50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0558 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0558  regulatory protein, LacI  100 
 
 		 665 aa  1376    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0778  glycosylhydrolase family 9 protein  49.09 
 
 		 739 aa  619  1e-176  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.225256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2105  glycoside hydrolase family 9  40.55 
 
 		 803 aa  424  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.867838  normal  0.536914 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3130  glycoside hydrolase family protein  37.48 
 
 		 632 aa  396  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.070475 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2226  glycoside hydrolase family 9  29.69 
 
 		 591 aa  176  1.9999999999999998e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5683  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  29.47 
 
 		 582 aa  160  7e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.330334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5052  glycoside hydrolase family 9  28.17 
 
 		 587 aa  148  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.886971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0636  cellulase  27.16 
 
 		 578 aa  140  7e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1280  endoglucanase  27.06 
 
 		 571 aa  140  8.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.567147  normal  0.398213 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0624  glycoside hydrolase family protein  25.45 
 
 		 1601 aa  134  6.999999999999999e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2621  glycoside hydrolase family 9 domain protein Ig domain protein  27.06 
 
 		 833 aa  132  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0649  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  28.3 
 
 		 867 aa  130  8.000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.387734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5339  glycoside hydrolase family 9  27.18 
 
 		 875 aa  126  1e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1418  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  27.48 
 
 		 927 aa  117  8.999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0825  glycoside hydrolase family protein  24.77 
 
 		 649 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0412  glycoside hydrolase family protein  23.95 
 
 		 895 aa  114  4.0000000000000004e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000331233  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0413  glycoside hydrolase family protein  24.51 
 
 		 1224 aa  114  6e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3563  glycoside hydrolase family 9  27.45 
 
 		 775 aa  114  8.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2779  glycoside hydrolase family protein  26.79 
 
 		 606 aa  113  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3031  glycoside hydrolase family 9  27.48 
 
 		 1105 aa  111  4.0000000000000004e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1515  glycoside hydrolase family 9  25.63 
 
 		 1100 aa  110  9.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1655  endoglucanase  30.12 
 
 		 854 aa  109  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2392  glycoside hydrolase family 9  28.36 
 
 		 874 aa  108  3e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00520307  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0732  glycoside hydrolase family 9  25.68 
 
 		 885 aa  105  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3003  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  24.82 
 
 		 900 aa  106  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4520  glycoside hydrolase family 9  29.65 
 
 		 906 aa  105  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.815518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1627  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  26.37 
 
 		 998 aa  104  5e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.234171  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4558  glycoside hydrolase family 9  26.46 
 
 		 864 aa  104  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0675  Cellulase  32.77 
 
 		 1076 aa  101  4e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.379443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2646  glycoside hydrolase family protein  27.29 
 
 		 812 aa  97.8  5e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00270036  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6813  glycoside hydrolase family 9  28.37 
 
 		 815 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.921794  hitchhiker  0.00389969 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0755  glycoside hydrolase family 9  24.62 
 
 		 646 aa  95.1  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.549048  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3823  Cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  28.85 
 
 		 786 aa  92.4  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0142877  decreased coverage  0.00048804 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4258  glycoside hydrolase family 9  28.47 
 
 		 621 aa  86.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.105749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2725  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  27.29 
 
 		 611 aa  82  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.451738  normal  0.174242 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2475  glycoside hydrolase family 9  25.52 
 
 		 537 aa  82  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2951  cellulose 1,4-beta-cellobiosidase  29.85 
 
 		 762 aa  80.9  0.00000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8280  cellulase  33.16 
 
 		 851 aa  77.4  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.396487  normal  0.103069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5748  glycoside hydrolase family 9  27.5 
 
 		 613 aa  66.6  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.843409  normal  0.419471 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2235  endoglucanase  27.1 
 
 		 570 aa  57.8  0.0000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2851  hypothetical protein  25.25 
 
 		 623 aa  55.1  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.948008  normal  0.0502598 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0426  glycoside hydrolase family protein  25.7 
 
 		 613 aa  53.5  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0129037 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03428  hypothetical protein  25.71 
 
 		 579 aa  50.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0144  endoglucanase-related protein  25.59 
 
 		 574 aa  48.1  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0076  glycoside hydrolase family 9  27.35 
 
 		 837 aa  48.1  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2124  glycoside hydrolase family protein  24.92 
 
 		 905 aa  47.8  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0545663  normal  0.891513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5258  glycoside hydrolase family 9  29.38 
 
 		 653 aa  46.2  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.35373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0961  beta-glycosidase-like protein  26.97 
 
 		 1452 aa  45.4  0.003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.496478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0543  glycoside hydrolase family protein  26.09 
 
 		 739 aa  45.4  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002581  glucosamine-link cellobiase  25.2 
 
 		 579 aa  44.7  0.006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>