More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0291 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0291  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 		 424 aa  872    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457062  hitchhiker  0.0000712833 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 430 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.542154  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.283138  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3500  histidine kinase  35.76 
 
 		 430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3689  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.76 
 
 		 430 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.142231  normal  0.016382 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3977  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 		 433 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0845  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 		 431 aa  272  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021022  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3061  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.05 
 
 		 436 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0558  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.55 
 
 		 431 aa  261  2e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  31.81 
 
 		 439 aa  230  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0680  sensor histidine kinase  31.36 
 
 		 433 aa  176  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  32.54 
 
 		 428 aa  168  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 546 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0551  sensor protein RstB, putative  27.8 
 
 		 429 aa  167  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 		 427 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  28.76 
 
 		 431 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 		 428 aa  162  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3595  sensor protein RstB, putative  29.05 
 
 		 440 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  32.29 
 
 		 538 aa  159  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 		 429 aa  158  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0937  sensor histidine kinase  30.87 
 
 		 440 aa  157  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2801  sensor protein RstB, putative  34.14 
 
 		 420 aa  157  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 458 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 		 536 aa  157  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.93 
 
 		 563 aa  157  4e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  31.6 
 
 		 452 aa  156  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  33.86 
 
 		 432 aa  156  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  31.88 
 
 		 428 aa  156  8e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  29.31 
 
 		 464 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  33.45 
 
 		 461 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.27 
 
 		 422 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000233737  normal  0.0772482 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  31.83 
 
 		 428 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2700  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  29.12 
 
 		 412 aa  155  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 461 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  29.05 
 
 		 536 aa  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3185  ATPase domain-containing protein  29.87 
 
 		 422 aa  153  7e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00240847  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.16 
 
 		 420 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.52 
 
 		 535 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 535 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 		 430 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 		 535 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.79 
 
 		 469 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  35.82 
 
 		 442 aa  150  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 535 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3308  ATPase domain-containing protein  27.56 
 
 		 409 aa  149  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  27.82 
 
 		 428 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  28.12 
 
 		 422 aa  147  3e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 		 535 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  35.46 
 
 		 442 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  35.46 
 
 		 442 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3088  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 422 aa  147  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000859789  normal  0.518729 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  35.46 
 
 		 442 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0304  histidine kinase  31.74 
 
 		 347 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  34.81 
 
 		 442 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  34.81 
 
 		 442 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  34.81 
 
 		 442 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3205  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 409 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 		 422 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572613  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 		 409 aa  145  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000601412 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3288  histidine kinase  30.18 
 
 		 422 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000647105  normal  0.19017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 		 422 aa  145  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000107691  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1103  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.55 
 
 		 422 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000605909  normal  0.0234828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  31.52 
 
 		 433 aa  144  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 422 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000619946  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3147  sensor histidine kinase  30.56 
 
 		 478 aa  143  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0895878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.75 
 
 		 456 aa  143  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  33.22 
 
 		 434 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4409  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143276 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.53 
 
 		 456 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1936  sensor protein RstB  33.57 
 
 		 434 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1825  sensor protein RstB  33.57 
 
 		 434 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.213724  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  30 
 
 		 561 aa  140  4.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2320  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 		 523 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  33.23 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  33.23 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0803  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.45 
 
 		 412 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0670  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 550 aa  139  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  33.23 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  33.23 
 
 		 433 aa  139  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  29.66 
 
 		 561 aa  139  1e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0167  osmolarity sensor protein  29.89 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.642764  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4368  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 376 aa  139  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.04612  normal  0.0125384 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 376 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000167988 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0753  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 		 376 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0120668 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2276  sensor protein RstB  33.9 
 
 		 437 aa  137  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0559162  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5350  histidine kinase  31.42 
 
 		 376 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485302  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  32.92 
 
 		 433 aa  137  5e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3430  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 376 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  31.29 
 
 		 451 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 376 aa  137  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000179203 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  32.01 
 
 		 433 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  32.92 
 
 		 433 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  32.01 
 
 		 433 aa  136  7.000000000000001e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4339  osmolarity sensor protein  31.03 
 
 		 429 aa  136  9e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2581  sensor protein RstB  33.45 
 
 		 437 aa  136  9e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  32.88 
 
 		 436 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3678  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 		 376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.227613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  32.88 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  32.54 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  32.88 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>