More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E2228 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  100 
 
 
269 aa  560  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  98.51 
 
 
269 aa  551  1e-156  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  97.77 
 
 
269 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  98.14 
 
 
269 aa  550  1e-155  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  97.77 
 
 
269 aa  548  1e-155  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  97.77 
 
 
269 aa  548  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  97.77 
 
 
269 aa  548  1e-155  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  97.4 
 
 
269 aa  545  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  97.03 
 
 
269 aa  543  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  68.77 
 
 
269 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  68.77 
 
 
269 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  68.77 
 
 
269 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  68.4 
 
 
269 aa  397  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  65.06 
 
 
269 aa  379  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  64.42 
 
 
271 aa  343  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  56.6 
 
 
265 aa  298  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  52.63 
 
 
267 aa  285  5e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  53.58 
 
 
265 aa  281  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  51.88 
 
 
267 aa  277  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  53.58 
 
 
265 aa  276  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  55.85 
 
 
268 aa  265  4e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  55.47 
 
 
268 aa  263  2e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  55.09 
 
 
268 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  45.11 
 
 
267 aa  237  1e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  41.54 
 
 
271 aa  207  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.08 
 
 
268 aa  202  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  39.1 
 
 
273 aa  187  1e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  38.37 
 
 
271 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.9 
 
 
277 aa  182  6e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.78 
 
 
268 aa  180  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  38.52 
 
 
269 aa  178  9e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  39.43 
 
 
278 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  39.2 
 
 
271 aa  176  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  37.55 
 
 
269 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  35.82 
 
 
271 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  39.26 
 
 
294 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  37.5 
 
 
277 aa  167  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  36.78 
 
 
269 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  36.78 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  36.78 
 
 
269 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  38.2 
 
 
285 aa  163  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.96 
 
 
269 aa  160  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35 
 
 
276 aa  158  1e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.58 
 
 
269 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  35.54 
 
 
300 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  37.6 
 
 
269 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.78 
 
 
271 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  37.21 
 
 
269 aa  152  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  38.37 
 
 
277 aa  152  7e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.55 
 
 
271 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.63 
 
 
271 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.21 
 
 
282 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  35.51 
 
 
288 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.21 
 
 
271 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
271 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.87 
 
 
271 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.21 
 
 
271 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  35.98 
 
 
296 aa  141  9e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  37.2 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  35.38 
 
 
275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.4 
 
 
271 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.1 
 
 
271 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.66 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  33.76 
 
 
271 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.11 
 
 
271 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.14 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  32.57 
 
 
268 aa  126  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  31.92 
 
 
295 aa  113  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  31.43 
 
 
269 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  37.11 
 
 
271 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  32.07 
 
 
277 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  32.07 
 
 
277 aa  108  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2281  D-amino acid aminotransferase  26.19 
 
 
291 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.3532299999999998e-35 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2285  D-amino acid aminotransferase  26.59 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0817941  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2039  D-amino acid aminotransferase  26.19 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000658861  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2037  D-amino acid aminotransferase  26.19 
 
 
291 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00430829  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  30.3 
 
 
289 aa  97.8  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2100  D-amino acid aminotransferase  25.79 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0135621  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2256  D-amino acid aminotransferase  25.79 
 
 
291 aa  97.1  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.162413  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3086  D-amino acid aminotransferase  26.19 
 
 
291 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  hitchhiker  0.00000000000000346975 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2597  branched-chain amino acid aminotransferase  27.87 
 
 
299 aa  96.3  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  33.33 
 
 
272 aa  96.3  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  27.39 
 
 
287 aa  95.1  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0853  branched-chain amino acid aminotransferase  27.95 
 
 
299 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2079  D-amino acid aminotransferase  26.19 
 
 
291 aa  95.1  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.281204  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2366  D-amino acid aminotransferase  25.79 
 
 
291 aa  94.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00514849  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  27.39 
 
 
281 aa  94  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3708  aminotransferase, class IV  31.82 
 
 
288 aa  93.6  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.464528  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1655  D-amino acid aminotransferase  28.03 
 
 
291 aa  92.8  5e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0405674  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0576  branched-chain amino acid aminotransferase  27.76 
 
 
292 aa  92.8  6e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2794  D-amino-acid transaminase  28.96 
 
 
310 aa  91.7  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2238  D-amino acid aminotransferase  25.79 
 
 
291 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0579393  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1195  branched-chain amino acid aminotransferase  29.06 
 
 
286 aa  91.7  1e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10810  branched-chain amino acid aminotransferase  26.23 
 
 
299 aa  90.5  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2099  branched-chain amino acid aminotransferase  27.41 
 
 
291 aa  91.3  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1335  branched-chain amino acid aminotransferase  31.44 
 
 
264 aa  90.5  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0319918  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1131  branched-chain amino acid aminotransferase  28.33 
 
 
287 aa  90.9  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3544  branched-chain amino acid aminotransferase  31.28 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.08959  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1137  branched-chain amino acid aminotransferase  27.39 
 
 
286 aa  90.1  3e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0610  aminotransferase class IV  25.91 
 
 
246 aa  90.1  4e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0570431  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>