More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2056 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00887  ATPase and specificity subunit of ClpA-ClpP ATP-dependent serine protease, chaperone activity  71.35 
 
 		 710 aa  1010    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.234968  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2760  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  70.69 
 
 		 758 aa  1083    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00164003  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2393  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  70.56 
 
 		 756 aa  1063    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0793995 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4008  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  68.87 
 
 		 756 aa  1055    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0728152 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2227  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  87.77 
 
 		 755 aa  1372    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0179125  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2124  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  44.39 
 
 		 785 aa  662    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.168971  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1789  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  66.8 
 
 		 756 aa  1028    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1237  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  46.9 
 
 		 768 aa  680    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2464  ATP-dependent protease ATP-binding specificity subunit  62.55 
 
 		 762 aa  965    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0968  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  60.11 
 
 		 771 aa  897    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2893  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  72.56 
 
 		 752 aa  1139    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2587  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  70.31 
 
 		 758 aa  1065    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.317427  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1169  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  59.07 
 
 		 824 aa  891    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.123794  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2626  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  88.71 
 
 		 755 aa  1379    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3353  ATP-dependent clp protease, ATP-binding subunit ClpA  68.84 
 
 		 757 aa  1058    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.427297  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1217  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  48.88 
 
 		 776 aa  741    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2465  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  87.65 
 
 		 755 aa  1373    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000928581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1053  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00191879  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2281  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00581286  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0880  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  67.56 
 
 		 755 aa  1028    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0851  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  67.56 
 
 		 755 aa  1028    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3183  putative AAA ATPase  69.37 
 
 		 757 aa  1065    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.120903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3095  AAA ATPase, central region:Clp, N terminal  62.57 
 
 		 753 aa  982    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.840069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0126  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  57.16 
 
 		 771 aa  882    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2752  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  63.14 
 
 		 765 aa  972    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.929271  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0464  ATP-dependent Clp protease  49.32 
 
 		 759 aa  740    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.921546  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1237  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  63.41 
 
 		 750 aa  967    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.595006 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1695  AAA ATPase  57.92 
 
 		 801 aa  886    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.14713  normal  0.408857 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1825  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  68.87 
 
 		 756 aa  1052    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0620504 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1126  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  58.93 
 
 		 824 aa  887    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.359494  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1114  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA  62.73 
 
 		 884 aa  966    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000182282  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2425  ATP-dependent Clp protease  65.21 
 
 		 754 aa  1021    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.520524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3590  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  69.73 
 
 		 756 aa  1073    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50904 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2293  chaperonin clpA/B  60.11 
 
 		 771 aa  897    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2260  ATP-binding component of serine protease  52.19 
 
 		 752 aa  808    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277192  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5850  AAA ATPase, Clp  62.42 
 
 		 766 aa  963    Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00186386  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2099  ATPase  54.12 
 
 		 760 aa  821    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.474631  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1112  AAA ATPase  58.38 
 
 		 748 aa  887    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000319586  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2461  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  64.56 
 
 		 774 aa  978    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.597625  normal  0.840224 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0457  AAA ATPase  49.25 
 
 		 725 aa  722    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1399  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  69.93 
 
 		 759 aa  1078    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.103795 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2248  ATPase with chaperone activity  62.65 
 
 		 752 aa  945    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0365222  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2109  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  61.23 
 
 		 779 aa  941    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0763  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  62.8 
 
 		 766 aa  961    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000501038  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0789  AAA ATPase  57.2 
 
 		 760 aa  853    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4772  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  59.14 
 
 		 796 aa  897    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2396  AAA_5 ATPase  58.74 
 
 		 801 aa  904    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.666278 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0066  ATP dependent Clp protease  57.52 
 
 		 792 aa  890    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.970057  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0567  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  49.73 
 
 		 765 aa  739    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.479171  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1041  ATPase AAA-2  58.89 
 
 		 785 aa  879    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2759  ATPase AAA-2  63.49 
 
 		 775 aa  961    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.365193  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1687  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  66.18 
 
 		 761 aa  1033    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000140768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3324  ATPase AAA-2  58.87 
 
 		 802 aa  895    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.660332  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0508  ATPase AAA-2  63.86 
 
 		 763 aa  984    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2940  ATPase AAA-2  63.39 
 
 		 778 aa  961    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206426  normal  0.985404 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0801  putative ATP-dependent Clp protease ATP- binding subunit  63.78 
 
 		 765 aa  965    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00134751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1834  ATPase AAA-2  85.77 
 
 		 753 aa  1315    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123465  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3055  ATPase AAA-2  58.87 
 
 		 801 aa  903    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.800011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2440  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  67.56 
 
 		 753 aa  1044    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2416  ATPase AAA-2  58.11 
 
 		 799 aa  881    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164415  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2892  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  63.02 
 
 		 765 aa  965    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.237533 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2207  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  59.71 
 
 		 783 aa  909    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.177783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1475  ATPase AAA-2  51.82 
 
 		 737 aa  739    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.125355  normal  0.128738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2092  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA  57.37 
 
 		 792 aa  884    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0168  ATPase AAA-2  58.08 
 
 		 779 aa  871    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.152737 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1907  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit clpA  62.68 
 
 		 766 aa  966    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.298662  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0580  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  56.48 
 
 		 788 aa  838    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.118524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1566  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  87.53 
 
 		 752 aa  1353    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.121639  normal  0.660499 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3260  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  68.59 
 
 		 751 aa  1019    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.625652  hitchhiker  0.000000000240125 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2374  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  72.24 
 
 		 755 aa  1134    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00226066  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1373  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  58.09 
 
 		 819 aa  891    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1400  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  66.93 
 
 		 756 aa  1043    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4482  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  63.62 
 
 		 783 aa  957    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0576  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000033663  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1748  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  63.16 
 
 		 768 aa  962    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1648  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  89.38 
 
 		 755 aa  1399    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000301737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1723  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  89.51 
 
 		 755 aa  1400    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000145308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1447  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  66.76 
 
 		 756 aa  1050    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.721144  normal  0.19219 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2254  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  86.06 
 
 		 752 aa  1334    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00769581  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1286  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  58.7 
 
 		 770 aa  893    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.641914 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2566  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  62.68 
 
 		 766 aa  966    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0752747  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30230  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  70.31 
 
 		 758 aa  1065    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2158  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0275197  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2472  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  87.52 
 
 		 755 aa  1369    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000013712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0714  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit  71.76 
 
 		 756 aa  1096    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2518  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  62.68 
 
 		 766 aa  966    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0417713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0043  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  54.32 
 
 		 776 aa  832    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00409723  normal  0.565561 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1760  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  59.51 
 
 		 769 aa  887    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0476862  normal  0.109361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1753  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  89.38 
 
 		 755 aa  1401    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000731708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1117  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  58.04 
 
 		 838 aa  875    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328847  normal  0.667342 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2546  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  60 
 
 		 775 aa  914    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3812  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  57.62 
 
 		 772 aa  875    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356989  normal  0.716878 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0960  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000364582  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2056  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit ClpA  100 
 
 		 753 aa  1548    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.196672  normal  0.465232 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1832  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  63.97 
 
 		 782 aa  958    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0724009  normal  0.325801 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0743  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  63.84 
 
 		 752 aa  988    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0964  ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA  62.73 
 
 		 766 aa  967    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.607377  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1532  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  53.17 
 
 		 776 aa  785    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.846759 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3238  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  63.8 
 
 		 783 aa  957    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49945 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1934  ATP-dependent Clp protease, ATP-binding subunit clpA  64.02 
 
 		 778 aa  972    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>