81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3311 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3311  hypothetical protein  100 
 
 
483 aa  982    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.694942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3382  hypothetical protein  42.53 
 
 
488 aa  345  8.999999999999999e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0653251  normal  0.705051 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3248  hypothetical protein  45.22 
 
 
473 aa  344  2e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00196068  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2697  hypothetical protein  43.5 
 
 
458 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00350074  normal  0.0600961 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2937  hypothetical protein  44.42 
 
 
466 aa  334  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00304135  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4027  hypothetical protein  43.7 
 
 
501 aa  332  8e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3910  hypothetical protein  42.69 
 
 
501 aa  331  2e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.318661  normal  0.57421 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4142  hypothetical protein  43.6 
 
 
500 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4346  hypothetical protein  42.45 
 
 
500 aa  330  3e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.595421  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4214  hypothetical protein  42.71 
 
 
500 aa  327  3e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3819  hypothetical protein  42.3 
 
 
501 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0173842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1130  hypothetical protein  41.72 
 
 
511 aa  320  3e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4649  hypothetical protein  53.82 
 
 
486 aa  315  8e-85  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3854  hypothetical protein  40.62 
 
 
490 aa  314  1.9999999999999998e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1393  hypothetical protein  41.32 
 
 
476 aa  300  4e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.458413  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1147  hypothetical protein  41.85 
 
 
541 aa  265  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1262  hypothetical protein  35.88 
 
 
486 aa  257  4e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0234925  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3962  hypothetical protein  39.19 
 
 
442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.514264  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00191  hypothetical protein  41.82 
 
 
440 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2323  hypothetical protein  40 
 
 
421 aa  204  4e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal  0.699659 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0885  hypothetical protein  40.23 
 
 
541 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2667  hypothetical protein  37.37 
 
 
420 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1213  hypothetical protein  40.48 
 
 
438 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00120298  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7194  hypothetical protein  38.89 
 
 
462 aa  179  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.663693 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1199  hypothetical protein  39.93 
 
 
461 aa  177  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.756184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5884  hypothetical protein  37.25 
 
 
466 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4586  hypothetical protein  38.54 
 
 
498 aa  175  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0417  hypothetical protein  36 
 
 
416 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1695  hypothetical protein  37.54 
 
 
489 aa  173  6.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0127  hypothetical protein  27.85 
 
 
585 aa  172  1e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.146537  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3518  hypothetical protein  31.63 
 
 
481 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.574738  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0110  hypothetical protein  27.7 
 
 
617 aa  169  8e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0222206  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0119  hypothetical protein  27.5 
 
 
617 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0121  hypothetical protein  27.5 
 
 
617 aa  169  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0226467  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0664  putative outer membrane protein  28.78 
 
 
516 aa  168  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3946  hypothetical protein  35.85 
 
 
470 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.411999 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3542  hypothetical protein  27.66 
 
 
617 aa  168  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346994  normal  0.280347 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00115  hypothetical protein  27.29 
 
 
617 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0816115  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3623  hypothetical protein  35.36 
 
 
463 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.48231  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00116  hypothetical protein  27.29 
 
 
617 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.102405  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3485  conserved hypothetical protein  27.29 
 
 
617 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0124  hypothetical protein  27.54 
 
 
617 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00449065  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1462  hypothetical protein  41.33 
 
 
434 aa  160  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0027345 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5354  hypothetical protein  36.12 
 
 
444 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.16204  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2410  hypothetical protein  30.07 
 
 
489 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0859513  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1484  hypothetical protein  42.35 
 
 
403 aa  155  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0403  hypothetical protein  44.65 
 
 
478 aa  155  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.149014 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4077  hypothetical protein  45.1 
 
 
477 aa  153  5.9999999999999996e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.844566  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1538  lipoprotein  33.57 
 
 
441 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.344103 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0180  hypothetical protein  28.44 
 
 
540 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0171  hypothetical protein  28.15 
 
 
541 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0171  hypothetical protein  28.15 
 
 
541 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2257  hypothetical protein  31.02 
 
 
488 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2129  hypothetical protein  31.65 
 
 
428 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0542526  normal  0.106078 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0172  hypothetical protein  27.85 
 
 
541 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2112  hypothetical protein  35.9 
 
 
484 aa  143  8e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1473  hypothetical protein  35.59 
 
 
436 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1376  hypothetical protein  31.48 
 
 
466 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3041  hypothetical protein  32.22 
 
 
447 aa  139  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0177  putative outer membrane protein  26.16 
 
 
531 aa  137  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4634  hypothetical protein  38.34 
 
 
544 aa  132  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.149297  normal  0.283402 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1201  hypothetical protein  37.06 
 
 
682 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00706806 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5201  hypothetical protein  36.55 
 
 
465 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01519  hypothetical protein  39.56 
 
 
605 aa  127  3e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0540  hypothetical protein  35.06 
 
 
428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000234519  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2200  hypothetical protein  32.61 
 
 
553 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.920316  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3702  hypothetical protein  30.25 
 
 
415 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3890  hypothetical protein  34.85 
 
 
560 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969879  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4476  hypothetical protein  34.85 
 
 
560 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3637  hypothetical protein  34.85 
 
 
582 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1561  hypothetical protein  32.6 
 
 
649 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.727046  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2486  hypothetical protein  29.6 
 
 
755 aa  120  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.835018 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3170  hypothetical protein  32.2 
 
 
547 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.257942 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2000  hypothetical protein  32.27 
 
 
505 aa  118  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.94208e-35 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4037  hypothetical protein  34.16 
 
 
463 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2395  hypothetical protein  33.47 
 
 
455 aa  117  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.165403  hitchhiker  0.00469847 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3789  hypothetical protein  40 
 
 
459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2227  hypothetical protein  33.07 
 
 
508 aa  110  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000137583  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1648  hypothetical protein  34.62 
 
 
550 aa  110  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0755492  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0409  hypothetical protein  38.31 
 
 
527 aa  106  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.282348  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5487  cell wall anchor domain-containing protein  26.42 
 
 
3242 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>