90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_0017 on replicon NC_010657
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010657  SbBS512_0017  hypothetical protein  100 
 
 		 116 aa  237  5e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.447593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3002  addiction module antidote protein  51.46 
 
 		 112 aa  121  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5333  putative transcriptional regulator  42 
 
 		 109 aa  83.6  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.865145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3922  putative transcriptional regulator  41.12 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.120301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3598  putative transcriptional regulator  41.12 
 
 		 109 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.166769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3502  putative transcriptional regulator  42 
 
 		 109 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.387037  hitchhiker  0.00960025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2517  putative transcriptional regulator  43.16 
 
 		 109 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.463921 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5375  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00339875  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3350  putative transcriptional regulator  40.22 
 
 		 103 aa  66.6  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000971437  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3123  putative transcriptional regulator  42.71 
 
 		 103 aa  65.5  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4220  putative transcriptional regulator  39.13 
 
 		 104 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0276  putative addiction module antidote protein  38.04 
 
 		 100 aa  58.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0368  addiction module antidote protein  44.79 
 
 		 100 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235004 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1184  transcriptional regulator  35.79 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.305511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2621  putative transcriptional regulator  36.56 
 
 		 150 aa  55.8  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4139  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 107 aa  56.2  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.071007  normal  0.169565 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5507  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 99 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.366583  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36100  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 106 aa  54.3  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3672  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 99 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.932392  normal  0.882377 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2314  putative transcriptional regulator  32.58 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.92599 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4952  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 99 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2242  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 		 99 aa  53.1  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3743  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.643331 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3780  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.798445  normal  0.40275 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2957  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.270817  normal  0.731266 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1725  putative transcriptional regulator  37.66 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.149622  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4583  putative transcriptional regulator  31.11 
 
 		 99 aa  51.2  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205891  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2079  putative transcriptional regulator  34.09 
 
 		 100 aa  50.8  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0141  putative transcriptional regulator  35.42 
 
 		 99 aa  50.8  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.389686  hitchhiker  0.00339535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3174  putative transcriptional regulator  40.23 
 
 		 95 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0040  addiction module antidote protein  38.36 
 
 		 95 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2670  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19306  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2993  putative transcriptional regulator  36.25 
 
 		 92 aa  49.3  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40590  transcriptional regulator protein  34.52 
 
 		 102 aa  49.3  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2877  addiction module antidote protein  38.82 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236023 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1358  putative DNA-binding prophage protein  50 
 
 		 46 aa  49.3  0.00002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.190658  hitchhiker  0.000534909 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2280  transcriptional regulator-like  45.45 
 
 		 305 aa  48.5  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.64094  normal  0.372156 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1155  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 275 aa  48.9  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163993  unclonable  0.000000164707 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0570  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.266064 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9109  hypothetical protein  40.74 
 
 		 286 aa  48.1  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.689253  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0184  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 94 aa  47.8  0.00005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.57004  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1222  putative transcriptional regulator  38.82 
 
 		 98 aa  47.8  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05545  hypothetical protein  32.94 
 
 		 99 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0898  putative transcriptional regulator  38.55 
 
 		 96 aa  47.8  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368951  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0449  hypothetical protein  36 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.144343  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1303  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 96 aa  47.4  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2965  putative transcriptional regulator  38.82 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2537  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 		 156 aa  47  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.35922 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0420  transcriptional regulator  36.47 
 
 		 95 aa  47  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.461361  normal  0.874975 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1488  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.3464  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1443  putative transcriptional regulator  38.57 
 
 		 97 aa  47  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0171  addiction module antidote protein  33.78 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.85634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2534  putative transcriptional regulator  37.65 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000050533 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4949  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.554909  normal  0.473555 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1542  Cro/CI family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.395246  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0051  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 92 aa  45.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8270  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0213067  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4037  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 97 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.42157 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4018  putative transcriptional regulator  32.94 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2273  putative transcriptional regulator  36.47 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.59537  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0237  putative transcriptional regulator  36.47 
 
 		 100 aa  44.7  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2207  putative transcriptional regulator  33.78 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1332  putative transcriptional regulator  34.07 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.043655 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0569  Cro/CI family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0366  putative transcriptional regulator  33.65 
 
 		 104 aa  44.7  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0174  putative addiction module antidote protein  36.84 
 
 		 95 aa  44.3  0.0005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1631  hypothetical protein  34.07 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.605543  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6941  putative transcriptional regulator  35.59 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.15575  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1813  hypothetical protein  37.5 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0146  addiction module antidote protein  37.5 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0456  transcriptional regulator  41.18 
 
 		 95 aa  43.9  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2007  transcriptional regulator  28.09 
 
 		 102 aa  43.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2824  addiction module antidote protein  30.68 
 
 		 101 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.96791  normal  0.589789 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1295  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.053916  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6535  putative transcriptional regulator  32.56 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0224  putative transcriptional regulator  30.38 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.285215 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3155  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 99 aa  43.5  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.239561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1686  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1254  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 101 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4548  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 		 100 aa  42  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3267  addiction module antidote protein  33.96 
 
 		 99 aa  42  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3916  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 106 aa  41.2  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0861  transcriptional regulator  34.72 
 
 		 100 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.11203 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3881  putative transcriptional regulator  34.72 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.26577 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1734  hypothetical protein  28.38 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1424  putative transcriptional regulator  28.38 
 
 		 98 aa  40.8  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.356801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0500  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 100 aa  40.8  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3082  transcriptional regulator  34.69 
 
 		 93 aa  40.4  0.008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0282  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 98 aa  40.4  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0573  putative transcriptional regulator  35.09 
 
 		 101 aa  40.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.278814 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>