31 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E4452 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03851    99.46 
 
 		 1845 bp  3584    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000415095  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4452    100 
 
 		 1849 bp  3665    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000421607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  99.51 
 
 		 1845 bp  3592    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03800    99.46 
 
 		 1845 bp  3584    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000821459  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  96.7 
 
 		 1845 bp  3180    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  99.62 
 
 		 1845 bp  3608    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  97.89 
 
 		 1845 bp  3354    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  99.57 
 
 		 1845 bp  3600    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  99.51 
 
 		 1845 bp  3592    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  81.12 
 
 		 1845 bp  581  1.0000000000000001e-163  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  81.04 
 
 		 1845 bp  573  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  80.79 
 
 		 1845 bp  549  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  80.79 
 
 		 1845 bp  549  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  80.79 
 
 		 1845 bp  549  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  91.67 
 
 		 1848 bp  222  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  86.03 
 
 		 1848 bp  119  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.72 
 
 		 1872 bp  115  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  100 
 
 		 858 bp  111  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  100 
 
 		 858 bp  111  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  85.61 
 
 		 1896 bp  111  7e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  100 
 
 		 858 bp  111  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  100 
 
 		 858 bp  111  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  100 
 
 		 858 bp  111  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  85.83 
 
 		 1893 bp  103  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  85.83 
 
 		 1893 bp  103  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  98.21 
 
 		 852 bp  103  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  86.14 
 
 		 1896 bp  89.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.8 
 
 		 1896 bp  83.8  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  87.8 
 
 		 1896 bp  83.8  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2756  colicin I receptor  90.24 
 
 		 1971 bp  50.1  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.35711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2953  outer membrane receptor FepA  100 
 
 		 2175 bp  48.1  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.246738  hitchhiker  0.000000000736095 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>