More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2902 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2902  RNA polymerase, sigma 28 subunit  100 
 
 
248 aa  497  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1281  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  43.85 
 
 
242 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.587484 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0032  sigma factor FliA (sigma-28 group, flagellar)  40.45 
 
 
239 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1662  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40.45 
 
 
239 aa  160  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.798298  normal  0.0434803 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1616  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.95 
 
 
239 aa  153  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.064801  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  37.44 
 
 
239 aa  143  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  35.04 
 
 
239 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  38.86 
 
 
247 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40.18 
 
 
257 aa  138  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  42.92 
 
 
251 aa  137  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  42.92 
 
 
251 aa  137  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  35.96 
 
 
239 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  35.71 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  35.65 
 
 
244 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.07 
 
 
232 aa  133  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  37.89 
 
 
238 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.91 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  37.12 
 
 
238 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  36.04 
 
 
243 aa  131  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
239 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.44 
 
 
253 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  36.52 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  34.08 
 
 
239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  36.84 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.4 
 
 
241 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  34.65 
 
 
237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  34.65 
 
 
237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  34.65 
 
 
237 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.66 
 
 
237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.66 
 
 
237 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
237 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  35.75 
 
 
244 aa  128  9.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  34.76 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  34.06 
 
 
244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
242 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  37.33 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  35 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  34.8 
 
 
238 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  34.53 
 
 
239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  34.82 
 
 
237 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2155  Sigma28 (flagella)  37.98 
 
 
234 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  35.75 
 
 
244 aa  126  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  36.53 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  36.53 
 
 
253 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  35 
 
 
238 aa  125  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.05 
 
 
238 aa  125  7e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  35.37 
 
 
244 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  32.19 
 
 
244 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
243 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
243 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.5 
 
 
237 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
242 aa  124  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  35.37 
 
 
243 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  34.93 
 
 
243 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  35.41 
 
 
246 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  36.84 
 
 
246 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  36.84 
 
 
246 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  35.09 
 
 
244 aa  123  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  36.92 
 
 
253 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  35.41 
 
 
246 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  34.23 
 
 
248 aa  123  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  34.74 
 
 
239 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  34.74 
 
 
247 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1546  RNA polymerase sigma factor WhiG  32.79 
 
 
289 aa  123  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.251252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  36.36 
 
 
246 aa  122  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  32.44 
 
 
241 aa  123  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  34.5 
 
 
238 aa  122  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3633  flagellar biosynthesis sigma factor  37.1 
 
 
236 aa  122  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00869538  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  33.78 
 
 
243 aa  122  6e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  35.41 
 
 
246 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.77 
 
 
243 aa  121  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  34.78 
 
 
250 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.75 
 
 
241 aa  121  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  34.5 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1384  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  34.69 
 
 
279 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  35.41 
 
 
246 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1411  RNA polymerase sigma factor WhiG  32.4 
 
 
312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.122165 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04951  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit/flagellum specific  33.18 
 
 
242 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  33.04 
 
 
237 aa  119  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001167  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  32.73 
 
 
242 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.74 
 
 
245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  35.75 
 
 
247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  31.78 
 
 
236 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  31.98 
 
 
250 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  37.27 
 
 
231 aa  119  7e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  32.6 
 
 
239 aa  118  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.96 
 
 
262 aa  118  9e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  38.29 
 
 
239 aa  118  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  36.99 
 
 
240 aa  117  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>