
 		 129 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0792  protein SirB, invasion gene expression up-regulator  35.63 
 
 		 126 aa  55.1  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.101967  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004201  protein SirB2  37.66 
 
 		 101 aa  55.1  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.2374  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1885  invasion gene expression up-regulator, SirB  36.84 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079472  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03873  Invasion gene expression up-regulator, SirB  43.06 
 
 		 112 aa  53.5  0.0000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02569  Invasion gene expression up-regulator, SirB  34.29 
 
 		 114 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.351393  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1754  hypothetical protein  34.43 
 
 		 127 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000212251  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3144  invasion gene expression up-regulator, SirB  30.83 
 
 		 123 aa  50.4  0.000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0881039  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6189  hypothetical protein  34.75 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.209827  normal  0.0285321 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01188  predicted transcriptional regulator  33.61 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.392805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01198  hypothetical protein  33.61 
 
 		 130 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.384969  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1318  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000067182  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0094  invasion gene expression up-regulator, SirB  37.21 
 
 		 131 aa  45.4  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1929  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0183084  normal  0.0776128 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2413  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.502024  hitchhiker  0.0000200167 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2434  Invasion gene expression up-regulator SirB  32.79 
 
 		 130 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00146716  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1377  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 130 aa  44.7  0.0004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00266632  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1005  hypothetical protein  34.04 
 
 		 136 aa  45.1  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0820181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1361  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 130 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00122072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1694  putative transcriptional regulator  31.97 
 
 		 130 aa  43.9  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4728  invasion gene expression up-regulator, SirB  31.9 
 
 		 129 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>