More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4173 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4173  sensor histidine kinase  100 
 
 		 428 aa  856    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0453  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  88.33 
 
 		 436 aa  675    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0463  histidine kinase  88.81 
 
 		 436 aa  680    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0520  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  83.85 
 
 		 434 aa  660    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  87.62 
 
 		 436 aa  671    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3530  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  93.81 
 
 		 429 aa  731    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  93.33 
 
 		 429 aa  744    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  88.57 
 
 		 436 aa  679    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3708  ATPase domain-containing protein  92.87 
 
 		 429 aa  727    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.29 
 
 		 422 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3343  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.63 
 
 		 415 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.112978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60.25 
 
 		 416 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0552  histidine kinase  59.37 
 
 		 440 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0601  ATP-binding region, ATPase-like protein  58.35 
 
 		 462 aa  429  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3187  sensor histidine kinase  54.72 
 
 		 423 aa  392  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1843  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  50.12 
 
 		 457 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.87984  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4818  sensor histidine kinase  38.19 
 
 		 422 aa  242  7.999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1642  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 		 479 aa  190  4e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.02 
 
 		 423 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 423 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000139866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2689  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 419 aa  159  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2881  putative two-component sensor  29.79 
 
 		 436 aa  153  5e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0738997  hitchhiker  0.00159828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58320  putative two-component sensor  31.72 
 
 		 422 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5108  putative two-component sensor  31.17 
 
 		 422 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.655893  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 		 436 aa  151  3e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0719781  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0008  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0173  sensor histidine kinase  29.44 
 
 		 451 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00702706  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.92 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2035  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regB  27.9 
 
 		 450 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12550  periplasmic sensory histidine protein kinase  31.04 
 
 		 414 aa  143  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.418352  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0930  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 418 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0847  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 417 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3389  histidine kinase  29.24 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4051  histidine kinase  26.6 
 
 		 465 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3136  sensor histidine kinase  27.55 
 
 		 417 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0506729  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2735  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.55 
 
 		 424 aa  138  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.503254  hitchhiker  0.00000000176943 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3369  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.22 
 
 		 357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 		 450 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 		 418 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 459 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1586  sensor histidine kinase  32.66 
 
 		 419 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3712  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 		 448 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4231  sensor histidine kinase  28.05 
 
 		 419 aa  131  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3894  histidine kinase  28.97 
 
 		 442 aa  130  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0820  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 420 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.197209  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2201  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 		 430 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4554  sensor histidine kinase  27.73 
 
 		 419 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215906  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0039  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  28.54 
 
 		 448 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0665  histidine kinase  30.95 
 
 		 442 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2977  sensor histidine kinase  27.63 
 
 		 449 aa  125  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0600  ATP-binding region, ATPase-like  28.45 
 
 		 449 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4383  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0383  sensor kinase protein  28.43 
 
 		 426 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326302  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 		 436 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0162  sensor histidine kinase  28.54 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0198  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3251  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110241  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0188  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3435  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2913  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340179  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2176  sensor histidine kinase  28.19 
 
 		 426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1739  two-component sensor histidine kinase  26.6 
 
 		 443 aa  117  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337337  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.11 
 
 		 434 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.541426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0237  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.4 
 
 		 437 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.68 
 
 		 467 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6445  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 472 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2206  histidine kinase  25.84 
 
 		 429 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.979834  normal  0.192236 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1606  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 		 457 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0150845  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3141  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 		 468 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3111  histidine kinase  27.57 
 
 		 476 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2480  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 		 476 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00569401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3094  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.9 
 
 		 476 aa  111  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0688371  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2344  histidine kinase  27.21 
 
 		 452 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.349621  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 		 468 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4062  histidine kinase  27.51 
 
 		 433 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081892  normal  0.353238 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2270  histidine kinase  23.57 
 
 		 447 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.32 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00798  two-component system sensor protein  31.14 
 
 		 408 aa  105  2e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.170926  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  22.82 
 
 		 446 aa  102  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.892917 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.07 
 
 		 452 aa  98.2  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0322  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.35 
 
 		 444 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0381069 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 		 449 aa  90.5  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.298182 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2148  two-component system, sensor protein  28.94 
 
 		 405 aa  88.2  3e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.113962  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2063  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.94 
 
 		 405 aa  87.8  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 		 462 aa  87.4  5e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1503  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 		 435 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.203447  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3432  sensor histidine kinase RegB  25.15 
 
 		 463 aa  78.2  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5544  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 		 420 aa  77.4  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1520  sensor histidine kinase PrrB (RegB)  24.93 
 
 		 462 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.467191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.93 
 
 		 462 aa  75.5  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100518  normal  0.877828 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.07 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0602735 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 442 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4318  histidine kinase  24.16 
 
 		 442 aa  73.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0183324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0230  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.99 
 
 		 464 aa  73.2  0.000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.615813  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3324  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.6 
 
 		 448 aa  73.2  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.0681596 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0130  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.34 
 
 		 440 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0110  histidine kinase  22.88 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0152985 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.75 
 
 		 440 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7659  histidine kinase  24.71 
 
 		 449 aa  67  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.88 
 
 		 474 aa  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>