298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_R0004 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_R0004  tRNA-OTHER  100 
 
 		 67 bp  133  5e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  103  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0027  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  99.6  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  100 
 
 		 77 bp  99.6  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  100 
 
 		 75 bp  99.6  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0839  tRNA-Gly  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.343418  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  97.92 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0015  tRNA-Ser  96.08 
 
 		 67 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0082796  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0016  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0015  tRNA-Gly  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  95.83 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  93.62 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5637  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116083  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0216  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000219569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4765  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000105314  hitchhiker  8.34658e-17 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5683  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0251422  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5692  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000815905  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5728  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000760665  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5815  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000650347  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000299273  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000174679  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00746864  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000472811  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.34208  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-9  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0690974  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000170652  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000219047  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-7  tRNA-Gly  92 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0273307  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0022  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0110394  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0858  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0135  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000405897  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0102  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000562923  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0090  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0124238  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0139  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00889637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000594127  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-5  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000138303  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-8  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000064552  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0099  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00152408  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  92 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5730  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000092576  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4999  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0086  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000534948  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0022  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00428299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0537  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.26138e-32 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0783  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.7717399999999996e-31 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0612  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000121451  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5030  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000514384  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4573  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.110089 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5718  tRNA-Gly  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00273939  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5654  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000615914  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000301735  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000445849  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Gly-6  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000721816  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0040  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000910792  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0012  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000023664  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0058  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000814589  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0058  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.585582  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5141  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000127094  normal  0.806107 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0040  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.634702  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0174  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0677947 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0195  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000704358  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0012  tRNA-Gly  97.3 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000311563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>