More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4387 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4387  sensor histidine kinase  100 
 
 
500 aa  1025    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1305  sensor histidine kinase  52.53 
 
 
514 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.179745  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1415  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.53 
 
 
514 aa  497  1e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2630  two component sensor histidine kinase  30.11 
 
 
555 aa  140  6e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2674  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
585 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.239294  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3614  ATPase domain-containing protein  33.72 
 
 
662 aa  139  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0483028 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0786  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.63 
 
 
582 aa  138  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4698  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.92933  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4418  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.36 
 
 
587 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4483  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4318  phosphate regulon sensor protein  30.36 
 
 
587 aa  134  3e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4832  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  134  3e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.714625  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0540  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  134  3e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000110325 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4703  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  134  3e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.53621e-18 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4329  phosphate regulon sensor protein  30.36 
 
 
587 aa  133  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4713  sensory box histidine kinase PhoR  30.36 
 
 
587 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4719  sensory box histidine kinase PhoR  30 
 
 
587 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4008  histidine kinase  31.78 
 
 
376 aa  131  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0216067  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3273  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 
585 aa  131  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3084  histidine kinase  32.89 
 
 
496 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000309277  hitchhiker  0.00206907 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4666  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.9 
 
 
514 aa  130  5.0000000000000004e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.782496  normal  0.233494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2989  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
585 aa  128  2.0000000000000002e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
468 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156826  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0106  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 
633 aa  126  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0748  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
815 aa  125  1e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1727  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.31 
 
 
545 aa  125  2e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.595056  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0045  histidine kinase  31.28 
 
 
370 aa  124  3e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4744  sensor histidine kinase  31.44 
 
 
368 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4582  sensor histidine kinase  31.44 
 
 
368 aa  124  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.24147  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5105  sensor histidine kinase  31.44 
 
 
368 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3137  histidine kinase  31.96 
 
 
455 aa  123  6e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4604  sensor histidine kinase  31.88 
 
 
368 aa  123  9e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.1143  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1631  sensor histidine kinase  33.47 
 
 
903 aa  123  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.857286 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0201  histidine kinase  32.08 
 
 
347 aa  123  9e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.370904  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2521  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.09 
 
 
457 aa  123  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0429  ATP-binding region ATPase domain protein  31.67 
 
 
568 aa  122  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.796172  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1904  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.08 
 
 
932 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.636099  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31890  signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 
394 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5009  sensor histidine kinase  31 
 
 
368 aa  121  3e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3168  sensory transduction protein kinase  28.63 
 
 
486 aa  121  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.553387  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1106  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
346 aa  121  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.306668  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3517  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
407 aa  121  3.9999999999999996e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0113  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
382 aa  120  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741915  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1996  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 
456 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.113749  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 
919 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.315835 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4990  sensor histidine kinase  30.13 
 
 
368 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2657  histidine kinase  28.81 
 
 
362 aa  119  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0932  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 
827 aa  118  1.9999999999999998e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.202098 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2010  sensory box histidine kinase  31.9 
 
 
571 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09300  histidine kinase  30.29 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2519  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
949 aa  118  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000827535  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02145  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
933 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1440  histidine kinase  34.6 
 
 
949 aa  118  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00541515  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02104  hypothetical protein  34.6 
 
 
933 aa  118  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4150  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.81 
 
 
376 aa  118  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1175  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.78 
 
 
412 aa  117  3e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0245607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1432  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
949 aa  118  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0516926  hitchhiker  0.00218938 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0633  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
596 aa  118  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.987147  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3358  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  35.02 
 
 
949 aa  117  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00504503  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4466  histidine kinase  30.54 
 
 
464 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.734574  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0720  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
949 aa  118  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00107574  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0352  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 
383 aa  118  3e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.722715 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2359  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
949 aa  118  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000333746  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2496  signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
497 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.275825  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2218  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
597 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2332  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 
600 aa  118  3e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2497  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  35.44 
 
 
948 aa  118  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0147984  normal  0.803827 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 
445 aa  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2456  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
948 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.290959  normal  0.1829 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2511  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
948 aa  117  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0476144 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2902  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.46 
 
 
612 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1949  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 
623 aa  117  3.9999999999999997e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4691  histidine kinase  31 
 
 
368 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 
597 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0468  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
596 aa  117  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0196  histidine kinase  26.97 
 
 
510 aa  117  5e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.447748  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0759  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.86 
 
 
818 aa  117  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00885833 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0656  histidine kinase  29.29 
 
 
423 aa  117  5e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.368822  hitchhiker  0.000112201 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2367  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
949 aa  117  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000101959  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1027  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.95 
 
 
473 aa  117  6e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1728  sensory box histidine kinase  31.43 
 
 
571 aa  117  6e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00635742  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2615  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
915 aa  116  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.544475 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2407  hybrid sensory kinase in two-component regulatory system with RcsB and YojN  34.6 
 
 
948 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000239257  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2782  histidine kinase  31.95 
 
 
257 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21630  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.11 
 
 
594 aa  117  6.9999999999999995e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000143993  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0711  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.03 
 
 
581 aa  116  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3393  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.13 
 
 
607 aa  116  7.999999999999999e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.391866  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0828  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.28 
 
 
604 aa  116  7.999999999999999e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000197924  normal  0.403449 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4160  histidine kinase  29.3 
 
 
311 aa  116  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0841988 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3410  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  32.08 
 
 
907 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1693  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.49 
 
 
608 aa  116  8.999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.575555  decreased coverage  0.000125186 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.42 
 
 
412 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000397625  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0078  histidine kinase  30.13 
 
 
475 aa  116  8.999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0012  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
2783 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.296104 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0964  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 
331 aa  116  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0214  sensor histidine kinase  29.92 
 
 
455 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.178766  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2429  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 
474 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2694  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
589 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.87998 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4124  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.39 
 
 
376 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.21839  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4547  osmosensitive K+ channel signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
907 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.657625 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>