44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1251 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1251  putative phage regulatory protein, Rha family  100 
 
 
282 aa  590  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000124427  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2286  putative antirepressor  61.51 
 
 
380 aa  321  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.36993  hitchhiker  4.73451e-22 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1419  Rha family phage regulatory protein  50 
 
 
284 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000100347  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2510  Rha family phage regulatory protein  40.91 
 
 
207 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0863  uncharacterized phage-encoded protein  54.55 
 
 
243 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  1.18472e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1059  antirepressor, putative  42.31 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0737012  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2607  hypothetical protein  53.06 
 
 
172 aa  108  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.113309  normal  0.0343315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2502  Rha family phage regulatory protein  51.49 
 
 
200 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.526208  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4461  putative antirepressor  46.79 
 
 
276 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2989  phage regulatory protein, Rha family  41.88 
 
 
231 aa  96.7  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.347787  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0897  phage regulatory protein, Rha family  53.93 
 
 
167 aa  92.8  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.194242  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1464  phage anti-repressor protein  46.88 
 
 
232 aa  89.4  6e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521723  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1737  phage-encoded protein-like  43.75 
 
 
179 aa  89  7e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0306  Rha family phage regulatory protein  46.15 
 
 
184 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0764  Rha family phage regulatory protein  43.36 
 
 
194 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0795  Rha family phage regulatory protein  42.34 
 
 
194 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.142717 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1666  phage-encoded protein-like protein  40.52 
 
 
194 aa  80.1  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.279039  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1974  phage regulatory protein, Rha family  37.96 
 
 
256 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452898  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2343  hypothetical protein  31.48 
 
 
311 aa  78.2  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.259786  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a011  putative antirepressor, Rha family  43.56 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1731  phage-encoded protein-like  50.68 
 
 
165 aa  75.1  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0841  Cpp32  44.94 
 
 
188 aa  74.3  0.000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000551313  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2806  rha protein, phage phi-80  54.41 
 
 
72 aa  73.9  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.022492  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2799  phage-encoded protein-like  37.38 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.181279  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0838  Cpp32  43.88 
 
 
245 aa  72.4  0.000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00488204  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0029  cpp32  37.17 
 
 
188 aa  72  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3314  phage-encoded protein-like  34.4 
 
 
242 aa  71.2  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2652  Rha family phage regulatory protein  35.59 
 
 
290 aa  67  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1505  antirepressor  31.37 
 
 
252 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.116394 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3131  phage-encoded protein-like protein  44.93 
 
 
91 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0434  hypothetical protein  33 
 
 
243 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000483628  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0597  phage regulatory protein, Rha family  30.43 
 
 
259 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0420  hypothetical protein  33 
 
 
250 aa  61.6  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000377873  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3543  hypothetical protein  39.36 
 
 
242 aa  60.8  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1382  hypothetical protein  42.62 
 
 
128 aa  60.8  0.00000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.469514  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3827  hypothetical protein  39.36 
 
 
237 aa  60.8  0.00000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.691493  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3457  antirepressor  27.22 
 
 
236 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000836104  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3463  Rha family regulatory protein  26.11 
 
 
233 aa  53.5  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1046  Rha family phage regulatory protein  31.46 
 
 
258 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00498472  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1027  Rha family phage regulatory protein  31.46 
 
 
258 aa  50.1  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000867167  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0317  protein ash  47.37 
 
 
110 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.387224 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0817  phage regulatory protein, Rha family  38.46 
 
 
241 aa  47.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.426302  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3549  prophage protein  42.31 
 
 
179 aa  43.9  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3708  prophage protein  42.31 
 
 
179 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>