More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_1149 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_1149  RNA binding S1 domain protein  100 
 
 		 565 aa  1075    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4661  SSU ribosomal protein S1P  30.81 
 
 		 609 aa  220  5e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0143658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  30.6 
 
 		 573 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1198  30S ribosomal protein S1  29.22 
 
 		 557 aa  214  4.9999999999999996e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 559 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 559 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  30.12 
 
 		 559 aa  208  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  30.44 
 
 		 559 aa  208  3e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  28.92 
 
 		 563 aa  206  8e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000805481  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0867  30S ribosomal protein S1  30.49 
 
 		 586 aa  206  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000314961  normal  0.0879612 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  28.92 
 
 		 563 aa  206  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000046796  normal  0.385935 
 
 
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  29.04 
 
 		 561 aa  205  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2118  ribosomal protein S1  28.89 
 
 		 596 aa  205  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000596679  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  29.18 
 
 		 577 aa  204  4e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  28.64 
 
 		 560 aa  204  4e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  30.51 
 
 		 560 aa  204  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 557 aa  204  5e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  29.28 
 
 		 555 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  30.59 
 
 		 557 aa  202  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  27.51 
 
 		 577 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0061  RNA binding S1 domain protein  31.15 
 
 		 525 aa  200  5e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00000665212  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  28.85 
 
 		 575 aa  200  6e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1981  ribosomal protein S1  29.26 
 
 		 604 aa  200  6e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000204813  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  29.72 
 
 		 558 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  29.39 
 
 		 553 aa  199  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  29.72 
 
 		 558 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  29.72 
 
 		 558 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  29.45 
 
 		 555 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  29.72 
 
 		 558 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  30.21 
 
 		 561 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 557 aa  198  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  3e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  26.64 
 
 		 560 aa  197  3e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  3e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 555 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  27.85 
 
 		 561 aa  197  6e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1623  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  32.9 
 
 		 810 aa  197  6e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.603124  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  27.47 
 
 		 558 aa  196  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  28.74 
 
 		 555 aa  196  9e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  27.47 
 
 		 558 aa  196  1e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  28.97 
 
 		 560 aa  196  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.000000740795  hitchhiker  0.0000000202949 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  28.74 
 
 		 555 aa  196  1e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  30.6 
 
 		 579 aa  196  1e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  28.92 
 
 		 584 aa  195  2e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0127  30S ribosomal protein S1  32.5 
 
 		 551 aa  195  2e-48  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  195  2e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2603  30S ribosomal protein S1  28.74 
 
 		 574 aa  194  3e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00445858  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  27.29 
 
 		 556 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  28.92 
 
 		 584 aa  194  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  28.87 
 
 		 555 aa  194  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  28.07 
 
 		 574 aa  194  5e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 720 aa  194  5e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  28.24 
 
 		 558 aa  193  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  193  6e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  27.8 
 
 		 570 aa  193  6e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0293  30S ribosomal protein S1  29.13 
 
 		 573 aa  193  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  28.57 
 
 		 560 aa  193  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1750  ribosomal protein S1  29.55 
 
 		 563 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00710774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  29.55 
 
 		 563 aa  192  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  29.62 
 
 		 557 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 559 aa  192  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  29.62 
 
 		 569 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  29.12 
 
 		 557 aa  192  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 565 aa  191  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  28.54 
 
 		 555 aa  190  5e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  28.77 
 
 		 504 aa  190  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1176  RNA binding S1 domain protein  27.83 
 
 		 644 aa  190  7e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  190  7e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1297  30S ribosomal protein S1  29.62 
 
 		 599 aa  189  1e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  29.06 
 
 		 556 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2668  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000112537  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2580  30S ribosomal protein S1  29.43 
 
 		 557 aa  189  1e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000500826  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0172  SSU ribosomal protein S1P  27.97 
 
 		 570 aa  189  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0487527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  28.31 
 
 		 555 aa  187  3e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  28.31 
 
 		 551 aa  188  3e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1955  30S ribosomal protein S1  29.25 
 
 		 557 aa  187  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000132161  normal  0.358522 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  28.01 
 
 		 556 aa  187  4e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  29.32 
 
 		 562 aa  187  5e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  29.56 
 
 		 584 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  28.87 
 
 		 556 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  28.68 
 
 		 556 aa  185  2.0000000000000003e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1567  30S ribosomal protein S1  28.6 
 
 		 558 aa  184  3e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.449646  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>