More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_R0027 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_R0016  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000285507  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0214663  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0027  tRNA-Ile  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0041  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0054  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0036  tRNA-Ile  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2800  tRNA-Ile  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000121659  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2707  tRNA-Ile  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000190822  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2075  tRNA-Ile  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00411358  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0005  tRNA-Ile  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0036  tRNA-Ile  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0220813  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00001  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00294227  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00061  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0509967  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00071  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0100739  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0004  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00111877  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0077  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000248576  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0102  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00845186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0079  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.115073  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0002  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.227542  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5004  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000283414  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4600  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000666504  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0006  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000238221  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0196  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0289  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0256101  normal  0.468385 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4196  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0226265  normal  0.767758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4315  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0699439  normal  0.201928 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5077  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000584569  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4219  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00450756  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5092  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000866499  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4641  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000032657  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4704  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000142472  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4123  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000989752  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4268  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00604993  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0094  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00126026  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0016  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00171399  hitchhiker  0.0041284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0085  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0425046  normal  0.137972 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0010  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0425251  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0013  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.111402  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0097  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.15817  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4462  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0397855  hitchhiker  0.000732879 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4539  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00250858  hitchhiker  0.00000000000409662 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0103  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00507683  decreased coverage  0.00339417 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0016  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.245905  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4714  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504108  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5291  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000449228  normal  0.256663 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0090  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000296834  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0006  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0108839  normal  0.0634944 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0214  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00923178  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3573  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000468269  normal  0.424687 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0119  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000630461  hitchhiker  0.0000581532 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4458  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000985365  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0273  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0036281  normal  0.436112 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0092  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00539323  decreased coverage  0.00141538 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0028  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0390345  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0100  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0084  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0568222  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4344  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0232585  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0278  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00714159  normal  0.415657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0273  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124539  normal  0.840677 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4375  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000507491  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4375  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.120949  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0213  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000151155  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0292  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000120643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0020  tRNA-Ile  90.77 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00394718  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0005  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000353567  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0011  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.0062166  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0005  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000168156  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0011  tRNA-Ile  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000846583  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4265  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000229393  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0059  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000373197  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4293  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000401395  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4204  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000054398  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0104  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000615074  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle01  tRNA-Ile  91.53 
 
 
80 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tIle02  tRNA-Ile  91.53 
 
 
80 bp  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0127  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000449492  normal  0.0406776 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0468  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000056688  normal  0.0165845 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0046  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000007266  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0003  tRNA-Ile  91.53 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000253245  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0001  tRNA-Ile  90.48 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0626  tRNA-Ile  91.53 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000339545  normal  0.0175706 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.428746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Ile-2  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0066  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0007  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0924996  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0036  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.432918  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0052  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0066  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0018  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.891633  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0007  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00808178  normal  0.792486 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0042  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00111432  normal  0.385328 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0018  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0042  tRNA-Ile  87.84 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0007  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000593812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0017  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000136136  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0058  tRNA-Ile  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00171421  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0026  tRNA-Ile  91.38 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0180152  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0032  tRNA-Ile  91.23 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0045  tRNA-Ile  91.23 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>