128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2059 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1465  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.31 
 
 
740 aa  1042    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00781151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4012  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.86 
 
 
741 aa  1052    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.225038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1354  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.96 
 
 
741 aa  966    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2897  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.65 
 
 
743 aa  1070    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0583435  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0635  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.62 
 
 
734 aa  798    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.707304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2629  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  81.46 
 
 
741 aa  1248    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3356  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.12 
 
 
743 aa  1006    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0469656  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3186  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  66.49 
 
 
740 aa  1027    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467142  normal  0.225365 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0287  isocitrate dehydrogenase  61.78 
 
 
739 aa  942    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3120  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  62.96 
 
 
745 aa  962    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4201  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  64.02 
 
 
747 aa  984    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3594  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  68.89 
 
 
741 aa  1059    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.942271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5855  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  68.34 
 
 
742 aa  1051    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0781482  normal  0.186883 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0459  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  69.44 
 
 
741 aa  1072    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1410  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  68.49 
 
 
741 aa  1061    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1359  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  65.98 
 
 
740 aa  1000    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000634164  hitchhiker  8.074690000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1101  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.99 
 
 
739 aa  1051    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1047  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  57.51 
 
 
729 aa  845    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0617391  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2227  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.76 
 
 
743 aa  1026    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.124629  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2203  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.89 
 
 
739 aa  993    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199816  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2371  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.76 
 
 
731 aa  873    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0872233  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1684  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  70.38 
 
 
742 aa  1075    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000025647  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0532  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  68.48 
 
 
742 aa  1040    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1831  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  79.3 
 
 
740 aa  1228    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.774798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0525  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.53 
 
 
744 aa  1030    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0755459  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0315  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.42 
 
 
739 aa  940    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.789094  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3729  isocitrate dehydrogenase  63.53 
 
 
747 aa  971    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0477  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.81 
 
 
738 aa  876    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1912  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.61 
 
 
742 aa  1052    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1209  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.65 
 
 
750 aa  920    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.766417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2377  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.55 
 
 
743 aa  979    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00123907  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1641  isocitrate dehydrogenase  62.36 
 
 
737 aa  954    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1606  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  82 
 
 
741 aa  1261    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.601658  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1681  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  82.41 
 
 
741 aa  1264    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.642711  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1121  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.58 
 
 
744 aa  952    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2257  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  80.03 
 
 
741 aa  1221    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2571  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.93 
 
 
742 aa  1034    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.124358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30180  monomeric isocitrate dehydrogenase  64.33 
 
 
741 aa  963    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1092  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.94 
 
 
740 aa  994    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0070622  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2523  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.61 
 
 
742 aa  1052    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0065836  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1603  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.8 
 
 
742 aa  1014    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.213758  normal  0.272046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1750  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  82 
 
 
741 aa  1260    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.307688  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0913  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.6 
 
 
730 aa  797    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.280691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.25 
 
 
741 aa  1066    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721925  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3575  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.07 
 
 
737 aa  985    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2059  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  100 
 
 
741 aa  1528    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1226  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.65 
 
 
750 aa  920    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.980555 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0983  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.86 
 
 
742 aa  1005    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.614065  normal  0.0628792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3212  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.84 
 
 
746 aa  929    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0090  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.16 
 
 
747 aa  970    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0350175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.72 
 
 
745 aa  946    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465452  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2300  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.55 
 
 
744 aa  955    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288016  hitchhiker  0.00925586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.62 
 
 
745 aa  941    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0556  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.48 
 
 
767 aa  796    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2475  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  81.06 
 
 
741 aa  1249    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00185423  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1236  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.92 
 
 
745 aa  930    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.299875 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1563  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  78.89 
 
 
739 aa  1206    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.37594  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3455  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.27 
 
 
749 aa  934    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0243949  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0366  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.19 
 
 
744 aa  975    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2230  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  81.87 
 
 
741 aa  1260    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2397  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.15 
 
 
742 aa  965    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.942581  normal  0.0892636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2181  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.57 
 
 
740 aa  1025    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0711  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent, monomeric type  73.48 
 
 
741 aa  1119    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2194  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.49 
 
 
743 aa  1008    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000647255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1821  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.59 
 
 
767 aa  1048    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.111465 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2086  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.74 
 
 
739 aa  952    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2087  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.95 
 
 
740 aa  976    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10066  isocitrate dehydrogenase [NADP] icd2  60.81 
 
 
745 aa  949    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.655644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3267  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.97 
 
 
740 aa  959    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000676188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2583  NADP-dependent isocitrate dehydrogenase  64.33 
 
 
741 aa  963    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2468  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  80.92 
 
 
741 aa  1246    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00290005  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.16 
 
 
744 aa  1037    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0301338 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1399  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.01 
 
 
767 aa  793    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1135  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  52.8 
 
 
732 aa  803    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01563  socitrate dehydrogenase  71.62 
 
 
741 aa  1091    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1088  monomeric isocitrate dehydrogenase  46.86 
 
 
724 aa  669    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00133972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1883  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  75.27 
 
 
741 aa  1169    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.615158  decreased coverage  0.0000000395954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2535  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  77 
 
 
740 aa  1191    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4274  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.47 
 
 
739 aa  975    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.876075  normal  0.344018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1986  monomeric isocitrate dehydrogenase  58.22 
 
 
722 aa  815    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.305088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  81.46 
 
 
741 aa  1253    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.540941  normal  0.0688936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3645  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.96 
 
 
744 aa  965    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000734043  normal  0.208006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0771  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.48 
 
 
741 aa  1048    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318617  hitchhiker  0.000000506151 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3617  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.72 
 
 
741 aa  1033    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.162405  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3416  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69 
 
 
741 aa  1056    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.379294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2702  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  76.49 
 
 
740 aa  1161    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191551  normal  0.0232345 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2548  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.61 
 
 
742 aa  1053    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00891697  hitchhiker  0.0000000308445 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2249  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  65.21 
 
 
743 aa  1014    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.267042  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4382  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.19 
 
 
745 aa  949    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000594787 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0369  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.92 
 
 
744 aa  968    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2442  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.07 
 
 
742 aa  1037    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000648853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3132  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.03 
 
 
741 aa  1012    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2159  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.08 
 
 
743 aa  1010    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5456  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.53 
 
 
747 aa  979    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.897377  normal  0.0127926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4080  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.39 
 
 
742 aa  1045    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03994  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.93 
 
 
743 aa  1067    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0694  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  56.7 
 
 
746 aa  863    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00369778  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0553  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.99 
 
 
741 aa  1054    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.25 
 
 
742 aa  1029    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00119638  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0799  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.71 
 
 
739 aa  1006    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>