More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1592 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1592  sigma-24 (FecI-like)  100 
 
 
188 aa  373  1e-102  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2957  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  60.62 
 
 
162 aa  187  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.013292  normal  0.111412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3836  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  59.85 
 
 
163 aa  163  2.0000000000000002e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.110158  normal  0.152453 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4268  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  51.95 
 
 
166 aa  147  6e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.404491 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00666  putative DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit, sigma24-like protein  47.1 
 
 
160 aa  139  1.9999999999999998e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.729026  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5143  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.27 
 
 
180 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.387385  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2021  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.03 
 
 
181 aa  123  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.160759  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3107  RNA polymerase sigma factor  43.59 
 
 
183 aa  123  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  45.91 
 
 
163 aa  120  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2284  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.4 
 
 
189 aa  118  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.212351 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3924  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.11 
 
 
231 aa  117  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4976  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  44.3 
 
 
244 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.638182  normal  0.0608539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5928  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.77 
 
 
263 aa  117  9e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.341199  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4926  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.67 
 
 
244 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.490233  normal  0.751611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1033  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
246 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0490055 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4462  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  43.67 
 
 
271 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3287  sigma-24 (FecI)  43.67 
 
 
278 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7431  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.67 
 
 
240 aa  115  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00872807  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5269  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.77 
 
 
243 aa  115  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0840951  normal  0.234791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1057  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.79 
 
 
226 aa  115  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5648  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.68 
 
 
224 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0361542  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6692  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  43.04 
 
 
240 aa  115  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.341213  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0458  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  41.29 
 
 
226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.6635 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0521  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  45.58 
 
 
166 aa  111  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3163  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.66 
 
 
182 aa  110  8.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0261464  normal  0.157663 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3397  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.18 
 
 
183 aa  111  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6866  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.13 
 
 
175 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4552  RNA polymerase sigma factor  43.84 
 
 
193 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.513735  decreased coverage  0.00114083 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2773  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3565  RNA polymerase sigma factor  39.62 
 
 
182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0489547  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4030  RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 
182 aa  109  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.193201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1386  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
181 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1366  RNA polymerase sigma factor  41.03 
 
 
181 aa  108  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2723  RNA polymerase sigma factor  41.18 
 
 
185 aa  108  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3241  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.14 
 
 
190 aa  107  7.000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3835  RNA polymerase sigma factor  40.54 
 
 
187 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.72947  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4706  RNA polymerase sigma factor  40.76 
 
 
181 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0756  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.07 
 
 
204 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3523  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.25 
 
 
190 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3572  RNA polymerase sigma factor  40.38 
 
 
181 aa  107  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4500  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.36 
 
 
249 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.523982  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0432  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.67 
 
 
201 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.605597 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4302  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.52 
 
 
183 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5153  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.49 
 
 
249 aa  106  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5992  RNA polymerase sigma factor  38.61 
 
 
188 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0485  sigma-24 (FecI-like)  42.77 
 
 
202 aa  105  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0146  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.28 
 
 
167 aa  105  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.274442  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2923  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  35.32 
 
 
240 aa  105  4e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1370  RNA polymerase sigma factor  42.48 
 
 
192 aa  105  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8324  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  38.01 
 
 
201 aa  105  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0268  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.35 
 
 
234 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4151  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.03 
 
 
240 aa  105  5e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0220561  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4376  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.95 
 
 
173 aa  104  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3708  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.43 
 
 
223 aa  104  7e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.286878  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0568  sigma-70, region 4 type 2  38.46 
 
 
162 aa  104  8e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0581915  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  42.57 
 
 
201 aa  104  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.449962  normal  0.462601 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1217  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.65 
 
 
246 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4484  RNA polymerase sigma factor  41.78 
 
 
193 aa  104  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.76377  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.77 
 
 
234 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.850912  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.4 
 
 
201 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5390  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  41.14 
 
 
181 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122052  normal  0.314639 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2578  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  40.4 
 
 
269 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1658  RNA polymerase sigma factor  38.75 
 
 
190 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1605  RNA polymerase sigma factor  38.75 
 
 
190 aa  103  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3118  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.8 
 
 
234 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1376  RNA polymerase sigma factor  41.72 
 
 
187 aa  103  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.924678  hitchhiker  0.0000700282 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2801  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.4 
 
 
235 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0678244  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3701  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.52 
 
 
224 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2820  RNA polymerase sigma factor  42.11 
 
 
197 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.682095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1650  RNA polymerase sigma factor  41.72 
 
 
187 aa  103  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  hitchhiker  0.00656272  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1248  RNA polymerase sigma factor  37.58 
 
 
190 aa  102  3e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.830354  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1829  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.71 
 
 
246 aa  102  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3024  RNA polymerase sigma factor  39.49 
 
 
185 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.023192  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4026  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.52 
 
 
198 aa  102  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108875  normal  0.868186 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0623  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  42.67 
 
 
250 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511458  hitchhiker  0.00478886 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3714  sigma-70 region 2 domain-containing protein  41.57 
 
 
204 aa  102  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3276  RNA polymerase sigma factor  40.52 
 
 
185 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846469 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0018  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.75 
 
 
172 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.747529 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1554  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.76 
 
 
246 aa  101  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.278171  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4095  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.96 
 
 
268 aa  101  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.561462  decreased coverage  0.00330993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5581  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  41.72 
 
 
181 aa  101  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5415  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.55 
 
 
211 aa  101  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2345  RNA polymerase sigma factor  39.74 
 
 
184 aa  101  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0608175  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0284  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.6 
 
 
185 aa  101  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.140737 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3095  RNA polymerase sigma factor  43.95 
 
 
176 aa  101  8e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.1452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2753  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  43.84 
 
 
168 aa  101  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.489179  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1318  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.61 
 
 
237 aa  100  9e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1654  sigma-24 (FecI)  42.34 
 
 
165 aa  100  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.0000018155  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2885  sigma-24 (FecI)  38.46 
 
 
179 aa  100  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.43538  normal  0.368186 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2078  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.24 
 
 
249 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0849144 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4870  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  37.89 
 
 
248 aa  100  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.233795  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2271  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.06 
 
 
158 aa  100  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2467  ECF family RNA polymerase sigma factor  42.86 
 
 
162 aa  100  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0172  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.13 
 
 
176 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0627094 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3117  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.35 
 
 
149 aa  99.8  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.551902  normal  0.117652 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1671  sigma-24 (FecI)  38.61 
 
 
172 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.200883 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1362  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.24 
 
 
253 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00683683 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0538  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.26 
 
 
212 aa  99.8  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.104209  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5412  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.89 
 
 
248 aa  100  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3822  RNA polymerase sigma factor  43.31 
 
 
176 aa  100  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>