91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3272 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3272  urease accessory protein UreJ  100 
 
 
194 aa  370  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0396  HupE/UreJ protein  64.61 
 
 
192 aa  206  2e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0395  HupE/UreJ protein  64.61 
 
 
192 aa  205  4e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347304  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3629  HupE/UreJ protein  64.04 
 
 
192 aa  204  5e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0223294  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3892  HupE/UreJ protein  64.74 
 
 
192 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4085  HupE/UreJ protein  64.74 
 
 
192 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3969  HupE/UreJ protein  64.74 
 
 
192 aa  201  7e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4304  hypothetical protein  63.64 
 
 
191 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3991  HupE/UreJ protein  64.16 
 
 
192 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3578  HupE/UreJ protein  64.2 
 
 
192 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.567629  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4125  urease accessory protein UreJ  53.4 
 
 
192 aa  188  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.4167 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0327  HupE/UreJ protein  58.72 
 
 
191 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.994931  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3799  HupE/UreJ protein  45.71 
 
 
198 aa  131  6e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414571  normal  0.346057 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0830  urease accessory protein  45.45 
 
 
202 aa  127  7.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768034  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0479  hydrogenase/urease accessory protein  52.76 
 
 
166 aa  125  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230165  normal  0.16849 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3245  urease accessory protein UreJ  44.12 
 
 
195 aa  124  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0663  HupE/UreJ protein  42.11 
 
 
190 aa  121  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.32608  normal  0.0353183 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5001  HupE/UreJ protein  45.6 
 
 
192 aa  121  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.66529  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6126  HupE/UreJ protein  48.1 
 
 
199 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549865  normal  0.331316 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6538  HupE/UreJ protein  50.41 
 
 
199 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436397  normal  0.193844 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0164  nickel-iron hydrogenase, accessory protein  45.45 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1166  HupE/UreJ protein  53.28 
 
 
194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232797  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0960  HupE/UreJ protein  44.59 
 
 
194 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3747  HupE/UreJ protein  53.06 
 
 
199 aa  114  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5823  HupE/UreJ protein  50.81 
 
 
192 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1158  HupE/UreJ protein  47.85 
 
 
197 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160824  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1290  hypothetical protein  46.88 
 
 
197 aa  112  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0362901  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5110  HupE/UreJ protein  41.77 
 
 
199 aa  111  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774333  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2281  HupE/UreJ protein  44.38 
 
 
203 aa  108  5e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2188  HupE/UreJ protein  52.59 
 
 
199 aa  108  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0560  HupE/UreJ protein  41.67 
 
 
190 aa  106  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2034  urease accessory UREJ transmembrane protein  42.77 
 
 
205 aa  106  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4912  urease accessory protein, putative  45.45 
 
 
190 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5617  hypothetical protein  42.68 
 
 
190 aa  104  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2123  HupE/UreJ protein  42.33 
 
 
203 aa  103  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150292  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1164  HupE/UreJ protein  41.98 
 
 
194 aa  103  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1863  HupE/UreJ protein  41.07 
 
 
205 aa  103  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.867351  normal  0.454948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5085  HupE/UreJ protein  47.9 
 
 
202 aa  103  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893105  normal  0.0304442 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0959  HupE/UreJ protein  37.43 
 
 
211 aa  96.7  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.355166  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3268  urease accessory protein  38.51 
 
 
192 aa  96.3  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232463  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0993  HupE/UreJ protein  40.11 
 
 
203 aa  95.5  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614894  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3099  HupE/UreJ protein  38.27 
 
 
194 aa  95.5  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2290  HupE/UreJ protein  41.45 
 
 
192 aa  94.4  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.223499 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1763  HupE/UreJ protein  40.96 
 
 
188 aa  93.6  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.353058  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2876  HupE/UreJ protein  41.71 
 
 
194 aa  93.2  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64680  hypothetical protein  42.68 
 
 
190 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0396536  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2186  HupE/UreJ protein  42.01 
 
 
205 aa  90.9  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.114509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50400  HupE/UreJ protein  42.44 
 
 
187 aa  90.5  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0829  urease accessory protein  40.77 
 
 
222 aa  89  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4241  HupE/UreJ protein  37.5 
 
 
199 aa  87.8  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1210  HupE/UreJ protein  38.37 
 
 
186 aa  84.7  8e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2989  HupE/UreJ protein  39.47 
 
 
191 aa  84.3  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.231706  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0886  HupE/UreJ protein  38.79 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.219262  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2438  HupE/UreJ protein  39.76 
 
 
195 aa  82.8  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4454  HupE/UreJ protein  43.4 
 
 
190 aa  81.6  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1184  HupE/UreJ protein  40.25 
 
 
203 aa  81.6  0.000000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3803  HupE/UreJ protein  46.56 
 
 
192 aa  81.6  0.000000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0577478  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2682  HupE/UreJ protein  38.31 
 
 
194 aa  80.9  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.669277  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3374  hypothetical protein  37.58 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215673  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0333  HupE/UreJ protein  42.35 
 
 
195 aa  78.2  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.836087  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1374  membrane-bound hydrogenase component hupE  42.39 
 
 
194 aa  77.8  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00671086  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3943  HupE/UreJ protein  50.85 
 
 
193 aa  77.4  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.788882  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2148  HupE/UreJ protein  39.05 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140678  normal  0.213077 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0497  HupE/UreJ accessory protein  39.05 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2301  HupE/UreJ protein  38.79 
 
 
201 aa  73.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0180  HupE/UreJ protein  41.03 
 
 
200 aa  74.3  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.683623  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3527  HupE/UreJ protein  38.04 
 
 
197 aa  72.4  0.000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1973  HupE/UreJ protein  36.43 
 
 
196 aa  71.6  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2825  HupE/UreJ protein  37.82 
 
 
196 aa  71.2  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324254  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1218  hypothetical protein  31.51 
 
 
208 aa  70.1  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4087  HupE/UreJ protein  40.25 
 
 
200 aa  70.1  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248426  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3100  HupE/UreJ protein  38.64 
 
 
199 aa  69.3  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1265  urease accessory protein UreJ  40.94 
 
 
189 aa  68.9  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0976  HupE/UreJ protein  41.72 
 
 
197 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4228  HupE/UreJ protein  32.37 
 
 
217 aa  65.1  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1195  HupE/UreJ protein  31.71 
 
 
210 aa  63.2  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.108904  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2095  HupE/UreJ protein  30.81 
 
 
221 aa  59.7  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1296  HupE/UreJ protein  37.3 
 
 
245 aa  60.1  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00297181  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1026  HupE/UreJ protein  35.92 
 
 
226 aa  59.7  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2139  HupE/UreJ protein  29.8 
 
 
221 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2419  HupE/UreJ protein  32.34 
 
 
181 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00415524  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2580  HupE/UreJ protein  43.4 
 
 
195 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04450  nickel transporter for carbon monoxide dehydrogenase, HupE/UreJ family  49.11 
 
 
187 aa  47.8  0.00009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0761175  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5052  HupE/UreJ protein  31.36 
 
 
211 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.864731  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1373  hydrogenase accessory protein  32.03 
 
 
231 aa  47.4  0.0001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.695906  normal  0.247708 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2847  HupE/UreJ protein  35.21 
 
 
181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16808  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2842  HupE/UreJ protein  35.21 
 
 
181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3141  hypothetical protein  33.01 
 
 
210 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0344917  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1728  HupE/UreJ protein  37.33 
 
 
208 aa  46.2  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2933  HupE/UreJ protein  36.62 
 
 
181 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.629521  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1468  hypothetical protein  34.88 
 
 
211 aa  45.4  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00584135  normal  0.0667336 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>