62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3387 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3387  hypothetical protein  100 
 
 
243 aa  494  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4376  hypothetical protein  37.15 
 
 
276 aa  124  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0438  hypothetical protein  36.15 
 
 
255 aa  122  5e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3896  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  34.93 
 
 
248 aa  118  7e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0334  hypothetical protein  35.97 
 
 
256 aa  116  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0333  hypothetical protein  37.5 
 
 
280 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3684  hypothetical protein  35.14 
 
 
272 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0339  hypothetical protein  36.12 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0342  hypothetical protein  38.33 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0342  hypothetical protein  36.12 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0455674 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0332  hypothetical protein  40.61 
 
 
267 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3519  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  34.76 
 
 
257 aa  106  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0317  hypothetical protein  34.63 
 
 
267 aa  105  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282593 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0344  hypothetical protein  33.33 
 
 
271 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4604  hypothetical protein  34.85 
 
 
270 aa  100  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0889286 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2095  putative outer membrane protein  31.89 
 
 
206 aa  97.4  2e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004072  putative transmembrane protein  31.22 
 
 
206 aa  96.3  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0431  Outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  31.31 
 
 
200 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11559  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4385  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  30.62 
 
 
209 aa  86.3  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0729066  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_003296  RS00776  putative signal peptide protein  30.57 
 
 
210 aa  79.7  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0897  putative outer-membrane lipoprotein carrier protein  30.69 
 
 
201 aa  79.3  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.199535  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3915  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.86 
 
 
209 aa  79  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0708883  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0698  putative signal peptide protein  28.81 
 
 
222 aa  78.6  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.694204  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0120  hypothetical protein  29.57 
 
 
195 aa  78.2  0.0000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000151321  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4576  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  30.05 
 
 
201 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3056  conserved hypothetical signal peptide protein  23.96 
 
 
228 aa  75.9  0.0000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00817533  normal  0.285808 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0935  hypothetical protein  25.15 
 
 
232 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3893  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  29.7 
 
 
201 aa  74.3  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.722126 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3692  putative signal peptide protein  24.41 
 
 
218 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.378144 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4769  conserved hypothetical signal peptide protein  24.41 
 
 
218 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.294682  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5101  hypothetical protein  27.23 
 
 
204 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4081  putative signal peptide protein  27.92 
 
 
225 aa  72  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.49377  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0430  hypothetical protein  31.25 
 
 
204 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4808  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  28.78 
 
 
201 aa  68.6  0.00000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3606  putative signal peptide protein  27.4 
 
 
225 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2754  hypothetical protein  26.53 
 
 
196 aa  61.6  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.217605  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3930  putative transmembrane protein  27.22 
 
 
202 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0974  hypothetical protein  24.53 
 
 
173 aa  53.9  0.000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3881  hypothetical protein  27.1 
 
 
187 aa  53.1  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0067  hypothetical protein  27.61 
 
 
199 aa  53.1  0.000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0918  putative lipoprotein  25.28 
 
 
181 aa  52.8  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4176  hypothetical protein  25 
 
 
189 aa  53.1  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03850  hypothetical protein  24.2 
 
 
209 aa  52.4  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.267163  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0283  flagellum-specific ATP synthase  25 
 
 
172 aa  50.1  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.00817363  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2673  hypothetical protein  28.97 
 
 
204 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.286317  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3982  putative transmembrane protein  20.56 
 
 
197 aa  47  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2682  hypothetical protein  25.17 
 
 
214 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.791709  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2763  hypothetical protein  25.17 
 
 
213 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000234999  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0799  hypothetical protein  24.49 
 
 
186 aa  45.8  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.817387  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2149  hypothetical protein  25.17 
 
 
213 aa  45.8  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0527214  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0430  putative transmembrane protein  25.33 
 
 
211 aa  45.4  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619167  normal  0.969079 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2749  hypothetical protein  26 
 
 
194 aa  45.4  0.0007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.277757  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0942  putative transmembrane protein  24.49 
 
 
238 aa  45.4  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2815  hypothetical protein  25.17 
 
 
214 aa  45.4  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.038116  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0318  hypothetical protein  24.83 
 
 
198 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.505907  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1763  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  20.18 
 
 
204 aa  44.3  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1986  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  20.93 
 
 
210 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0306  hypothetical protein  24.83 
 
 
198 aa  44.3  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1375  putative transmembrane protein  24.84 
 
 
216 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.423523  hitchhiker  0.00143441 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03732  fatty acyl CoA synthetase  28.57 
 
 
215 aa  44.3  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0477  hypothetical protein  25.78 
 
 
205 aa  43.5  0.003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.935233 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0433  outer membrane lipoprotein carrier protein LolA  21.54 
 
 
192 aa  42.4  0.006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>