More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2877 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_02769  lysyl-tRNA synthetase  64.91 
 
 
522 aa  680    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.696158  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0757  lysyl-tRNA synthetase  86.2 
 
 
501 aa  909    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.527071  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4082  lysyl-tRNA synthetase  64.84 
 
 
524 aa  667    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0178605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0992  lysyl-tRNA synthetase  87 
 
 
500 aa  921    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0940  lysyl-tRNA synthetase  85.83 
 
 
501 aa  902    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0434875  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1132  lysyl-tRNA synthetase  62.63 
 
 
500 aa  635    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0812  lysyl-tRNA synthetase  86.6 
 
 
500 aa  912    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3491  lysyl-tRNA synthetase  86.6 
 
 
500 aa  915    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004437  lysyl-tRNA synthetase (class II)  80.96 
 
 
505 aa  835    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0873  lysyl-tRNA synthetase  86.6 
 
 
500 aa  915    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3614  lysyl-tRNA synthetase  86.6 
 
 
500 aa  915    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.659377 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0195  lysyl-tRNA synthetase  81.58 
 
 
512 aa  862    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00927236  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00960  lysyl-tRNA synthetase  82.02 
 
 
510 aa  842    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3127  lysyl-tRNA synthetase  87.4 
 
 
500 aa  927    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.578616  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0566  lysyl-tRNA synthetase  80.04 
 
 
501 aa  828    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.302329  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1361  lysyl-tRNA synthetase  64.72 
 
 
517 aa  686    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.807821  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0827  lysyl-tRNA synthetase  87.6 
 
 
500 aa  926    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.81959  normal  0.0384226 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3196  lysyl-tRNA synthetase  87.6 
 
 
500 aa  926    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0568381  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0583  lysyl-tRNA synthetase  87.8 
 
 
500 aa  929    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0841  lysyl-tRNA synthetase  86.8 
 
 
500 aa  916    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3049  lysyl-tRNA synthetase  87.4 
 
 
500 aa  924    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3419  lysyl-tRNA synthetase  86.6 
 
 
500 aa  915    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.535831  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3296  lysyl-tRNA synthetase  87.6 
 
 
500 aa  926    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2877  lysyl-tRNA synthetase  100 
 
 
500 aa  1033    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2270  lysyl-tRNA synthetase  62.57 
 
 
511 aa  638    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3422  lysyl-tRNA synthetase  61.23 
 
 
505 aa  632  1e-180  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.231607  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3888  lysyl-tRNA synthetase  61.23 
 
 
505 aa  631  1e-180  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3296  lysyl-tRNA synthetase  60.83 
 
 
505 aa  630  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04000  lysine tRNA synthetase, inducible  61.52 
 
 
505 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3862  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  626  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4370  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  626  1e-178  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.119358  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4598  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  626  1e-178  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.221304  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5645  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  626  1e-178  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03962  hypothetical protein  61.52 
 
 
505 aa  627  1e-178  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4684  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  627  1e-178  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3898  lysyl-tRNA synthetase  61.52 
 
 
505 aa  627  1e-178  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3851  lysyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 
505 aa  622  1e-177  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0982146 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0924  lysyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 
505 aa  622  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3308  lysyl-tRNA synthetase  60.32 
 
 
505 aa  622  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0865  lysyl-tRNA synthetase  60.87 
 
 
505 aa  622  1e-177  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1217  protein-L-isoaspartate(D-aspartate) O-methyltransferase  61.23 
 
 
502 aa  622  1e-177  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00362482  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0883  lysyl-tRNA synthetase  61.11 
 
 
505 aa  622  1e-177  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02722  lysine tRNA synthetase, constitutive  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.639926  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0802  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000973431  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4180  lysyl-tRNA synthetase  60.2 
 
 
505 aa  619  1e-176  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02685  hypothetical protein  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.803561  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0819  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3309  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.97294  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3216  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3049  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3023  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
505 aa  620  1e-176  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3376  lysyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 
505 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3274  lysyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 
505 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3196  lysyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 
505 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.442927  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2997  lysyl-tRNA synthetase  60.72 
 
 
502 aa  615  1e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3271  lysyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 
505 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3208  lysyl-tRNA synthetase  60.44 
 
 
505 aa  617  1e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0649  lysyl-tRNA synthetase  61.07 
 
 
505 aa  608  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3370  lysyl-tRNA synthetase  60.92 
 
 
505 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.234173  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1060  lysyl-tRNA synthetase  60.4 
 
 
499 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.175669  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1501  lysyl-tRNA synthetase  59.88 
 
 
500 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1311  lysyl-tRNA synthetase  60.08 
 
 
500 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00484413 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4226  lysyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
500 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.366371  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1496  lysyl-tRNA synthetase  59.48 
 
 
500 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal  0.804947 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1101  lysyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
500 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1438  lysyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
501 aa  595  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16530  lysyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
501 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.530256  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4121  lysyl-tRNA synthetase  59.68 
 
 
500 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39390  lysyl-tRNA synthetase  58.38 
 
 
500 aa  592  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0726  lysyl-tRNA synthetase  60.24 
 
 
504 aa  589  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000447446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1477  lysyl-tRNA synthetase  58.19 
 
 
502 aa  590  1e-167  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0701287  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0422  lysyl-tRNA synthetase  58.4 
 
 
511 aa  590  1e-167  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1008  lysyl-tRNA synthetase  58.08 
 
 
496 aa  581  1e-164  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0301  lysyl-tRNA synthetase  58.68 
 
 
496 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1456  lysyl-tRNA synthetase  58.92 
 
 
510 aa  571  1e-161  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.370095  normal  0.105516 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3428  lysyl-tRNA synthetase  56.89 
 
 
509 aa  570  1e-161  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00904218 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1462  lysyl-tRNA synthetase  55.42 
 
 
499 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.485699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0983  lysyl-tRNA synthetase  57.76 
 
 
496 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1741  hypothetical protein  56.4 
 
 
496 aa  560  1e-158  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1741  hypothetical protein  56.6 
 
 
496 aa  560  1e-158  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1409  lysyl-tRNA synthetase  57.74 
 
 
514 aa  558  1e-158  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1054  lysyl-tRNA synthetase  57.54 
 
 
514 aa  555  1e-157  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.445143 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1804  lysyl-tRNA synthetase  57.14 
 
 
499 aa  553  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0893  lysyl-tRNA synthetase, class-2  56.31 
 
 
501 aa  548  1e-155  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1152  lysyl-tRNA synthetase  54.97 
 
 
508 aa  548  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.562013  normal  0.115463 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2848  lysyl-tRNA synthetase  56.51 
 
 
501 aa  548  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.266623 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0797  lysyl-tRNA synthetase  56.43 
 
 
509 aa  545  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0164991 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1957  lysyl-tRNA synthetase  55.36 
 
 
513 aa  545  1e-154  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2136  lysyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
508 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.251549 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5959  lysyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
508 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2118  lysyl-tRNA synthetase  54.78 
 
 
508 aa  545  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414372  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5424  lysyl-tRNA synthetase  54.58 
 
 
524 aa  543  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1883  lysyl-tRNA synthetase  54.97 
 
 
508 aa  544  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2155  lysyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
508 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.351617  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2028  lysyl-tRNA synthetase  54.19 
 
 
508 aa  541  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2207  lysyl-tRNA synthetase  53.8 
 
 
508 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3111  lysyl-tRNA synthetase  53.8 
 
 
508 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1700  lysyl-tRNA synthetase  53.8 
 
 
508 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.816716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00071  lysyl-tRNA synthetase  53.41 
 
 
505 aa  535  1e-151  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.381624  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1480  lysyl-tRNA synthetase  53.8 
 
 
508 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>