More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3085 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_3085  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  427  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4071  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 235 aa  79  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365856  normal  0.0686473 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1460  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0167  transcriptional regulator, TetR family  30.32 
 
 		 200 aa  68.2  0.00000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4925  TetR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 228 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.791426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 241 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1818  TetR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 210 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671958  normal  0.199135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0851  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0176  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 263 aa  65.1  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2134  TetR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 212 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.175968 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0185  TetR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.141931  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0653  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 239 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.895019 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3426  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 216 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5488  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 238 aa  62.4  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40380  TetR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 216 aa  62  0.000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4322  transcriptional regulator, TetR family  25.74 
 
 		 242 aa  62  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3584  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3949  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.549729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1888  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 212 aa  61.6  0.000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4578  TetR family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 238 aa  61.6  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127543  normal  0.45553 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3710  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 226 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0166  TetR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 193 aa  61.2  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.141555  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 212 aa  61.2  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2666  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 213 aa  60.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3412  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.430092  normal  0.661157 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2734  putative transcriptional regulator, TetR family  29.88 
 
 		 206 aa  60.8  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  0.79417 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5366  transcriptional regulator, TetR family  33.11 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00158369  normal  0.823764 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  35.29 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1164  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 		 184 aa  60.1  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000872016  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0104  TetR family transcriptional regulator  26 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0103  TetR family transcriptional regulator  27 
 
 		 190 aa  58.9  0.00000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5516  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 270 aa  58.5  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2036  regulatory protein, TetR  27.27 
 
 		 206 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.284785 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5749  TetR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147109  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5928  transcriptional regulator, TetR family  25.12 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0349  TetR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 232 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0015  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 214 aa  58.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.576639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  29.6 
 
 		 221 aa  57  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.93 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1398  TetR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2067  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.855193  normal  0.580158 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2510  TetR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1017  repressor protein  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2095  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.546455  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5086  transcriptional regulator, TetR family  28.87 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423561  normal  0.0707297 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0852  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0857  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4153  TetR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0314  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0679  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2443  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0057  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0609  multidrug efflux pump repressor protein BpeR  30.43 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.780096  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1365  transcriptional regulator  25.28 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.575727 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  22.51 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4181  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221958 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2155  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 195 aa  55.5  0.0000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  21.89 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4571  transcriptional regulator, TetR family  23.27 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0805  TetR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6229  transcriptional regulator TetR family  27.42 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.93873  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3091  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  26.29 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.5 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.5 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4440  transcriptional regulator, TetR family  28.31 
 
 		 220 aa  54.3  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2099  transcriptional regulator, TetR family  26.51 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2169  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.821962  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1120  transcriptional regulator, TetR family  31.53 
 
 		 223 aa  53.5  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  28.5 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4259  regulatory protein TetR  26.81 
 
 		 208 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.344931  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8100  transcriptional regulator, TetR family  33.12 
 
 		 218 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.978856  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  31.19 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0799  TetR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 225 aa  53.9  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.126774  normal  0.374704 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  27.98 
 
 		 212 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0607  transcriptional regulator, TetR family  26.98 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.118397  normal  0.590685 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2192  TetR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 225 aa  53.1  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 194 aa  53.1  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1353  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 210 aa  53.1  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.273808  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4061  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 240 aa  52.8  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1061  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 196 aa  53.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0250707  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1499  TetR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 203 aa  53.1  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0951967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  32.11 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3694  TetR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 222 aa  53.1  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4589  TetR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.447268  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01016  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2629  transcriptional regulator, TetR family  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0737  transcriptional regulator, TetR family  32.24 
 
 		 209 aa  52.8  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2112  transcriptional regulator RutR  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2305  transcriptional regulator RutR  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1128  transcriptional regulator RutR  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0648  transcriptional regulator, TetR family  26.46 
 
 		 247 aa  52.8  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0672593 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5093  transcriptional regulator, TetR family  26.73 
 
 		 233 aa  52.8  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0355233 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1131  transcriptional regulator RutR  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.33999  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 206 aa  52.8  0.000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2582  TetR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.120721 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 242 aa  52.8  0.000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>