More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4488 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4488  sensor histidine kinase  100 
 
 
438 aa  896    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0238  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  79 
 
 
438 aa  667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0356  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  79.91 
 
 
438 aa  687    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0241  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  79.22 
 
 
438 aa  666    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0238  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  78.77 
 
 
438 aa  683    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0244  histidine kinase  79.45 
 
 
438 aa  687    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000181402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0239  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  83.11 
 
 
438 aa  714    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000059891 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  82.19 
 
 
438 aa  706    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0240  ATPase domain-containing protein  83.33 
 
 
438 aa  721    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000252659 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0005  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 
446 aa  200  5e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000685276  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0582  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
445 aa  199  6e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.684402  normal  0.489398 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0589  histidine kinase  34.22 
 
 
437 aa  199  7e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28570  sensory histidine protein kinase  32.78 
 
 
440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.380534  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  32.14 
 
 
444 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3211  sensor histidine kinase  31.38 
 
 
439 aa  196  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.608335  normal  0.379725 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
441 aa  193  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000460347  hitchhiker  0.000037431 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  31.83 
 
 
445 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 
439 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3512  histidine kinase  30.75 
 
 
441 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00937623  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3380  sensor histidine kinase  30.7 
 
 
439 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.625161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3876  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.71 
 
 
441 aa  186  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000107272  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.94 
 
 
439 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98279  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.78 
 
 
439 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0848259  normal  0.136137 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
439 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000231827 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3007  sensor histidine kinase  30.6 
 
 
445 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.27 
 
 
442 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000150109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3876  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
442 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.213045  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1355  Signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 
441 aa  177  5e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3693  histidine kinase  29.45 
 
 
442 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
442 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139912  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3771  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.65 
 
 
437 aa  173  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.429615  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 
442 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0621  sensor histidine kinase  29.66 
 
 
442 aa  170  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0615  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 
442 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.27687  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3415  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.64 
 
 
442 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.210462 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3295  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 
444 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183643  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0614  ATPase domain-containing protein  28.64 
 
 
442 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.617782  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1996  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 
437 aa  162  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.540244  normal  0.136551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0311  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.95 
 
 
454 aa  161  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1914  histidine kinase  32.94 
 
 
451 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0123  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 
442 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1978  signal transduction protein, histidine kinase  27.68 
 
 
444 aa  144  3e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  33.56 
 
 
474 aa  143  6e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.9 
 
 
459 aa  142  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1886  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
484 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4693  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.12 
 
 
452 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4931  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
450 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.231481 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.91 
 
 
465 aa  137  4e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3157  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.29 
 
 
447 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0710965 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
464 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 
474 aa  136  9e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.596315  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4481  histidine kinase  29.1 
 
 
448 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.410421  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4403  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 
454 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  33.57 
 
 
458 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4113  ATPase domain-containing protein  29.1 
 
 
448 aa  134  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779025  normal  0.819443 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3512  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 
447 aa  134  3e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
458 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  33.09 
 
 
429 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
463 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  27.75 
 
 
482 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  25.79 
 
 
449 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 
482 aa  131  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  28.13 
 
 
462 aa  131  3e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 
465 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.374305  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2673  histidine kinase  27.98 
 
 
436 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0429  sensor histidine kinase FeuQ  29.33 
 
 
473 aa  129  7.000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1188  Signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
465 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  30.77 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0802  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
463 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00906644 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 
459 aa  128  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.819337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.14 
 
 
454 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  29.23 
 
 
456 aa  127  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
441 aa  127  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.94 
 
 
466 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  30.62 
 
 
436 aa  126  7e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  30.62 
 
 
432 aa  126  8.000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.58 
 
 
442 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0895  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.19 
 
 
461 aa  126  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  31.67 
 
 
469 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2284  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 
456 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
475 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4594  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
460 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  31.54 
 
 
517 aa  124  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  33.33 
 
 
466 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.25 
 
 
454 aa  123  7e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  30.8 
 
 
454 aa  123  8e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5129  putative two-component sensor histidine kinase  28.01 
 
 
448 aa  123  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60361  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  28.83 
 
 
456 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5100  histidine kinase  31.36 
 
 
482 aa  122  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368053  normal  0.11003 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3188  histidine kinase  27.4 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.10722  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3766  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
439 aa  121  3e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0937  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.76 
 
 
461 aa  120  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.159129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 
454 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1359  two component sensor kinase  25.68 
 
 
471 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.71 
 
 
459 aa  119  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3177  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
475 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0501501 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  32.25 
 
 
475 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5303  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.85 
 
 
458 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2616  histidine kinase  25.11 
 
 
474 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>