90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4304 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4304  hypothetical protein  100 
 
 		 191 aa  361  4e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0396  HupE/UreJ protein  97.19 
 
 		 192 aa  333  9e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3629  HupE/UreJ protein  96.63 
 
 		 192 aa  331  4e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0223294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0395  HupE/UreJ protein  96.07 
 
 		 192 aa  330  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.347304  normal  0.406165 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3578  HupE/UreJ protein  93.26 
 
 		 192 aa  317  6e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.567629  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3969  HupE/UreJ protein  90.45 
 
 		 192 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3991  HupE/UreJ protein  89.89 
 
 		 192 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4085  HupE/UreJ protein  90.45 
 
 		 192 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00450512 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3892  HupE/UreJ protein  90.45 
 
 		 192 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430028 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4125  urease accessory protein UreJ  71.2 
 
 		 192 aa  264  5e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.4167 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0327  HupE/UreJ protein  73.3 
 
 		 191 aa  227  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.994931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3272  urease accessory protein UreJ  63.13 
 
 		 194 aa  186  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0830  urease accessory protein  48.55 
 
 		 202 aa  155  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768034  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3245  urease accessory protein UreJ  46.33 
 
 		 195 aa  150  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0479  hydrogenase/urease accessory protein  51.27 
 
 		 166 aa  147  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.230165  normal  0.16849 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3799  HupE/UreJ protein  45.36 
 
 		 198 aa  145  5e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.414571  normal  0.346057 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3747  HupE/UreJ protein  52.69 
 
 		 199 aa  141  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0663  HupE/UreJ protein  46.24 
 
 		 190 aa  137  7e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.32608  normal  0.0353183 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1164  HupE/UreJ protein  42.78 
 
 		 194 aa  135  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6126  HupE/UreJ protein  53.79 
 
 		 199 aa  134  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.549865  normal  0.331316 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6538  HupE/UreJ protein  51.72 
 
 		 199 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436397  normal  0.193844 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0960  HupE/UreJ protein  46.11 
 
 		 194 aa  131  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5110  HupE/UreJ protein  45.45 
 
 		 199 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.774333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0560  HupE/UreJ protein  44.26 
 
 		 190 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180214  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2188  HupE/UreJ protein  55.4 
 
 		 199 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.382919 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0164  nickel-iron hydrogenase, accessory protein  43.56 
 
 		 192 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5001  HupE/UreJ protein  42.63 
 
 		 192 aa  121  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.66529  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4912  urease accessory protein, putative  46.55 
 
 		 190 aa  120  9e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5617  hypothetical protein  45.66 
 
 		 190 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5823  HupE/UreJ protein  51.61 
 
 		 192 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5085  HupE/UreJ protein  45.75 
 
 		 202 aa  117  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.893105  normal  0.0304442 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2290  HupE/UreJ protein  43.75 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.202641  normal  0.223499 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1210  HupE/UreJ protein  42.55 
 
 		 186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1290  hypothetical protein  46.2 
 
 		 197 aa  115  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0362901  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1158  HupE/UreJ protein  44.94 
 
 		 197 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160824  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2281  HupE/UreJ protein  42.61 
 
 		 203 aa  114  1.0000000000000001e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2123  HupE/UreJ protein  45.45 
 
 		 203 aa  112  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1166  HupE/UreJ protein  42.95 
 
 		 194 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232797  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3268  urease accessory protein  43.03 
 
 		 192 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.232463  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0829  urease accessory protein  41.88 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2438  HupE/UreJ protein  43.88 
 
 		 195 aa  108  5e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64680  hypothetical protein  45.98 
 
 		 190 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0396536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4241  HupE/UreJ protein  40.62 
 
 		 199 aa  104  7e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2034  urease accessory UREJ transmembrane protein  40.91 
 
 		 205 aa  102  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.159278  normal  0.357302 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2876  HupE/UreJ protein  40.74 
 
 		 194 aa  101  5e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2682  HupE/UreJ protein  41.48 
 
 		 194 aa  102  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.669277  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1863  HupE/UreJ protein  40.1 
 
 		 205 aa  99.4  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.867351  normal  0.454948 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0959  HupE/UreJ protein  38 
 
 		 211 aa  97.8  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.355166  normal  0.073414 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0333  HupE/UreJ protein  41.18 
 
 		 195 aa  97.8  9e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.836087  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1763  HupE/UreJ protein  35.84 
 
 		 188 aa  95.9  3e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.353058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1184  HupE/UreJ protein  39.23 
 
 		 203 aa  94.7  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0993  HupE/UreJ protein  41.67 
 
 		 203 aa  94.7  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.614894  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50400  HupE/UreJ protein  44.88 
 
 		 187 aa  93.6  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4454  HupE/UreJ protein  47.68 
 
 		 190 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2301  HupE/UreJ protein  43.05 
 
 		 201 aa  93.2  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2186  HupE/UreJ protein  40.1 
 
 		 205 aa  91.7  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.114509 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0886  HupE/UreJ protein  36.22 
 
 		 194 aa  90.5  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.219262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2989  HupE/UreJ protein  39.87 
 
 		 191 aa  90.5  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.231706  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2825  HupE/UreJ protein  37.43 
 
 		 196 aa  90.9  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.324254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3099  HupE/UreJ protein  37.72 
 
 		 194 aa  89.7  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4087  HupE/UreJ protein  39.24 
 
 		 200 aa  88.6  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.248426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3803  HupE/UreJ protein  48.09 
 
 		 192 aa  87  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0577478  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1218  hypothetical protein  33.95 
 
 		 208 aa  85.9  4e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3527  HupE/UreJ protein  41.03 
 
 		 197 aa  84.7  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0976  HupE/UreJ protein  41.53 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3374  hypothetical protein  38.1 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.215673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1374  membrane-bound hydrogenase component hupE  42.54 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00671086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3100  HupE/UreJ protein  36.54 
 
 		 199 aa  79.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1296  HupE/UreJ protein  38.64 
 
 		 245 aa  79.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00297181  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1973  HupE/UreJ protein  36.05 
 
 		 196 aa  78.6  0.00000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.374971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3943  HupE/UreJ protein  45.24 
 
 		 193 aa  78.2  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.788882  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4228  HupE/UreJ protein  37.57 
 
 		 217 aa  76.6  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2148  HupE/UreJ protein  37.5 
 
 		 191 aa  77  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.140678  normal  0.213077 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0497  HupE/UreJ accessory protein  37.5 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1265  urease accessory protein UreJ  35.75 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0180  HupE/UreJ protein  42.5 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.683623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2139  HupE/UreJ protein  33.5 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2095  HupE/UreJ protein  34.17 
 
 		 221 aa  71.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1195  HupE/UreJ protein  33.82 
 
 		 210 aa  63.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.108904  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2933  HupE/UreJ protein  36.49 
 
 		 181 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.629521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1026  HupE/UreJ protein  29.55 
 
 		 226 aa  56.2  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2842  HupE/UreJ protein  33.75 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2847  HupE/UreJ protein  33.75 
 
 		 181 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.16808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1373  hydrogenase accessory protein  28.87 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.695906  normal  0.247708 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5052  HupE/UreJ protein  30.94 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.864731  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2419  HupE/UreJ protein  34.88 
 
 		 181 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00415524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2580  HupE/UreJ protein  39.09 
 
 		 195 aa  49.7  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04450  nickel transporter for carbon monoxide dehydrogenase, HupE/UreJ family  48.21 
 
 		 187 aa  47.8  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0761175  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3141  hypothetical protein  31.45 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0344917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2124  hypothetical protein  32.14 
 
 		 204 aa  44.3  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352318  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>