More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3629 on replicon NC_009427
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3281  TonB-dependent receptor, plug  70.12 
 
 
797 aa  1092    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.475296 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3629  TonB-dependent receptor, plug  100 
 
 
807 aa  1626    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.824698  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3725  TonB-dependent receptor, plug  34.14 
 
 
763 aa  385  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3314  TonB-dependent receptor  33.64 
 
 
804 aa  336  7.999999999999999e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.0000257561  unclonable  0.000000438861 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3653  TonB-dependent receptor  32.02 
 
 
771 aa  313  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465269  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1542  TonB-dependent receptor  31.63 
 
 
779 aa  311  2e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2075  TonB-dependent receptor, plug  31.23 
 
 
759 aa  292  2e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3771  TonB-dependent receptor  30.66 
 
 
794 aa  282  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000982846  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3637  TonB-dependent receptor  31.37 
 
 
858 aa  281  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2045  TonB-dependent receptor  30.83 
 
 
787 aa  271  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.785428  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2041  TonB-dependent receptor  29.67 
 
 
784 aa  266  1e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.573834  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3312  TonB-dependent receptor  28.9 
 
 
784 aa  261  3e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000345148  hitchhiker  0.0000067501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0989  TonB-dependent receptor  29.24 
 
 
780 aa  256  1.0000000000000001e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.220833 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0673  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 
761 aa  253  1e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0730  TonB-dependent receptor  28.79 
 
 
761 aa  248  3e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.455478  normal  0.0840976 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3084  TonB-dependent receptor  28.27 
 
 
730 aa  243  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0535  TonB-dependent receptor  29.85 
 
 
853 aa  235  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445687  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0725  TonB-dependent receptor  30.6 
 
 
790 aa  232  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453465 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3857  TonB-dependent receptor  30.46 
 
 
743 aa  227  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0478  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
720 aa  226  9e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.742191  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0377  TonB-dependent receptor  27.45 
 
 
783 aa  226  1e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1862  TonB-dependent receptor plug  26.68 
 
 
799 aa  224  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2110  TonB-dependent receptor  28.87 
 
 
765 aa  223  8e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0914186  normal  0.510297 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2301  TonB-dependent receptor  30.49 
 
 
730 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00156441  decreased coverage  0.0000705013 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0812  TonB-dependent receptor  29.32 
 
 
780 aa  221  5e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.724428  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1136  TonB-dependent receptor  27.8 
 
 
765 aa  220  1e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.438205  hitchhiker  0.000214411 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0706  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 
792 aa  218  4e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993483 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0504  TonB-dependent receptor  27.05 
 
 
777 aa  217  7e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3336  TonB-dependent receptor  28.43 
 
 
741 aa  213  1e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0286811 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0213  TonB-dependent receptor plug  29.02 
 
 
776 aa  213  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121403 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3453  TonB-dependent receptor  25.65 
 
 
856 aa  212  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0426513  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0709  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 
790 aa  211  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.072981  hitchhiker  0.00423974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0964  TonB-dependent receptor  27.65 
 
 
803 aa  210  8e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110635  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2663  TonB-dependent receptor  28.83 
 
 
728 aa  207  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0150828  normal  0.481934 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4179  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
782 aa  205  3e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.130492 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3147  TonB-dependent receptor  27.22 
 
 
775 aa  203  9e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.774521  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2950  TonB-dependent receptor, plug  27.3 
 
 
850 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.101832  normal  0.0641531 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1436  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 
749 aa  198  3e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000358025  decreased coverage  0.0000102915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2882  TonB-dependent receptor  27.51 
 
 
786 aa  198  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4282  TonB-dependent receptor, plug  28.16 
 
 
739 aa  195  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.030658  normal  0.745652 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2677  TonB-dependent receptor plug  29.14 
 
 
759 aa  193  1e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.126717  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5129  TonB-dependent receptor  28.13 
 
 
771 aa  192  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.283474  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2509  TonB-dependent receptor  26.58 
 
 
796 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.538781  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2803  TonB-dependent receptor  28.17 
 
 
796 aa  191  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00000028196  n/a   
 
 
 
NC_010338  Caul_1908  TonB-dependent receptor plug  26.9 
 
 
755 aa  191  7e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3668  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
757 aa  188  4e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.859497  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5256  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 
731 aa  186  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.650389  hitchhiker  0.000349677 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0665  TonB-dependent receptor  27.26 
 
 
758 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.252208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4350  TonB-dependent receptor  27.08 
 
 
743 aa  185  4.0000000000000006e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.425667 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3282  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 
758 aa  183  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.166859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3458  TonB-dependent receptor  27.31 
 
 
758 aa  182  2e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.485472  normal  0.120897 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3778  TonB-dependent receptor  27.15 
 
 
822 aa  182  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4125  TonB-dependent receptor  28.16 
 
 
751 aa  181  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000875615  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0226  TonB-dependent receptor  27.4 
 
 
745 aa  180  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.385209  normal  0.613725 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2843  TonB-dependent receptor  25.79 
 
 
780 aa  179  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5001  TonB-dependent receptor  27.18 
 
 
778 aa  173  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0280041  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0271  TonB-dependent receptor  26.11 
 
 
790 aa  172  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0872  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
800 aa  172  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00643359  normal  0.114745 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1016  TonB-dependent receptor  27.36 
 
 
800 aa  172  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0377724  normal  0.0225916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0302  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 
795 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122608  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3171  TonB-dependent receptor  25.95 
 
 
759 aa  171  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0174506  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2351  TonB-dependent receptor  28.05 
 
 
761 aa  170  1e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.639687 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02410  putative TonB-dependent receptor  25.65 
 
 
790 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.363923  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3256  TonB-dependent receptor  26.93 
 
 
730 aa  167  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  unclonable  0.0000000000366625  decreased coverage  0.0000730384 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2756  TonB-dependent receptor, plug  27.79 
 
 
741 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000284329  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3027  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 
851 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0936  TonB-dependent receptor  26.85 
 
 
750 aa  164  5.0000000000000005e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0235  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
778 aa  164  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0521  TonB-dependent receptor  25.55 
 
 
758 aa  164  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.466347  normal  0.153456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4826  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  25.93 
 
 
755 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1980  TonB-dependent receptor  25.33 
 
 
774 aa  160  7e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.228726  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3395  TonB-dependent receptor  26.15 
 
 
713 aa  160  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.000531057  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1688  TonB-dependent receptor  25.51 
 
 
774 aa  158  5.0000000000000005e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0250  TonB-dependent receptor  26.96 
 
 
741 aa  157  8e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.513773 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3758  TonB-dependent receptor  26.86 
 
 
767 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.626762  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2600  TonB-dependent receptor  25.81 
 
 
773 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.637909 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1600  receptor precursor-mostly Fe transport  26.14 
 
 
715 aa  155  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.147311  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2500  TonB-dependent receptor  26.87 
 
 
733 aa  154  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1010  TonB-dependent receptor  25.78 
 
 
769 aa  154  8e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.247668  normal  0.797114 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0414  TonB-dependent receptor  24.54 
 
 
783 aa  152  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4804  TonB-dependent receptor  26.95 
 
 
773 aa  152  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.176822  normal  0.517997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3088  TonB-dependent receptor  27.49 
 
 
835 aa  152  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.285455  normal  0.0146204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3538  TonB-dependent receptor  24.74 
 
 
771 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.25784  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1022  TonB-dependent receptor  26.51 
 
 
717 aa  151  4e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.0859542 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0346  TonB-dependent receptor  25.35 
 
 
836 aa  150  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2612  TonB-dependent receptor  25.72 
 
 
807 aa  150  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08200  TonB-dependent siderophore receptor  24.82 
 
 
767 aa  149  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3981  TonB-dependent receptor  24.34 
 
 
773 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139446 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08150  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
803 aa  150  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2998  helix-turn-helix, AraC type  25.9 
 
 
797 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000224907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4039  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 
758 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0501183  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6222  TonB-dependent receptor  26.22 
 
 
797 aa  149  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1343  TonB-dependent receptor  26.18 
 
 
755 aa  147  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2541  TonB-dependent receptor  44.44 
 
 
896 aa  147  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.411805  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1080  TonB-dependent receptor  24.83 
 
 
937 aa  147  7.0000000000000006e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.72185  normal  0.584922 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3635  TonB-dependent receptor, plug  26.25 
 
 
751 aa  147  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000221173  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1474  TonB-dependent receptor  25.64 
 
 
817 aa  146  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.698611  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1722  TonB-dependent receptor  24.5 
 
 
767 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2319  TonB-dependent receptor  23.24 
 
 
765 aa  144  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000203975  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4852  TonB-dependent receptor  25.15 
 
 
772 aa  144  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>