More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0001 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
459 aa  925    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.09 
 
 
453 aa  346  6e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  39.41 
 
 
450 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  40.22 
 
 
450 aa  341  2e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.44 
 
 
463 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  38.55 
 
 
446 aa  332  6e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  39 
 
 
446 aa  331  2e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  39 
 
 
446 aa  331  2e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.82 
 
 
444 aa  330  2e-89  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 
446 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 
446 aa  330  3e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 
446 aa  330  3e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 
446 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  38.78 
 
 
446 aa  330  3e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  38.9 
 
 
446 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  38.55 
 
 
446 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.9 
 
 
454 aa  327  3e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  38.9 
 
 
446 aa  327  3e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.91 
 
 
443 aa  325  8.000000000000001e-88  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  40.32 
 
 
446 aa  324  2e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  39.5 
 
 
443 aa  323  5e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  38.27 
 
 
436 aa  323  5e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  38.6 
 
 
442 aa  322  6e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  46.13 
 
 
457 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  46.13 
 
 
457 aa  320  3e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  39.06 
 
 
451 aa  320  5e-86  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.32 
 
 
449 aa  320  5e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000141272  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  36.47 
 
 
462 aa  317  3e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000510804  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  36.47 
 
 
462 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  37.75 
 
 
453 aa  315  9e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  37.75 
 
 
453 aa  315  9e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.34 
 
 
450 aa  315  9.999999999999999e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0001  chromosomal replication initiation protein  34.46 
 
 
480 aa  315  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000170377  unclonable  0.000000000650471 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  48.97 
 
 
454 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0032  chromosomal replication initiation protein  37.28 
 
 
463 aa  313  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000217775  normal  0.251102 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0198  chromosomal replication initiation protein  36.7 
 
 
460 aa  312  5.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00733858  normal  0.0821352 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.08 
 
 
464 aa  312  6.999999999999999e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  38.46 
 
 
439 aa  312  7.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00780596  normal  0.982574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.81 
 
 
462 aa  311  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0001  chromosomal replication initiation protein  42.26 
 
 
481 aa  311  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000056365  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  37.9 
 
 
441 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0001  chromosomal replication initiation protein  40.52 
 
 
458 aa  310  4e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000304436  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  36.22 
 
 
465 aa  310  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  36 
 
 
465 aa  309  6.999999999999999e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
451 aa  309  8e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
451 aa  309  8e-83  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000123931  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0001  chromosomal replication initiation protein  40.33 
 
 
460 aa  309  8e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.67 
 
 
439 aa  309  9e-83  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000109214  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  36.44 
 
 
459 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.0000386226  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  39.55 
 
 
443 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0001  chromosomal replication initiation protein  46.43 
 
 
450 aa  307  2.0000000000000002e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0001  chromosomal replication initiation protein  37.92 
 
 
450 aa  306  4.0000000000000004e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000634969  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.26 
 
 
455 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0001  chromosomal replication initiator protein, DnaA  36.61 
 
 
449 aa  306  7e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.23 
 
 
483 aa  306  7e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  35.62 
 
 
466 aa  305  9.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0000.1  chromosomal replication initiation protein  39.85 
 
 
445 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.159401  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  35.62 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  35.62 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  35.62 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  35.62 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.76 
 
 
456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0001  chromosomal replication initiation protein  36.29 
 
 
492 aa  305  2.0000000000000002e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.943807  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  44.31 
 
 
512 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  44.31 
 
 
514 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1100  chromosomal replication initiation protein  34.55 
 
 
482 aa  303  3.0000000000000004e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.018395 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  36.18 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  36.18 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  35.98 
 
 
467 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  34.72 
 
 
472 aa  303  5.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0001  chromosomal replication initiation protein  33.9 
 
 
478 aa  303  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000339822  hitchhiker  0.0000314878 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  45.78 
 
 
440 aa  302  7.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  35.84 
 
 
467 aa  302  9e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  46.9 
 
 
449 aa  301  1e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  36.16 
 
 
461 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000102323  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.28 
 
 
442 aa  301  2e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0001  chromosomal replication initiation protein  44.62 
 
 
494 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0001  chromosomal replication initiation protein  38.21 
 
 
445 aa  301  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00343862  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  41.49 
 
 
472 aa  300  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000368077  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0001  chromosomal replication initiation protein  41.38 
 
 
495 aa  300  3e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  35.2 
 
 
461 aa  300  3e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000263579  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  43.66 
 
 
447 aa  300  4e-80  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  41.62 
 
 
524 aa  300  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  44.62 
 
 
510 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0010  chromosomal replication initiation protein  44.62 
 
 
506 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645293  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0001  chromosomal replication initiation protein  44.62 
 
 
507 aa  300  5e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00366311  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  44.62 
 
 
505 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  34.95 
 
 
468 aa  300  5e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  41.85 
 
 
511 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  34.45 
 
 
462 aa  299  6e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_008700  Sama_0013  chromosomal replication initiation protein  36.04 
 
 
457 aa  299  7e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000224276  hitchhiker  0.000759559 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0001  chromosomal replication initiation protein  36.72 
 
 
490 aa  299  8e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  34.83 
 
 
459 aa  299  9e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000781636  unclonable  0.00000344978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>