More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0036 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_0036  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine S-methyltransferase  100 
 
 		 355 aa  724    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.20807 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3207  methionine synthase (B12-dependent)  69.14 
 
 		 358 aa  498  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2400  methionine synthase (B12-dependent)  62.64 
 
 		 353 aa  430  1e-119  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.434892  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1123  B12-dependent methionine synthase  58.31 
 
 		 1246 aa  392  1e-108  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.833597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3545  B12-dependent methionine synthase  57.02 
 
 		 1245 aa  393  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.229259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4366  B12-dependent methionine synthase  56.1 
 
 		 1247 aa  393  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.778137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3107  B12-dependent methionine synthase  56.94 
 
 		 1236 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2832  B12-dependent methionine synthase  55.08 
 
 		 1271 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.192266 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2123  B12-dependent methionine synthase  55.65 
 
 		 1250 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.607854 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1935  B12-dependent methionine synthase  54.06 
 
 		 1250 aa  379  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.688432  normal  0.0193285 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2732  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  54.13 
 
 		 1239 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0346659  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4918  B12-dependent methionine synthase  56.69 
 
 		 1248 aa  377  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0328  B12-dependent methionine synthase  54.6 
 
 		 1264 aa  376  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2132  B12-dependent methionine synthase  54.13 
 
 		 1245 aa  376  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.638146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1638  B12-dependent methionine synthase  54.49 
 
 		 1250 aa  375  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2464  B12-dependent methionine synthase  54.13 
 
 		 1239 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.782684  normal  0.0191622 
 
 
-
 
NC_004310  BR0188  B12-dependent methionine synthase  56.23 
 
 		 1261 aa  368  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1601  B12-dependent methionine synthase  53.91 
 
 		 1250 aa  366  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2966  B12-dependent methionine synthase  54.47 
 
 		 1257 aa  367  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1982  B12-dependent methionine synthase  54.7 
 
 		 1235 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0368395  normal  0.238169 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1882  B12-dependent methionine synthase  53.91 
 
 		 1250 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.820569 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2911  B12-dependent methionine synthase  53.89 
 
 		 1257 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.588034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0182  B12-dependent methionine synthase  56.23 
 
 		 1261 aa  368  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29240  B12-dependent methionine synthase  54.91 
 
 		 1278 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2154  B12-dependent methionine synthase  53.91 
 
 		 1228 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0182  methionine synthase  53.58 
 
 		 1263 aa  363  2e-99  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3449  B12-dependent methionine synthase  54.34 
 
 		 1234 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625644  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2093  B12-dependent methionine synthase  52.72 
 
 		 1227 aa  364  2e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.883808 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2651  B12-dependent methionine synthase  53.6 
 
 		 1257 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0758  B12-dependent methionine synthase  51.54 
 
 		 1246 aa  363  2e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.659122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3657  methionine synthase  55.96 
 
 		 342 aa  362  6e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.15726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3320  B12-dependent methionine synthase  54.42 
 
 		 1235 aa  362  6e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.487541 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40670  B12-dependent methionine synthase  54.04 
 
 		 1234 aa  362  6e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0754274  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2375  B12-dependent methionine synthase  54.42 
 
 		 1235 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2870  B12-dependent methionine synthase  56.85 
 
 		 1257 aa  361  9e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1526  B12-dependent methionine synthase  53.47 
 
 		 1232 aa  361  9e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1888  B12-dependent methionine synthase  54.42 
 
 		 1235 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0595  B12-dependent methionine synthase  51.57 
 
 		 1272 aa  360  1e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0872  B12-dependent methionine synthase  52.96 
 
 		 1238 aa  360  2e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2159  B12-dependent methionine synthase  54.7 
 
 		 1236 aa  360  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.088857 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1889  B12-dependent methionine synthase  53.45 
 
 		 1245 aa  358  9e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0710  B12-dependent methionine synthase  51.45 
 
 		 1240 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1030  B12-dependent methionine synthase  51.8 
 
 		 1244 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2402  homocysteine S-methyltransferase  53.74 
 
 		 353 aa  356  2.9999999999999997e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264872  normal  0.0639264 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1336  B12-dependent methionine synthase  53.91 
 
 		 1226 aa  355  5e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.262937  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4224  B12-dependent methionine synthase  52.87 
 
 		 1293 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.572954  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4088  B12-dependent methionine synthase  51.49 
 
 		 1251 aa  354  1e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.611508 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0197  B12-dependent methionine synthase  54.2 
 
 		 1263 aa  353  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_2998  methionine synthase  54.71 
 
 		 359 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.639431  normal  0.326453 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1115  B12-dependent methionine synthase  49.72 
 
 		 1241 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0606  B12-dependent methionine synthase  54.18 
 
 		 1232 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2433  methionine synthase  52.8 
 
 		 1236 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3799  methionine synthase  51.01 
 
 		 1219 aa  352  5e-96  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3347  methionine synthase (B12-dependent)  54.71 
 
 		 359 aa  352  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3184  B12-dependent methionine synthase  51.4 
 
 		 1244 aa  352  5e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3282  B12-dependent methionine synthase  51.12 
 
 		 1244 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3407  homocysteine S-methyltransferase  53.31 
 
 		 358 aa  352  7e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.174744  normal  0.0184405 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2509  B12-dependent methionine synthase  50.56 
 
 		 1262 aa  351  1e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3739  B12-dependent methionine synthase  50.28 
 
 		 1252 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0838  B12-dependent methionine synthase  51.12 
 
 		 1244 aa  350  2e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2631  B12-dependent methionine synthase  52.62 
 
 		 1244 aa  350  3e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0960245  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002355  5-methyltetrahydrofolate--homocysteine methyltransferase  50.71 
 
 		 1226 aa  349  4e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1545  B12-dependent methionine synthase  55.91 
 
 		 1237 aa  348  8e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.396086  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2169  methionine synthase  50.71 
 
 		 1245 aa  348  9e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.205577  normal  0.226732 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0222  B12-dependent methionine synthase  51.43 
 
 		 1227 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.145544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3384  B12-dependent methionine synthase  53.31 
 
 		 1210 aa  346  3e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.73359  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3617  methionine synthase (B12-dependent)  52.23 
 
 		 349 aa  345  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.732066  normal  0.0126884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3690  B12-dependent methionine synthase  50.42 
 
 		 1220 aa  345  6e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1206  B12-dependent methionine synthase  51.12 
 
 		 1232 aa  344  1e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3474  B12-dependent methionine synthase  51.45 
 
 		 1251 aa  344  1e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0650  B12-dependent methionine synthase  53.33 
 
 		 1250 aa  343  2e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3368  B12-dependent methionine synthase  51.14 
 
 		 1233 aa  343  2e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0454  B12-dependent methionine synthase  52.96 
 
 		 1228 aa  343  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0341811  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4526  B12-dependent methionine synthase  52.42 
 
 		 1227 aa  343  2.9999999999999997e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.267598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0995  B12-dependent methionine synthase  50.83 
 
 		 1244 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0391552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2808  B12-dependent methionine synthase  50.42 
 
 		 1226 aa  343  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1007  B12-dependent methionine synthase  50.86 
 
 		 1244 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0973  B12-dependent methionine synthase  50.86 
 
 		 1244 aa  343  4e-93  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0369  B12-dependent methionine synthase  52.66 
 
 		 1228 aa  342  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.789152  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0315  B12-dependent methionine synthase  50.58 
 
 		 1225 aa  342  5e-93  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000170465 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3735  B12-dependent methionine synthase  51.68 
 
 		 1286 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.391435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4523  B12-dependent methionine synthase  52.42 
 
 		 1227 aa  342  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.413038 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4599  B12-dependent methionine synthase  52.42 
 
 		 1227 aa  342  5.999999999999999e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.972582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2062  B12-dependent methionine synthase  51.29 
 
 		 1228 aa  342  5.999999999999999e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.458303  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5489  B12-dependent methionine synthase  52.44 
 
 		 1227 aa  341  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4401  B12-dependent methionine synthase  52.14 
 
 		 1227 aa  340  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.90979  normal  0.334358 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1764  B12-dependent methionine synthase  52.97 
 
 		 1304 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.075059  normal  0.0106397 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0403  B12-dependent methionine synthase  50.57 
 
 		 1271 aa  340  2.9999999999999998e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0459446  hitchhiker  0.000026899 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2965  B12-dependent methionine synthase  50.28 
 
 		 1244 aa  339  4e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2102  B12-dependent methionine synthase  49.57 
 
 		 1249 aa  339  4e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.876734  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4472  B12-dependent methionine synthase  52.44 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.346478 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4011  B12-dependent methionine synthase  52.44 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.960796  normal  0.0169283 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4255  B12-dependent methionine synthase  52.44 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0705471  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4563  B12-dependent methionine synthase  52.44 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4435  B12-dependent methionine synthase  51.85 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0113  B12-dependent methionine synthase  50.43 
 
 		 1227 aa  339  5e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.352445  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03891  B12-dependent methionine synthase  52.15 
 
 		 1227 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0442  B12-dependent methionine synthase  50.28 
 
 		 1226 aa  337  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03851  hypothetical protein  52.15 
 
 		 1227 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3775  B12-dependent methionine synthase  50.71 
 
 		 1227 aa  337  9.999999999999999e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>