More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0370 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0370  prepilin-type cleavage/methylation  100 
 
 		 157 aa  316  7e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000439379  unclonable  0.00000838241 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  48.3 
 
 		 160 aa  125  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  52.63 
 
 		 148 aa  124  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  41.94 
 
 		 134 aa  95.5  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03231  type IV pilin  51.32 
 
 		 141 aa  91.7  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0578635  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  39.85 
 
 		 147 aa  85.5  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  48.6 
 
 		 169 aa  84  8e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  37.18 
 
 		 148 aa  83.6  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  51.14 
 
 		 139 aa  82.4  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  62.71 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  54.67 
 
 		 138 aa  80.9  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  38.65 
 
 		 169 aa  79.3  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  39.52 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  44.44 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  70.37 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  70.91 
 
 		 174 aa  77.4  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  66.1 
 
 		 160 aa  77.4  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  65 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  49.33 
 
 		 143 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  36.88 
 
 		 147 aa  77  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  47.73 
 
 		 148 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  34.62 
 
 		 152 aa  75.9  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  63.79 
 
 		 168 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  70.37 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  57.81 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  60.66 
 
 		 142 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0241  pilus assembly protein major pilin PilA  41.29 
 
 		 137 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0389135  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  50 
 
 		 138 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0240  pilus assembly protein major pilin PilA  43.79 
 
 		 139 aa  70.9  0.000000000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0628338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3604  methylation site containing protein  43.59 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0981563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  41.61 
 
 		 179 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  45.63 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  42.99 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  48.72 
 
 		 196 aa  67.8  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  35.71 
 
 		 157 aa  67.8  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  60 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  46.75 
 
 		 199 aa  67  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  54.69 
 
 		 174 aa  67  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  60.34 
 
 		 173 aa  66.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  49.23 
 
 		 182 aa  65.5  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  68.09 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  52.05 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  59.02 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  42.65 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  42.65 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  42.65 
 
 		 154 aa  64.7  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  54.24 
 
 		 167 aa  64.3  0.0000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  37.09 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  58.18 
 
 		 173 aa  63.5  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  45.45 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  45.45 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  45.45 
 
 		 145 aa  63.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  45.45 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  47.3 
 
 		 141 aa  63.5  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  81.08 
 
 		 163 aa  63.5  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  53.45 
 
 		 162 aa  63.2  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  48.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  48.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  41.18 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  53.23 
 
 		 169 aa  62.4  0.000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  41.18 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  48.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  48.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  48.08 
 
 		 146 aa  62.4  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  45.45 
 
 		 145 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  58.18 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  66.67 
 
 		 179 aa  62  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  64.58 
 
 		 167 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0680  fimbrial protein pilin  37.74 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  48.53 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  65.31 
 
 		 137 aa  61.2  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  65.85 
 
 		 139 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  40.96 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  43.9 
 
 		 198 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  42.68 
 
 		 199 aa  60.8  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  42.03 
 
 		 168 aa  60.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  41.46 
 
 		 138 aa  59.7  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  48.08 
 
 		 147 aa  60.1  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  46.67 
 
 		 141 aa  60.1  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0666  putative major pilin subunit  46.15 
 
 		 147 aa  59.3  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  52.54 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  68.29 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  43.75 
 
 		 198 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  85.29 
 
 		 162 aa  59.3  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  43.75 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  43.75 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  52.54 
 
 		 136 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  45.45 
 
 		 171 aa  58.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  54.55 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  65.12 
 
 		 188 aa  58.5  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  47.76 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  46.88 
 
 		 151 aa  58.5  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  49.18 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  56 
 
 		 165 aa  58.2  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  45.59 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4536  fimbrial protein pilin  50.85 
 
 		 136 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1261  hypothetical protein  35.48 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  71.19 
 
 		 148 aa  57.4  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  43.21 
 
 		 198 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>